CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2014_ethz_mmm:dye_tio

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
exercise:dye_tio [2014/04/04 09:41] – oschuettexercises:2014_ethz_mmm:dye_tio [2020/08/21 10:15] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 1: Line 1:
 ====== Dye anchoring to TiO$_2$ ====== ====== Dye anchoring to TiO$_2$ ======
-In this exercise you will compare two possible binding modes of acetic acid to anatase TiO$_2$. Acetic acid contains the carboxylic group. It is commonly used in [[wp>Dye-sensitized_solar_cell|Dye-Sensitized Solar Cells]] as an anchoring moiety to bind light harvesting dyes to semi-conducting substrates. We will therefore use acetic acid as a model of the more complex dye molecules, as done in this paper: http://dx.doi.org/10.1021/jp4117563+In this exercise you will compare two possible binding modes of acetic acid to anatase TiO$_2$. Acetic acid contains the carboxylic group. It is commonly used in [[wp>Dye-sensitized_solar_cell|Dye-Sensitized Solar Cells]] as an anchoring moiety to bind light harvesting dyes to semi-conducting substrates. We will therefore use acetic acid as a model of the more complex dye molecules, as done in this paper: [[doi>10.1021/jp4117563]]
  
-{{ :exercise:dye2.png?600 |}}+{{ dye2.png?600 |}}
  
 ===== 1. Task: Familiarize yourself  ===== ===== 1. Task: Familiarize yourself  =====
Line 29: Line 29:
  
 To process the cube files we are going to use the cubecruncher tool. It is part of CP2K, but not installed on brutus. To process the cube files we are going to use the cubecruncher tool. It is part of CP2K, but not installed on brutus.
-Therefore, a compiled binary of the tool is provided at ''/cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x''. To simplify the following steps you should create a symbolic link to it in your working directory:+Therefore, a compiled binary of the tool is provided at ''/cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x''. Before invoking the cubecruncher, you have to load the cp2k module. To simplify the following steps you should create a symbolic link to it in your working directory:
 <code> <code>
 you@brutusX ~$ ln -s /cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x . you@brutusX ~$ ln -s /cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x .
Line 50: Line 50:
  
 What you get should look similar to this:  What you get should look similar to this: 
-{{ :exercise:dye_tio_bonding_density.png?300 |}}+{{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}}
  
 ===== 3. Task: Bonding energies  ===== ===== 3. Task: Bonding energies  =====
Line 65: Line 65:
 <note important> <note important>
 You can not reuse the energy values for the lone sub-systems from the previous task. Since the unbound subsystems might relax into a different geometry, they have to be geometry optimized first. This has been covered in a  You can not reuse the energy values for the lone sub-systems from the previous task. Since the unbound subsystems might relax into a different geometry, they have to be geometry optimized first. This has been covered in a 
-[[exercise:geometry_optimization|previous exercise]].+[[geometry_optimization|previous exercise]].
 </note> </note>
  
Line 79: Line 79:
  
 <note warning> <note warning>
-The provided [[wp>XYZ_file_format|XYZ-files]] can not be included into CP2K's input directly. You have convert them to ''.coord'' files by removing the first line, which states the number of atoms, and the following empty comment line.+The provided [[wp>XYZ_file_format|XYZ-files]] can not be included into CP2K's input directly. You have to convert them to ''.coord'' files by removing the first line, which states the number of atoms, and the following empty comment line.
 </note> </note>
  
Line 262: Line 262:
  
