User Tools

Site Tools


exercises:2014_ethz_mmm:dye_tio

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision
Previous revision
exercise:dye_tio [2014/04/04 08:56] oschuettexercises:2014_ethz_mmm:dye_tio [2020/08/21 10:15] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 1: Line 1:
 ====== Dye anchoring to TiO$_2$ ====== ====== Dye anchoring to TiO$_2$ ======
-In this exercise you will compare two possible binding modes of acetic acid to anatase TiO$_2$. Acetic acid contains the carboxylic group. It is commonly used in [[wp>Dye-sensitized_solar_cell|Dye-Sensitized Solar Cells]] as an anchoring moiety to bind light harvesting dyes to semi-conducting substrates. We will therefore use acetic acid as a model of the more complex dye molecules, as done in this paper: http://dx.doi.org/10.1021/jp4117563+In this exercise you will compare two possible binding modes of acetic acid to anatase TiO$_2$. Acetic acid contains the carboxylic group. It is commonly used in [[wp>Dye-sensitized_solar_cell|Dye-Sensitized Solar Cells]] as an anchoring moiety to bind light harvesting dyes to semi-conducting substrates. We will therefore use acetic acid as a model of the more complex dye molecules, as done in this paper: [[doi>10.1021/jp4117563]]
  
-{{ :exercise:dye2.png?600 |}}+{{ dye2.png?600 |}}
  
 ===== 1. Task: Familiarize yourself  ===== ===== 1. Task: Familiarize yourself  =====
Line 29: Line 29:
  
 To process the cube files we are going to use the cubecruncher tool. It is part of CP2K, but not installed on brutus. To process the cube files we are going to use the cubecruncher tool. It is part of CP2K, but not installed on brutus.
-Therefore, a compiled binary of the tool is provided at ''/cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x''. To simplify the following steps you should create a symbolic link to it in your working directory:+Therefore, a compiled binary of the tool is provided at ''/cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x''. Before invoking the cubecruncher, you have to load the cp2k module. To simplify the following steps you should create a symbolic link to it in your working directory:
 <code> <code>
 you@brutusX ~$ ln -s /cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x . you@brutusX ~$ ln -s /cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x .
Line 37: Line 37:
 Now subtract the densities of the lone systems from the bonded system: Now subtract the densities of the lone systems from the bonded system:
 <code> <code>
-you@brutusX ~$ cubecruncher.x -i mode1_combined.cube -subtract mode1_slab.cube -o tmp.cube +you@brutusX ~$ ./cubecruncher.x -i mode1-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -subtract mode1_acid-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o tmp.cube 
-you@brutusX ~$ cubecruncher.x -i tmp.cube -subtract mode1_acid.cube -o mode1_delta.cube+you@brutusX ~$ ./cubecruncher.x -i tmp.cube -subtract mode1_slab-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o mode1_delta.cube
 </code> </code>
  
Line 48: Line 48:
  
 You can visualize the resulting file ''mode1_delta-centered.cube'' with VMD. This has been covered in a [[mo_ethene| previous exercise]]. You can visualize the resulting file ''mode1_delta-centered.cube'' with VMD. This has been covered in a [[mo_ethene| previous exercise]].
 +
 +What you get should look similar to this: 
 +{{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}}
  
 ===== 3. Task: Bonding energies  ===== ===== 3. Task: Bonding energies  =====
Line 55: Line 58:
  
