Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- exercises:2016_summer_school:qmmm [2016/08/25 08:29] – mwatkins
+++ exercises:2016_summer_school:qmmm [2016/08/25 18:35] – mwatkins
@@ Line 3: / Line 3: @@
 Here is the example file for KCl from the lecture
-<code cp2k>
+A full tar ball is here {{exercises:2016_summer_school:qmmm_island.tar.gz | qmmmm_island.tar.gz}}
+<code cp2k input.inp>
 @SET METHOD = QMMM # FIST all classical treatment # QS all quantum treatment
@@ Line 92: / Line 94: @@
 and includes as separate files, using the @include macro, for the QS, MM and motion sections
-<code cp2k>
+<code cp2k QS.inc>
   &DFT
     BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
@@ Line 132: / Line 134: @@
 </code>
-<code cp2k>
+<code cp2k MM.inc>
   &MM
     &FORCEFIELD
@@ Line 177: / Line 179: @@
 </code>
-<code cp2k>
+<code cp2k motion.inc>
-&GEO_OPT
+&MOTION
+  &GEO_OPT
      OPTIMIZER LBFGS
   &END
@@ Line 189: / Line 192: @@
   &END CONSTRAINT
 &END MOTION
+</code>
+<code xyz kcl.xyz>
+Cl         0.00000       15.00000        0.00000
+Cl         3.15000       15.00000        3.15000
+Cl         0.00000       15.00000        6.30000
+Cl         3.15000       15.00000        9.45000
+Cl         6.30000       15.00000        0.00000
+Cl         9.45000       15.00000        3.15000
+Cl         6.30000       15.00000        6.30000
+Cl         9.45000       15.00000        9.45000
+K          3.15000       15.00000        0.00000
+K          0.00000       15.00000        3.15000
+K          3.15000       15.00000        6.30000
+K          0.00000       15.00000        9.45000
+K          9.45000       15.00000        0.00000
+K          6.30000       15.00000        3.15000
+K          9.45000       15.00000        6.30000
+K          6.30000       15.00000        9.45000
+Cl         3.15000       18.15000        0.00000
+Cl         0.00000       18.15000        3.15000
+Cl         3.15000       18.15000        6.30000
+Cl         0.00000       18.15000        9.45000
+Cl         9.45000       18.15000        0.00000
+Cl         6.30000       18.15000        3.15000
+Cl         9.45000       18.15000        6.30000
+Cl         6.30000       18.15000        9.45000
+K          0.00000       18.15000        0.00000
+K          3.15000       18.15000        3.15000
+K          0.00000       18.15000        6.30000
+K          3.15000       18.15000        9.45000
+K          6.30000       18.15000        0.00000
+K          9.45000       18.15000        3.15000
+K          6.30000       18.15000        6.30000
+K          9.45000       18.15000        9.45000
+Cl         0.00000       21.30000        0.00000
+Cl         3.15000       21.30000        3.15000
+Cl         0.00000       21.30000        6.30000
+Cl         3.15000       21.30000        9.45000
+Cl         6.30000       21.30000        0.00000
+Cl         9.45000       21.30000        3.15000
+Cl         6.30000       21.30000        6.30000
+Cl         9.45000       21.30000        9.45000
+K          3.15000       21.30000        0.00000
+K          0.00000       21.30000        3.15000
+K          3.15000       21.30000        6.30000
+K          0.00000       21.30000        9.45000
+K          9.45000       21.30000        0.00000
+K          6.30000       21.30000        3.15000
+K          9.45000       21.30000        6.30000
+K          6.30000       21.30000        9.45000
 </code>