 <code - mode1.xyz> <code - mode1.xyz>
 +116
 +
 +Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421
 +O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563
 +Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912
 +O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697
 +O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087
 +O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686
 +Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753
 +O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876
 +Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586
 +O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358
 +O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494
 +O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126
 +Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736
 +O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441
 +Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519
 +O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791
 +O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047
 +O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747
 +Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850
 +O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865
 +Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222
 +O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992
 +O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242
 +O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112
 +Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638
 +O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530
 +Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153
 +O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293
 +O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258
 +O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594
 +Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457
 +O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251
 +Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650
 +O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178
 +O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591
 +O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640
 +Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053
 +O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707
 +Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371
 +O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486
 +O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107
 +O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834
 +Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637
 +O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905
 +Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911
 +O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642
 +O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025
 +O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244
 +Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721
 +O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274
 +Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599
 +O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944
 +O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260
 +O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499
 +Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861
 +O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873
 +Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029
 +O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756
 +O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803
 +O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331
 +Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712
 +O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246
 +Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935
 +O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606
 +O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103
 +O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674
 +Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482
 +O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552
 +Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473
 +O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805
 +O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670
 +O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311
 +Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397
 +O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425
 +Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836
 +O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320
 +O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284
 +O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362
 +Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294
 +O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414
 +Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117
 +O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344
 +O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953
 +O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102
 +Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387
 +O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017
 +Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812
 +O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681
 +O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881
 +O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859
 +Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624
 +O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026
 +Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365
 +O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355
 +O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723
 +O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036
 +Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419
 +O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329
 +Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244
 +O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406
 +O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479
 +O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247
 +Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738
 +O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155
 +Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393
 +O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679
 +O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872
 +O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459
 +H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457
 +C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369 
 +H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480
 +H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151
 +C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521 
 +O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603
 +O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157
 +H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874
 +
 +</code>
 +
 +<code - mode2.xyz>
 116 116
  
Line 372: Line 494:
 O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411 O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411
 O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463 O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463
-H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457 
-C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369 
-H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480 
-H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151 
-C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521 
-O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603 
-O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157 
-H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874 
- 
-</code> 
- 
-<code - mode2.xyz> 
-116 
- 
-Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421 
-O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563 
-Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912 
-O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697 
-O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087 
-O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686 
-Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753 
-O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876 
-Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586 
-O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358 
-O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494 
-O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126 
-Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736 
-O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441 
-Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519 
-O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791 
-O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047 
-O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747 
-Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850 
-O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865 
-Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222 
-O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992 
-O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242 
-O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112 
-Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638 
-O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530 
-Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153 
-O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293 
-O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258 
-O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594 
-Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457 
-O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251 
-Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650 
-O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178 
-O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591 
-O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640 
-Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053 
-O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707 
-Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371 
-O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486 
-O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107 
-O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834 
-Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637 
-O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905 
-Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911 
-O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642 
-O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025 
-O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244 
-Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721 
-O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274 
-Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599 
-O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944 
-O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260 
-O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499 
-Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861 
-O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873 
-Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029 
-O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756 
-O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803 
-O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331 
-Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712 
-O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246 
-Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935 
-O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606 
-O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103 
-O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674 
-Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482 
-O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552 
-Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473 
-O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805 
-O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670 
-O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311 
-Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397 
-O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425 
-Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836 
-O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320 
-O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284 
-O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362 
-Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294 
-O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414 
-Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117 
-O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344 
-O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953 
-O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102 
-Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387 
-O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017 
-Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812 
-O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681 
-O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881 
-O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859 
-Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624 
-O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026 
-Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365 
-O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355 
-O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723 
-O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036 
-Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419 
-O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329 
-Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244 
-O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406 
-O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479 
-O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247 
-Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738 
-O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155 
-Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393 
-O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679 
-O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872 
-O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459 
 H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450 H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450
 C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246 C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246
Line 502: Line 502:
 O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063 O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063
 H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096 H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096
- 
 </code> </code>
  