 For this you will need the energy values of four systems: For this you will need the energy values of four systems:
-  - lone acetic acid molecule (run geometry optimization first)+  - lone acetic acid molecule (run geometry optimization, use energy of last step)
   - lone TiO$_2$ slab  (you can use the already geometry optimized coordinates from ''relaxed_slab.xyz'' at the end of the exercise)   - lone TiO$_2$ slab  (you can use the already geometry optimized coordinates from ''relaxed_slab.xyz'' at the end of the exercise)
   - combined system bound in the first mode (can be reused from previous task)   - combined system bound in the first mode (can be reused from previous task)
Line 62: Line 65:
 <note important> <note important>
 You can not reuse the energy values for the lone sub-systems from the previous task. Since the unbound subsystems might relax into a different geometry, they have to be geometry optimized first. This has been covered in a  You can not reuse the energy values for the lone sub-systems from the previous task. Since the unbound subsystems might relax into a different geometry, they have to be geometry optimized first. This has been covered in a 
-[[exercise:geometry_optimization|previous exercise]].+[[geometry_optimization|previous exercise]].
 </note> </note>
  
Line 76: Line 79:
  
 <note warning> <note warning>
-The provided XYZ-files can not be included into CP2K's input directly. You have to remove the first line, which states the number of atoms, and the following empty comment line.+The provided [[wp>XYZ_file_format|XYZ-files]] can not be included into CP2K's input directly. You have to convert them to ''.coord'' files by removing the first line, which states the number of atoms, and the following empty comment line.
 </note> </note>
  
Line 126: Line 129:
          
 ! Here you either manually insert the coordinates of the system (as usual) OR use the @INCLUDE statement like this: ! Here you either manually insert the coordinates of the system (as usual) OR use the @INCLUDE statement like this:
-@INCLUDE 'mode1_coord       ! The mode1_coord file must be present in the same directory as the input. +@INCLUDE 'mode1.coord       ! The mode1.coord file must be present in the same directory as the input. 
                               ! The file should be similar to an *.xyz file but without the total number of atoms at the beginning                               ! The file should be similar to an *.xyz file but without the total number of atoms at the beginning
    
Line 259: Line 262:
  
 <code - mode1.xyz> <code - mode1.xyz>
 +116
 +
 +Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421
 +O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563
 +Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912
 +O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697
 +O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087
 +O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686
 +Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753
 +O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876
 +Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586
 +O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358
 +O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494
 +O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126
 +Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736
 +O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441
 +Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519
 +O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791
 +O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047
 +O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747
 +Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850
 +O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865
 +Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222
 +O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992
 +O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242
 +O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112
 +Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638
 +O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530
 +Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153
 +O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293
 +O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258
 +O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594
 +Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457
 +O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251
 +Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650
 +O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178
 +O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591
 +O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640
 +Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053
 +O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707
 +Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371
 +O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486
 +O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107
 +O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834
 +Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637
 +O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905
 +Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911
 +O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642
 +O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025
 +O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244
 +Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721
 +O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274
 +Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599
 +O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944
 +O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260
 +O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499
 +Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861
 +O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873
 +Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029
 +O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756
 +O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803
 +O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331
 +Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712
 +O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246
 +Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935
 +O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606
 +O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103
 +O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674
 +Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482
 +O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552
 +Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473
 +O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805
 +O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670
 +O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311
 +Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397
 +O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425
 +Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836
 +O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320
 +O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284
 +O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362
 +Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294
 +O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414
 +Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117
 +O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344
 +O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953
 +O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102
 +Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387
 +O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017
 +Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812
 +O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681
 +O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881
 +O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859
 +Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624
 +O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026
 +Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365
 +O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355
 +O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723
 +O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036
 +Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419
 +O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329
 +Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244
 +O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406
 +O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479
 +O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247
 +Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738
 +O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155
 +Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393
 +O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679
 +O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872
 +O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459
 +H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457
 +C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369 
 +H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480
 +H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151
 +C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521 
 +O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603
 +O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157
 +H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874
 +
 +</code>
 +
 +<code - mode2.xyz>
 116 116
  
