CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2016_summer_school:qmmm

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Last revisionBoth sides next revision
exercises:2016_summer_school:qmmm [2016/08/25 08:26] – mwatkinsexercises:2016_summer_school:qmmm [2016/08/25 18:35] – mwatkins
Line 3: Line 3:
 Here is the example file for KCl from the lecture Here is the example file for KCl from the lecture
  
-<code cp2k>+A full tar ball is here {{exercises:2016_summer_school:qmmm_island.tar.gz | qmmmm_island.tar.gz}} 
 + 
 +<code cp2k input.inp>
 @SET METHOD = QMMM # FIST all classical treatment # QS all quantum treatment @SET METHOD = QMMM # FIST all classical treatment # QS all quantum treatment
  
Line 88: Line 90:
 #analytic stress tensor not available, I think #analytic stress tensor not available, I think
 @include motion.inc @include motion.inc
 +</code>
 +
 +and includes as separate files, using the @include macro, for the QS, MM and motion sections
 +
 +<code cp2k QS.inc>
 +  &DFT
 +    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
 +    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS
 +    &MGRID
 +      COMMENSURATE
 +      CUTOFF 150
 +    &END MGRID
 +    &QS
 +      EPS_DEFAULT 1.0E-12
 +    &END QS
 +    &SCF
 +      EPS_SCF 1.0E-06
 +      MAX_SCF 26
 +      SCF_GUESS RESTART
 +      &OT
 +        MINIMIZER CG
 +        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
 +        ENERGY_GAP 0.001
 +      &END OT
 +      &OUTER_SCF
 +        EPS_SCF 1.0E-05
 +      &END OUTER_SCF
 +    &END SCF
 +    &XC
 +      &XC_FUNCTIONAL PBE
 +      &END XC_FUNCTIONAL
 +    &END XC
 +    &PRINT
 +       &MO_CUBES
 +           NLUMO 10
 +           WRITE_CUBE T
 +       &END MO_CUBES
 +       &V_HARTREE_CUBE
 +           STRIDE 2 2 2
 +       &END
 +    &END PRINT
 +  &END DFT
 +</code>
 +
 +<code cp2k MM.inc>
 +  &MM
 +    &FORCEFIELD
 +      &CHARGE
 +         ATOM K
 +         CHARGE 1.0
 +      &END CHARGE
 +      &CHARGE
 +         ATOM Cl
 +         CHARGE -1.0
 +      &END CHARGE
 +      &NONBONDED
 +        &WILLIAMS
 +          atoms K   Cl
 +          A [eV] 4117.9
 +          B [angstrom^-1] 3.2808
 +          C [eV*angstrom^6] 0.0
 +          RCUT [angstrom] 3.0
 +        &END WILLIAMS
 +        &WILLIAMS
 +          atoms Cl  Cl
 +          A [eV] 1227.2
 +          B [angstrom^-1] 3.1114
 +          C [eV*angstrom^6] 124.0
 +          RCUT [angstrom] 3.0
 +        &END WILLIAMS
 +        &WILLIAMS
 +          atoms K   K
 +          A [eV] 3796.9
 +          B [angstrom^-1] 3.84172
 +          C [eV*angstrom^6] 124.0
 +          RCUT [angstrom] 3.0
 +        &END WILLIAMS
 +      &END NONBONDED
 +    &END FORCEFIELD
 +    &POISSON
 +      &EWALD
 +        EWALD_TYPE spme
 +        ALPHA .44
 +        GMAX  40
 +      &END EWALD
 +    &END POISSON
 +  &END MM
 +</code>
 +
 +<code cp2k motion.inc>
 +&MOTION
 +  &GEO_OPT
 +     OPTIMIZER LBFGS
 +  &END
 +  &CONSTRAINT
 +     &FIXED_ATOMS
 +     LIST 1..16
 +     EXCLUDE_MM .FALSE.
 +     EXCLUDE_QM .TRUE.
 +     &END FIXED_ATOMS
 +  &END CONSTRAINT
 +&END MOTION
 +</code>
 +
 +<code xyz kcl.xyz>
 +48
 +
 +Cl         0.00000       15.00000        0.00000
 +Cl         3.15000       15.00000        3.15000
 +Cl         0.00000       15.00000        6.30000
 +Cl         3.15000       15.00000        9.45000
 +Cl         6.30000       15.00000        0.00000
 +Cl         9.45000       15.00000        3.15000
 +Cl         6.30000       15.00000        6.30000
 +Cl         9.45000       15.00000        9.45000
 +K          3.15000       15.00000        0.00000
 +K          0.00000       15.00000        3.15000
 +K          3.15000       15.00000        6.30000
 +K          0.00000       15.00000        9.45000
 +K          9.45000       15.00000        0.00000
 +K          6.30000       15.00000        3.15000
 +K          9.45000       15.00000        6.30000
 +K          6.30000       15.00000        9.45000
 +Cl         3.15000       18.15000        0.00000
 +Cl         0.00000       18.15000        3.15000
 +Cl         3.15000       18.15000        6.30000
 +Cl         0.00000       18.15000        9.45000
 +Cl         9.45000       18.15000        0.00000
 +Cl         6.30000       18.15000        3.15000
 +Cl         9.45000       18.15000        6.30000
 +Cl         6.30000       18.15000        9.45000
 +K          0.00000       18.15000        0.00000
 +K          3.15000       18.15000        3.15000
 +K          0.00000       18.15000        6.30000
 +K          3.15000       18.15000        9.45000
 +K          6.30000       18.15000        0.00000
 +K          9.45000       18.15000        3.15000
 +K          6.30000       18.15000        6.30000
 +K          9.45000       18.15000        9.45000
 +Cl         0.00000       21.30000        0.00000
 +Cl         3.15000       21.30000        3.15000
 +Cl         0.00000       21.30000        6.30000
 +Cl         3.15000       21.30000        9.45000
 +Cl         6.30000       21.30000        0.00000
 +Cl         9.45000       21.30000        3.15000
 +Cl         6.30000       21.30000        6.30000
 +Cl         9.45000       21.30000        9.45000
 +K          3.15000       21.30000        0.00000
 +K          0.00000       21.30000        3.15000
 +K          3.15000       21.30000        6.30000
 +K          0.00000       21.30000        9.45000
 +K          9.45000       21.30000        0.00000
 +K          6.30000       21.30000        3.15000
 +K          9.45000       21.30000        6.30000
 +K          6.30000       21.30000        9.45000
 </code> </code>
exercises/2016_summer_school/qmmm.txt · Last modified: 2020/08/21 10:15 by 127.0.0.1