CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2014_ethz_mmm:dye_tio

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
exercise:dye_tio [2014/04/04 11:08] – [Required Files] scleliaexercises:2014_ethz_mmm:dye_tio [2020/08/21 10:15] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 1: Line 1:
 ====== Dye anchoring to TiO$_2$ ====== ====== Dye anchoring to TiO$_2$ ======
-In this exercise you will compare two possible binding modes of acetic acid to anatase TiO$_2$. Acetic acid contains the carboxylic group. It is commonly used in [[wp>Dye-sensitized_solar_cell|Dye-Sensitized Solar Cells]] as an anchoring moiety to bind light harvesting dyes to semi-conducting substrates. We will therefore use acetic acid as a model of the more complex dye molecules, as done in this paper: http://dx.doi.org/10.1021/jp4117563+In this exercise you will compare two possible binding modes of acetic acid to anatase TiO$_2$. Acetic acid contains the carboxylic group. It is commonly used in [[wp>Dye-sensitized_solar_cell|Dye-Sensitized Solar Cells]] as an anchoring moiety to bind light harvesting dyes to semi-conducting substrates. We will therefore use acetic acid as a model of the more complex dye molecules, as done in this paper: [[doi>10.1021/jp4117563]]
  
-{{ :exercise:dye2.png?600 |}}+{{ dye2.png?600 |}}
  
 ===== 1. Task: Familiarize yourself  ===== ===== 1. Task: Familiarize yourself  =====
Line 29: Line 29:
  
 To process the cube files we are going to use the cubecruncher tool. It is part of CP2K, but not installed on brutus. To process the cube files we are going to use the cubecruncher tool. It is part of CP2K, but not installed on brutus.
-Therefore, a compiled binary of the tool is provided at ''/cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x''. To simplify the following steps you should create a symbolic link to it in your working directory:+Therefore, a compiled binary of the tool is provided at ''/cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x''. Before invoking the cubecruncher, you have to load the cp2k module. To simplify the following steps you should create a symbolic link to it in your working directory:
 <code> <code>
 you@brutusX ~$ ln -s /cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x . you@brutusX ~$ ln -s /cluster/home03/matl/schuetto/cubecruncher.x .
Line 50: Line 50:
  
 What you get should look similar to this:  What you get should look similar to this: 
-{{ :exercise:dye_tio_bonding_density.png?300 |}}+{{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}}
  
 ===== 3. Task: Bonding energies  ===== ===== 3. Task: Bonding energies  =====
Line 65: Line 65:
 <note important> <note important>
 You can not reuse the energy values for the lone sub-systems from the previous task. Since the unbound subsystems might relax into a different geometry, they have to be geometry optimized first. This has been covered in a  You can not reuse the energy values for the lone sub-systems from the previous task. Since the unbound subsystems might relax into a different geometry, they have to be geometry optimized first. This has been covered in a 
-[[exercise:geometry_optimization|previous exercise]].+[[geometry_optimization|previous exercise]].
 </note> </note>
  
Line 79: Line 79:
  
 <note warning> <note warning>
-The provided [[wp>XYZ_file_format|XYZ-files]] can not be included into CP2K's input directly. You have convert them to ''.coord'' files by removing the first line, which states the number of atoms, and the following empty comment line.+The provided [[wp>XYZ_file_format|XYZ-files]] can not be included into CP2K's input directly. You have to convert them to ''.coord'' files by removing the first line, which states the number of atoms, and the following empty comment line.
 </note> </note>
  
Line 262: Line 262:
  
 <code - mode1.xyz> <code - mode1.xyz>
 +116
 +
 +Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421
 +O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563
 +Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912
 +O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697
 +O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087
 +O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686
 +Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753
 +O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876
 +Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586
 +O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358
 +O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494
 +O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126
 +Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736
 +O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441
 +Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519
 +O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791
 +O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047
 +O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747
 +Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850
 +O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865
 +Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222
 +O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992
 +O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242
 +O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112
 +Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638
 +O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530
 +Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153
 +O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293
 +O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258
 +O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594
 +Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457
 +O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251
 +Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650
 +O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178
 +O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591
 +O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640
 +Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053
 +O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707
 +Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371
 +O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486
 +O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107
 +O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834
 +Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637
 +O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905
 +Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911
 +O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642
 +O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025
 +O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244
 +Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721
 +O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274
 +Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599
 +O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944
 +O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260
 +O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499
 +Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861
 +O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873
 +Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029
 +O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756
 +O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803
 +O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331
 +Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712
 +O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246
 +Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935
 +O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606
 +O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103
 +O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674
 +Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482
 +O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552
 +Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473
 +O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805
 +O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670
 +O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311
 +Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397
 +O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425
 +Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836
 +O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320
 +O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284
 +O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362
 +Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294
 +O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414
 +Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117
 +O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344
 +O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953
 +O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102
 +Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387
 +O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017
 +Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812
 +O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681
 +O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881
 +O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859
 +Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624
 +O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026
 +Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365
 +O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355
 +O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723
 +O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036
 +Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419
 +O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329
 +Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244
 +O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406
 +O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479
 +O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247
 +Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738
 +O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155
 +Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393
 +O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679
 +O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872
 +O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459
 +H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457
 +C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369 
 +H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480
 +H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151
 +C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521 
 +O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603
 +O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157
 +H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874
 +
 +</code>
 +
 +<code - mode2.xyz>
 116 116
  