Line 369: Line 494:
 O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411 O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411
 O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463 O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463
-H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457 
-C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369 
-H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480 
-H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151 
-C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521 
-O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603 
-O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157 
-H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874 
- 
-</code> 
- 
-<code - mode2.xyz> 
-116 
- 
-Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421 
-O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563 
-Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912 
-O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697 
-O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087 
-O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686 
-Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753 
-O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876 
-Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586 
-O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358 
-O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494 
-O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126 
-Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736 
-O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441 
-Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519 
-O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791 
-O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047 
-O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747 
-Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850 
-O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865 
-Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222 
-O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992 
-O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242 
-O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112 
-Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638 
-O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530 
-Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153 
-O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293 
-O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258 
-O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594 
-Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457 
-O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251 
-Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650 
-O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178 
-O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591 
-O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640 
-Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053 
-O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707 
-Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371 
-O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486 
-O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107 
-O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834 
-Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637 
-O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905 
-Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911 
-O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642 
-O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025 
-O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244 
-Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721 
-O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274 
-Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599 
-O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944 
-O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260 
-O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499 
-Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861 
-O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873 
-Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029 
-O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756 
-O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803 
-O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331 
-Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712 
-O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246 
-Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935 
-O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606 
-O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103 
-O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674 
-Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482 
-O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552 
-Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473 
-O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805 
-O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670 
-O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311 
-Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397 
-O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425 
-Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836 
-O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320 
-O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284 
-O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362 
-Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294 
-O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414 
-Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117 
-O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344 
-O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953 
-O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102 
-Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387 
-O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017 
-Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812 
-O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681 
-O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881 
-O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859 
-Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624 
-O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026 
-Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365 
-O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355 
-O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723 
-O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036 
-Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419 
-O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329 
-Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244 
-O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406 
-O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479 
-O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247 
-Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738 
-O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155 
-Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393 
-O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679 
-O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872 
-O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459 
 H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450 H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450
 C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246 C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246
Line 499: Line 502:
 O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063 O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063
 H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096 H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096
- 
 </code> </code>
  