 <code - relaxed_slab.xyz> <code - relaxed_slab.xyz>
-116 +108
- +
-Ti       -0.0303205158        0.0002194056       -0.1507165315 +
-O         0.4617571277        0.0000068915        1.8661566820 +
-Ti       -1.3490231074        0.0003704124        2.8406194779 +
-O        -1.7878355710        0.0000099335        0.7433284909 +
-O        -3.1920046188        0.0000570189        3.6131471012 +
-O        -1.7392688578       -1.8909936657        2.8041000006 +
-Ti       -3.7013678101       -1.8909468906        3.3724662900 +
-O         0.3820939857       -1.8911390830       -0.1345598081 +
-Ti        3.7648454616       -1.8908987845        2.8416561747 +
-O         3.3744220782        0.0000112636        2.8041473981 +
-O        -4.6517384122       -1.8910318848        1.8665157672 +
-O        -5.3048604582       -1.8910095957        4.2682882940 +
-Ti       -0.0322712821       -3.7824303636       -0.1505877732 +
-O         0.4616863664       -3.7819320958        1.8664927597 +
-Ti       -1.3486854111       -3.7817761037        2.8418090589 +
-O        -1.7878502749       -3.7820380757        0.7428642109 +
-O        -3.1920078900       -3.7820358024        3.6135429998 +
-O        -1.7391317134       -5.6730050361        2.8040877605 +
-Ti       -3.7016680076       -5.6728788046        3.3727149460 +
-O         0.3819663832       -5.6730102696       -0.1346800897 +
-Ti        3.7645108291       -5.6731366845        2.8413236792 +
-O         3.3742300683       -3.7820021119        2.8040761780 +
-O        -4.6518683783       -5.6729788762        1.8664110644 +
-O        -5.3048543483       -5.6730158955        4.2682580298 +
-Ti       -0.0322471283        3.7820664234       -0.1505998188 +
-O         0.4616410032        3.7820334588        1.8664799338 +
-Ti       -1.3487988694        3.7824667094        2.8416346762 +
-O        -1.7878722642        3.7820389027        0.7428782847 +
-O        -3.1920029890        3.7820626480        3.6135308574 +
-O        -1.7392431026        1.8910071245        2.8040921359 +
-Ti       -3.7014193029        1.8910780270        3.3726266027 +
-O         0.3819997133        1.8911426406       -0.1346942118 +
-Ti        3.7647483625        1.8907513235        2.8414936871 +
-O         3.3742664872        3.7819886475        2.8041094869 +
-O        -4.6518133313        1.8910472119        1.8664703045 +
-O        -5.3048288292        1.8910007366        4.2682526064 +
-Ti       -1.5273352567        0.0000491008       -3.7744243283 +
-O        -1.0884291790        0.0000326574       -1.6761298058 +
-Ti       -2.8437250381       -0.0000782449       -0.7824273885 +
-O        -3.3377699606        0.0000052955       -2.7997186774 +
-O        -4.7315575216        0.0000167110       -0.1346735925 +
-O        -3.2582658881       -1.8909272302       -0.7986101612 +
-Ti       -5.1456170241       -1.8905611334       -0.1510590138 +
-O        -1.1370163008       -1.8910085758       -3.7373559763 +
-Ti        2.2684272586       -1.8917349108       -0.7825422277 +
-O         1.8549863841        0.0000645845       -0.7986036720 +
-O         4.0251492312       -1.8910098721       -1.6764358391 +
-O         3.3256500472       -1.8910103015        0.7427546450 +
-Ti       -1.5273925374       -3.7820425452       -3.7745705072 +
-O        -1.0884224454       -3.7820323130       -1.6763727938 +
-Ti       -2.8449459037       -3.7816887072       -0.7826589778 +
-O        -3.3378256175       -3.7820026726       -2.7996571970 +
-O        -4.7314704529       -3.7819619149       -0.1346580214 +
-O        -3.2583566629       -5.6729784470       -0.7985980379 +
-Ti       -5.1450467769       -5.6728695553       -0.1505591737 +
-O        -1.1370531089       -5.6730050943       -3.7373383436 +
-Ti        2.2691513647       -5.6730829065       -0.7827260551 +
-O         1.8552723808       -3.7820903311       -0.7986043574 +
-O         4.0250669926       -5.6730040148       -1.6762895855 +
-O         3.3256275888       -5.6729852349        0.7429954921 +
-Ti       -1.5273691557        3.7819893781       -3.7745656164 +
-O        -1.0883945790        3.7820010132       -1.6763992033 +
-Ti       -2.8449849058        3.7819585194       -0.7827087503 +
-O        -3.3378273935        3.7819943707       -2.7996136032 +
-O        -4.7314320343        3.7819722518       -0.1346625526 +
-O        -3.2583140921        1.8909353321       -0.7985913315 +
-Ti       -5.1451041749        1.8906100106       -0.1506722896 +
-O        -1.1370619143        1.8910121500       -3.7373122474 +
-Ti        2.2691991364        1.8917084146       -0.7827385867 +
-O         1.8552364131        3.7820128890       -0.7986548273 +
-O         4.0251145329        1.8910267791       -1.6763701148 +
-O         3.3256667516        1.8909934034        0.7428984838 +
-Ti        1.4115723468        0.0000391066        3.3728113420 +
-O        -2.6848950906       -0.0000017002       -5.2014862263 +
-Ti       -4.2880054626       -0.0000191051       -4.3059218510 +
-O        -0.1913341931        0.0000414233        4.2681839294 +
-O         3.9764368989        0.0000068119       -3.7373698669 +
-O        -4.7977239298       -1.8910252436       -4.5466091327 +
-Ti        3.5861119961       -1.8909527669       -3.7747716631 +
-O         1.9214961536       -1.8909887894        3.6135333354 +
-Ti        0.8253184367       -1.8910097215       -4.3058114952 +
-O         0.3158104050       -0.0000095840       -4.5465077693 +
-O         2.4285293806       -1.8909987103       -5.2015830452 +
-O         1.7757125179       -1.8909998413       -2.7996293232 +
-Ti        1.4122145794       -3.7818598254        3.3725425286 +
-O        -2.6849548157       -3.7819990344       -5.2015284328 +
-Ti       -4.2881462846       -3.7819908327       -4.3059210227 +
-O        -0.1913221230       -3.7819482958        4.2683508592 +
-O         3.9764565359       -3.7820129873       -3.7373792917 +
-O        -4.7977200607       -5.6730034319       -4.5466137934 +
-Ti        3.5861498714       -5.6730029214       -3.7746790532 +
-O         1.9214690372       -5.6730219437        3.6134299031 +
-Ti        0.8253871242       -5.6729775867       -4.3059195985 +
-O         0.3157839337       -3.7819975227       -4.5465730211 +
-O         2.4285525968       -5.6729983713       -5.2015788502 +
-O         1.7756666228       -5.6730171825       -2.7996699625 +
-Ti        1.4120341934        3.7818830314        3.3726022547 +
-O        -2.6849563408        3.7819982212       -5.2015730715 +
-Ti       -4.2880783536        3.7820009102       -4.3059263874 +
-O        -0.1913429323        3.7820550710        4.2683372707 +
-O         3.9764639959        3.7820078543       -3.7373616955 +
-O        -4.7976917037        1.8910305056       -4.5466033836 +
-Ti        3.5862152261        1.8909423171       -3.7747177881 +
-O         1.9214600134        1.8909560906        3.6135116688 +
-Ti        0.8254109865        1.8909907710       -4.3059271677 +
-O         0.3157698685        3.7820034984       -4.5465522583 +
-O         2.4285566515        1.8909967963       -5.2015730636 +
-O         1.7757049357        1.8910185649       -2.7997004961+
  