Line 372: Line 494:
 O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411 O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411
 O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463 O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463
-H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457 
-C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369 
-H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480 
-H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151 
-C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521 
-O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603 
-O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157 
-H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874 
- 
-</code> 
- 
-<code - mode2.xyz> 
-116 
- 
-Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421 
-O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563 
-Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912 
-O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697 
-O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087 
-O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686 
-Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753 
-O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876 
-Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586 
-O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358 
-O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494 
-O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126 
-Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736 
-O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441 
-Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519 
-O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791 
-O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047 
-O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747 
-Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850 
-O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865 
-Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222 
-O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992 
-O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242 
-O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112 
-Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638 
-O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530 
-Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153 
-O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293 
-O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258 
-O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594 
-Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457 
-O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251 
-Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650 
-O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178 
-O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591 
-O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640 
-Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053 
-O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707 
-Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371 
-O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486 
-O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107 
-O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834 
-Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637 
-O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905 
-Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911 
-O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642 
-O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025 
-O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244 
-Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721 
-O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274 
-Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599 
-O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944 
-O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260 
-O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499 
-Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861 
-O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873 
-Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029 
-O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756 
-O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803 
-O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331 
-Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712 
-O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246 
-Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935 
-O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606 
-O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103 
-O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674 
-Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482 
-O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552 
-Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473 
-O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805 
-O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670 
-O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311 
-Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397 
-O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425 
-Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836 
-O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320 
-O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284 
-O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362 
-Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294 
-O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414 
-Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117 
-O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344 
-O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953 
-O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102 
-Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387 
-O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017 
-Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812 
-O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681 
-O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881 
-O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859 
-Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624 
-O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026 
-Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365 
-O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355 
-O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723 
-O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036 
-Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419 
-O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329 
-Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244 
-O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406 
-O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479 
-O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247 
-Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738 
-O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155 
-Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393 
-O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679 
-O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872 
-O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459 
 H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450 H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450
 C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246 C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246
Line 502: Line 502:
 O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063 O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063
 H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096 H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096
- 
 </code> </code>
  
Line 508: Line 507:
 108 108
  
- Ti        -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741 +Ti       -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741 
-  O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054 +O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054 
- Ti        -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619 +Ti       -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619 
-  O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008 +O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008 
-  O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980 +O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980 
-  O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998 +O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998 
- Ti        -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068 +Ti       -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068 
-  O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486 +O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486 
- Ti         3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461 +Ti        3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461 
-  O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963 +O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963 
-  O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829 +O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829 
-  O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896 +O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896 
- Ti        -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835 +Ti       -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835 
-  O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167 +O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167 
- Ti        -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589 +Ti       -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589 
-  O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253 +O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253 
-  O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462 +O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462 
-  O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809 +O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809 
- Ti        -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335 +Ti       -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335 
-  O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980 +O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980 
- Ti         3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840 +Ti        3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840 
-  O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323 +O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323 
-  O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583 +O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583 
-  O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875 +O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875 
- Ti        -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578 +Ti       -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578 
-  O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186 +O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186 
- Ti        -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946 +Ti       -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946 
-  O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103 +O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103 
-  O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381 +O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381 
-  O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747 +O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747 
- Ti        -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256 +Ti       -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256 
-  O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876 +O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876 
- Ti         3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973 +Ti        3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973 
-  O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559 +O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559 
-  O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837 +O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837 
-  O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270 +O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270 
- Ti        -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671 +Ti       -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671 
-  O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731 +O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731 
- Ti        -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109 +Ti       -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109 
-  O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033 +O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033 
-  O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115 +O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115 
-  O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553 +O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553 
- Ti        -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775 +Ti       -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775 
-  O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973 +O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973 
- Ti         2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888 +Ti        2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888 
-  O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229 +O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229 
-  O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877 +O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877 
-  O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384 +O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384 
- Ti        -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590 +Ti       -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590 
-  O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233 +O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233 
- Ti        -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195 +Ti       -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195 
-  O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806 +O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806 
-  O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740 +O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740 
-  O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269 +O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269 
- Ti        -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758 +Ti       -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758 
-  O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586 +O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586 
- Ti         2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123 +Ti        2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123 
-  O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725 +O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725 
-  O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190 +O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190 
-  O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856 +O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856 
- Ti        -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186 +Ti       -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186 
-  O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781 +O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781 
- Ti        -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483 +Ti       -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483 
-  O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894 +O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894 
-  O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234 +O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234 
-  O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531 +O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531 
- Ti        -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764 +Ti       -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764 
-  O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064 +O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064 
- Ti         2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566 +Ti        2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566 
-  O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610 +O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610 
-  O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461 +O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461 
-  O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377 +O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377 
- Ti         1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757 +Ti        1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757 
-  O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482 +O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482 
- Ti        -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096 +Ti       -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096 
-  O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618 +O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618 
-  O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870 +O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870 
-  O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488 +O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488 
- Ti         3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579 +Ti        3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579 
-  O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841 +O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841 
- Ti         0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807 +Ti        0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807 
-  O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903 +O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903 
-  O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375 +O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375 
-  O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026 +O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026 
- Ti         1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897 +Ti        1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897 
-  O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951 +O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951 
- Ti        -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907 +Ti       -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907 
-  O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174 +O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174 
-  O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628 +O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628 
-  O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244 +O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244 
- Ti         3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719 +Ti        3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719 
-  O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398 +O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398 
- Ti         0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394 +Ti        0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394 
-  O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691 +O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691 
-  O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663 +O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663 
-  O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156 +O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156 
- Ti         1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345 +Ti        1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345 
-  O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998 +O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998 
- Ti        -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866 +Ti       -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866 
-  O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038 +O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038 
-  O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902 +O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902 
-  O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385 +O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385 
- Ti         3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005 +Ti        3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005 
-  O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490 +O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490 
- Ti         0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103 +Ti        0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103 
-  O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737 +O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737 
-  O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864 +O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864 
-  O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400+O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400
 </code> </code>
exercises/2014_ethz_mmm/dye_tio.1396609712.txt.gz · Last modified: 2020/08/21 10:14 (external edit)