CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2016_summer_school:qmmm

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
exercises:2016_summer_school:qmmm [2016/08/25 08:26] – mwatkinsexercises:2016_summer_school:qmmm [2020/08/21 10:15] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 3: Line 3:
 Here is the example file for KCl from the lecture Here is the example file for KCl from the lecture
  
-<code cp2k>+A full tar ball is here {{exercises:2016_summer_school:qmmm_island.tar.gz | qmmmm_island.tar.gz}} 
 + 
 +<code cp2k input.inp>
 @SET METHOD = QMMM # FIST all classical treatment # QS all quantum treatment @SET METHOD = QMMM # FIST all classical treatment # QS all quantum treatment
  
Line 88: Line 90:
 #analytic stress tensor not available, I think #analytic stress tensor not available, I think
 @include motion.inc @include motion.inc
 +</code>
 +
 +and includes as separate files, using the @include macro, for the QS, MM and motion sections
 +
 +<code cp2k QS.inc>
 +  &DFT
 +    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT
 +    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS
 +    &MGRID
 +      COMMENSURATE
 +      CUTOFF 150
 +    &END MGRID
 +    &QS
 +      EPS_DEFAULT 1.0E-12
 +    &END QS
 +    &SCF
 +      EPS_SCF 1.0E-06
 +      MAX_SCF 26
 +      SCF_GUESS RESTART
 +      &OT
 +        MINIMIZER CG
 +        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
 +        ENERGY_GAP 0.001
 +      &END OT
 +      &OUTER_SCF
 +        EPS_SCF 1.0E-05
 +      &END OUTER_SCF
 +    &END SCF
 +    &XC
 +      &XC_FUNCTIONAL PBE
 +      &END XC_FUNCTIONAL
 +    &END XC
 +    &PRINT
 +       &MO_CUBES
 +           NLUMO 10
 +           WRITE_CUBE T
 +       &END MO_CUBES
 +       &V_HARTREE_CUBE
 +           STRIDE 2 2 2
 +       &END
 +    &END PRINT
 +  &END DFT
 +</code>
 +
 +<code cp2k MM.inc>
 +  &MM
 +    &FORCEFIELD
 +      &CHARGE
 +         ATOM K
 +         CHARGE 1.0
 +      &END CHARGE
 +      &CHARGE
 +         ATOM Cl
 +         CHARGE -1.0
 +      &END CHARGE
 +      &NONBONDED
 +        &WILLIAMS
 +          atoms K   Cl
 +          A [eV] 4117.9
 +          B [angstrom^-1] 3.2808
 +          C [eV*angstrom^6] 0.0
 +          RCUT [angstrom] 3.0
 +        &END WILLIAMS
 +        &WILLIAMS
 +          atoms Cl  Cl
 +          A [eV] 1227.2
 +          B [angstrom^-1] 3.1114
 +          C [eV*angstrom^6] 124.0
 +          RCUT [angstrom] 3.0
 +        &END WILLIAMS
 +        &WILLIAMS
 +          atoms K   K
 +          A [eV] 3796.9
 +          B [angstrom^-1] 3.84172
 +          C [eV*angstrom^6] 124.0
 +          RCUT [angstrom] 3.0
 +        &END WILLIAMS
 +      &END NONBONDED
 +    &END FORCEFIELD
 +    &POISSON
 +      &EWALD
 +        EWALD_TYPE spme
 +        ALPHA .44
 +        GMAX  40
 +      &END EWALD
 +    &END POISSON
 +  &END MM
 +</code>
 +
 +<code cp2k motion.inc>
 +&MOTION
 +  &GEO_OPT
 +     OPTIMIZER LBFGS
 +  &END
 +  &CONSTRAINT
 +     &FIXED_ATOMS
 +     LIST 1..16
 +     EXCLUDE_MM .FALSE.
 +     EXCLUDE_QM .TRUE.
 +     &END FIXED_ATOMS
 +  &END CONSTRAINT
 +&END MOTION
 +</code>
 +
 +<code xyz kcl.xyz>
 +48
 +
 +Cl         0.00000       15.00000        0.00000
 +Cl         3.15000       15.00000        3.15000
 +Cl         0.00000       15.00000        6.30000
 +Cl         3.15000       15.00000        9.45000
 +Cl         6.30000       15.00000        0.00000
 +Cl         9.45000       15.00000        3.15000
 +Cl         6.30000       15.00000        6.30000
 +Cl         9.45000       15.00000        9.45000
 +K          3.15000       15.00000        0.00000
 +K          0.00000       15.00000        3.15000
 +K          3.15000       15.00000        6.30000
 +K          0.00000       15.00000        9.45000
 +K          9.45000       15.00000        0.00000
 +K          6.30000       15.00000        3.15000
 +K          9.45000       15.00000        6.30000
 +K          6.30000       15.00000        9.45000
 +Cl         3.15000       18.15000        0.00000
 +Cl         0.00000       18.15000        3.15000
 +Cl         3.15000       18.15000        6.30000
 +Cl         0.00000       18.15000        9.45000
 +Cl         9.45000       18.15000        0.00000
 +Cl         6.30000       18.15000        3.15000
 +Cl         9.45000       18.15000        6.30000
 +Cl         6.30000       18.15000        9.45000
 +K          0.00000       18.15000        0.00000
 +K          3.15000       18.15000        3.15000
 +K          0.00000       18.15000        6.30000
 +K          3.15000       18.15000        9.45000
 +K          6.30000       18.15000        0.00000
 +K          9.45000       18.15000        3.15000
 +K          6.30000       18.15000        6.30000
 +K          9.45000       18.15000        9.45000
 +Cl         0.00000       21.30000        0.00000
 +Cl         3.15000       21.30000        3.15000
 +Cl         0.00000       21.30000        6.30000
 +Cl         3.15000       21.30000        9.45000
 +Cl         6.30000       21.30000        0.00000
 +Cl         9.45000       21.30000        3.15000
 +Cl         6.30000       21.30000        6.30000
 +Cl         9.45000       21.30000        9.45000
 +K          3.15000       21.30000        0.00000
 +K          0.00000       21.30000        3.15000
 +K          3.15000       21.30000        6.30000
 +K          0.00000       21.30000        9.45000
 +K          9.45000       21.30000        0.00000
 +K          6.30000       21.30000        3.15000
 +K          9.45000       21.30000        6.30000
 +K          6.30000       21.30000        9.45000
 </code> </code>
exercises/2016_summer_school/qmmm.1472113610.txt.gz · Last modified: 2020/08/21 10:15 (external edit)