 <code - relaxed_slab.xyz> <code - relaxed_slab.xyz>
-116 +108
- +
-Ti       -0.0303205158        0.0002194056       -0.1507165315 +
-O         0.4617571277        0.0000068915        1.8661566820 +
-Ti       -1.3490231074        0.0003704124        2.8406194779 +
-O        -1.7878355710        0.0000099335        0.7433284909 +
-O        -3.1920046188        0.0000570189        3.6131471012 +
-O        -1.7392688578       -1.8909936657        2.8041000006 +
-Ti       -3.7013678101       -1.8909468906        3.3724662900 +
-O         0.3820939857       -1.8911390830       -0.1345598081 +
-Ti        3.7648454616       -1.8908987845        2.8416561747 +
-O         3.3744220782        0.0000112636        2.8041473981 +
-O        -4.6517384122       -1.8910318848        1.8665157672 +
-O        -5.3048604582       -1.8910095957        4.2682882940 +
-Ti       -0.0322712821       -3.7824303636       -0.1505877732 +
-O         0.4616863664       -3.7819320958        1.8664927597 +
-Ti       -1.3486854111       -3.7817761037        2.8418090589 +
-O        -1.7878502749       -3.7820380757        0.7428642109 +
-O        -3.1920078900       -3.7820358024        3.6135429998 +
-O        -1.7391317134       -5.6730050361        2.8040877605 +
-Ti       -3.7016680076       -5.6728788046        3.3727149460 +
-O         0.3819663832       -5.6730102696       -0.1346800897 +
-Ti        3.7645108291       -5.6731366845        2.8413236792 +
-O         3.3742300683       -3.7820021119        2.8040761780 +
-O        -4.6518683783       -5.6729788762        1.8664110644 +
-O        -5.3048543483       -5.6730158955        4.2682580298 +
-Ti       -0.0322471283        3.7820664234       -0.1505998188 +
-O         0.4616410032        3.7820334588        1.8664799338 +
-Ti       -1.3487988694        3.7824667094        2.8416346762 +
-O        -1.7878722642        3.7820389027        0.7428782847 +
-O        -3.1920029890        3.7820626480        3.6135308574 +
-O        -1.7392431026        1.8910071245        2.8040921359 +
-Ti       -3.7014193029        1.8910780270        3.3726266027 +
-O         0.3819997133        1.8911426406       -0.1346942118 +
-Ti        3.7647483625        1.8907513235        2.8414936871 +
-O         3.3742664872        3.7819886475        2.8041094869 +
-O        -4.6518133313        1.8910472119        1.8664703045 +
-O        -5.3048288292        1.8910007366        4.2682526064 +
-Ti       -1.5273352567        0.0000491008       -3.7744243283 +
-O        -1.0884291790        0.0000326574       -1.6761298058 +
-Ti       -2.8437250381       -0.0000782449       -0.7824273885 +
-O        -3.3377699606        0.0000052955       -2.7997186774 +
-O        -4.7315575216        0.0000167110       -0.1346735925 +
-O        -3.2582658881       -1.8909272302       -0.7986101612 +
-Ti       -5.1456170241       -1.8905611334       -0.1510590138 +
-O        -1.1370163008       -1.8910085758       -3.7373559763 +
-Ti        2.2684272586       -1.8917349108       -0.7825422277 +
-O         1.8549863841        0.0000645845       -0.7986036720 +
-O         4.0251492312       -1.8910098721       -1.6764358391 +
-O         3.3256500472       -1.8910103015        0.7427546450 +
-Ti       -1.5273925374       -3.7820425452       -3.7745705072 +
-O        -1.0884224454       -3.7820323130       -1.6763727938 +
-Ti       -2.8449459037       -3.7816887072       -0.7826589778 +
-O        -3.3378256175       -3.7820026726       -2.7996571970 +
-O        -4.7314704529       -3.7819619149       -0.1346580214 +
-O        -3.2583566629       -5.6729784470       -0.7985980379 +
-Ti       -5.1450467769       -5.6728695553       -0.1505591737 +
-O        -1.1370531089       -5.6730050943       -3.7373383436 +
-Ti        2.2691513647       -5.6730829065       -0.7827260551 +
-O         1.8552723808       -3.7820903311       -0.7986043574 +
-O         4.0250669926       -5.6730040148       -1.6762895855 +
-O         3.3256275888       -5.6729852349        0.7429954921 +
-Ti       -1.5273691557        3.7819893781       -3.7745656164 +
-O        -1.0883945790        3.7820010132       -1.6763992033 +
-Ti       -2.8449849058        3.7819585194       -0.7827087503 +
-O        -3.3378273935        3.7819943707       -2.7996136032 +
-O        -4.7314320343        3.7819722518       -0.1346625526 +
-O        -3.2583140921        1.8909353321       -0.7985913315 +
-Ti       -5.1451041749        1.8906100106       -0.1506722896 +
-O        -1.1370619143        1.8910121500       -3.7373122474 +
-Ti        2.2691991364        1.8917084146       -0.7827385867 +
-O         1.8552364131        3.7820128890       -0.7986548273 +
-O         4.0251145329        1.8910267791       -1.6763701148 +
-O         3.3256667516        1.8909934034        0.7428984838 +
-Ti        1.4115723468        0.0000391066        3.3728113420 +
-O        -2.6848950906       -0.0000017002       -5.2014862263 +
-Ti       -4.2880054626       -0.0000191051       -4.3059218510 +
-O        -0.1913341931        0.0000414233        4.2681839294 +
-O         3.9764368989        0.0000068119       -3.7373698669 +
-O        -4.7977239298       -1.8910252436       -4.5466091327 +
-Ti        3.5861119961       -1.8909527669       -3.7747716631 +
-O         1.9214961536       -1.8909887894        3.6135333354 +
-Ti        0.8253184367       -1.8910097215       -4.3058114952 +
-O         0.3158104050       -0.0000095840       -4.5465077693 +
-O         2.4285293806       -1.8909987103       -5.2015830452 +
-O         1.7757125179       -1.8909998413       -2.7996293232 +
-Ti        1.4122145794       -3.7818598254        3.3725425286 +
-O        -2.6849548157       -3.7819990344       -5.2015284328 +
-Ti       -4.2881462846       -3.7819908327       -4.3059210227 +
-O        -0.1913221230       -3.7819482958        4.2683508592 +
-O         3.9764565359       -3.7820129873       -3.7373792917 +
-O        -4.7977200607       -5.6730034319       -4.5466137934 +
-Ti        3.5861498714       -5.6730029214       -3.7746790532 +
-O         1.9214690372       -5.6730219437        3.6134299031 +
-Ti        0.8253871242       -5.6729775867       -4.3059195985 +
-O         0.3157839337       -3.7819975227       -4.5465730211 +
-O         2.4285525968       -5.6729983713       -5.2015788502 +
-O         1.7756666228       -5.6730171825       -2.7996699625 +
-Ti        1.4120341934        3.7818830314        3.3726022547 +
-O        -2.6849563408        3.7819982212       -5.2015730715 +
-Ti       -4.2880783536        3.7820009102       -4.3059263874 +
-O        -0.1913429323        3.7820550710        4.2683372707 +
-O         3.9764639959        3.7820078543       -3.7373616955 +
-O        -4.7976917037        1.8910305056       -4.5466033836 +
-Ti        3.5862152261        1.8909423171       -3.7747177881 +
-O         1.9214600134        1.8909560906        3.6135116688 +
-Ti        0.8254109865        1.8909907710       -4.3059271677 +
-O         0.3157698685        3.7820034984       -4.5465522583 +
-O         2.4285566515        1.8909967963       -5.2015730636 +
-O         1.7757049357        1.8910185649       -2.7997004961+
  