 +Ti       -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741
 +O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054
 +Ti       -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619
 +O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008
 +O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980
 +O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998
 +Ti       -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068
 +O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486
 +Ti        3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461
 +O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963
 +O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829
 +O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896
 +Ti       -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835
 +O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167
 +Ti       -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589
 +O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253
 +O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462
 +O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809
 +Ti       -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335
 +O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980
 +Ti        3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840
 +O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323
 +O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583
 +O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875
 +Ti       -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578
 +O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186
 +Ti       -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946
 +O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103
 +O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381
 +O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747
 +Ti       -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256
 +O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876
 +Ti        3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973
 +O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559
 +O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837
 +O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270
 +Ti       -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671
 +O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731
 +Ti       -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109
 +O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033
 +O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115
 +O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553
 +Ti       -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775
 +O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973
 +Ti        2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888
 +O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229
 +O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877
 +O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384
 +Ti       -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590
 +O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233
 +Ti       -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195
 +O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806
 +O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740
 +O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269
 +Ti       -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758
 +O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586
 +Ti        2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123
 +O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725
 +O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190
 +O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856
 +Ti       -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186
 +O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781
 +Ti       -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483
 +O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894
 +O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234
 +O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531
 +Ti       -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764
 +O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064
 +Ti        2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566
 +O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610
 +O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461
 +O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377
 +Ti        1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757
 +O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482
 +Ti       -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096
 +O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618
 +O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870
 +O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488
 +Ti        3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579
 +O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841
 +Ti        0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807
 +O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903
 +O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375
 +O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026
 +Ti        1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897
 +O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951
 +Ti       -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907
 +O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174
 +O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628
 +O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244
 +Ti        3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719
 +O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398
 +Ti        0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394
 +O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691
 +O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663
 +O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156
 +Ti        1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345
 +O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998
 +Ti       -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866
 +O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038
 +O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902
 +O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385
 +Ti        3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005
 +O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490
 +Ti        0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103
 +O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737
 +O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864
 +O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400
 </code> </code>
exercises/2014_ethz_mmm/dye_tio.1396604493.txt.gz · Last modified: 2020/08/21 10:14 (external edit)