 +Ti       -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741
 +O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054
 +Ti       -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619
 +O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008
 +O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980
 +O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998
 +Ti       -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068
 +O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486
 +Ti        3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461
 +O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963
 +O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829
 +O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896
 +Ti       -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835
 +O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167
 +Ti       -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589
 +O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253
 +O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462
 +O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809
 +Ti       -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335
 +O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980
 +Ti        3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840
 +O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323
 +O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583
 +O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875
 +Ti       -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578
 +O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186
 +Ti       -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946
 +O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103
 +O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381
 +O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747
 +Ti       -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256
 +O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876
 +Ti        3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973
 +O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559
 +O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837
 +O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270
 +Ti       -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671
 +O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731
 +Ti       -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109
 +O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033
 +O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115
 +O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553
 +Ti       -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775
 +O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973
 +Ti        2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888
 +O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229
 +O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877
 +O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384
 +Ti       -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590
 +O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233
 +Ti       -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195
 +O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806
 +O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740
 +O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269
 +Ti       -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758
 +O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586
 +Ti        2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123
 +O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725
 +O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190
 +O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856
 +Ti       -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186
 +O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781
 +Ti       -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483
 +O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894
 +O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234
 +O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531
 +Ti       -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764
 +O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064
 +Ti        2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566
 +O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610
 +O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461
 +O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377
 +Ti        1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757
 +O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482
 +Ti       -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096
 +O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618
 +O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870
 +O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488
 +Ti        3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579
 +O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841
 +Ti        0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807
 +O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903
 +O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375
 +O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026
 +Ti        1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897
 +O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951
 +Ti       -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907
 +O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174
 +O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628
 +O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244
 +Ti        3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719
 +O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398
 +Ti        0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394
 +O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691
 +O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663
 +O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156
 +Ti        1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345
 +O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998
 +Ti       -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866
 +O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038
 +O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902
 +O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385
 +Ti        3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005
 +O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490
 +Ti        0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103
 +O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737
 +O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864
 +O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400
 </code> </code>
exercises/2014_ethz_mmm/dye_tio.1396601769.txt.gz · Last modified: 2020/08/21 10:14 (external edit)