CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2018_ethz_mmm:adsorption_2018

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Last revisionBoth sides next revision
exercises:2018_ethz_mmm:adsorption_2018 [2018/04/13 08:20] – dpasseroneexercises:2018_ethz_mmm:adsorption_2018 [2018/05/28 16:02] – [2. Task: Bond induced density differences] dpasserone
Line 1: Line 1:
 ====== Adsorption of acetylene on an intermetallic surface ====== ====== Adsorption of acetylene on an intermetallic surface ======
-<!--+ 
 +<note important>FILES CAN BE FOUND HERE: [[https://polybox.ethz.ch/index.php/s/QEjNuXEa4nHgrCV|tar file]]</note> 
 In this exercise you will compute the adsorption energy of acetylene on a intermetallic catalyst.  In this exercise you will compute the adsorption energy of acetylene on a intermetallic catalyst. 
-This process is important during the production of polyethylene, and the system is described in this paper: [[doi>10.1021%2Fja505936b]].+This process is important during the production of polyethylene, and the system is described in this paper: [[doi>10.1021/ja505936b]].
  
 <note tip>  <note tip> 
Line 34: Line 36:
  
 <note tip> <note tip>
-The calculations involving the slab should be run on at least 16 cores with ''qsub run -v INP=prefix''. Check the  ''run'' file for the number of nodes. +The calculations involving the slab should be run with a reduced model with the serial cp2k ''cp2k.ssmp -i file.inp > file.out''. </note>
-</note>+
  
 To process the cube files we are going to use the [[tools:cubecruncher | cubecruncher]] tool. It is part of CP2K and is in your exercise directory. To process the cube files we are going to use the [[tools:cubecruncher | cubecruncher]] tool. It is part of CP2K and is in your exercise directory.
 <code> <code>
-you@eulerX ~$ ./cubecruncher.x -i S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -subtract S-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o tmp.cube +(aiida) max@qmobile:~/exercise_6$ ./cubecruncher.x -i S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -subtract S.S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o tmp.cube 
-you@eulerX ~$ ./cubecruncher.x -i tmp.cube -subtract M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o Delta_ads.cube+(aiida) max@qmobile:~/exercise_6$ ./cubecruncher.x -i tmp.cube -subtract M.S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o Delta_ads.cube
 </code> </code>
  
Line 46: Line 47:
 The generated cube file is not aligned with the simulation cell. Center the cube file with the cubecruncher.x tool: The generated cube file is not aligned with the simulation cell. Center the cube file with the cubecruncher.x tool:
 <code> <code>
-you@eulerX ~$ ./cubecruncher.x -center geo -i Delta_ads.cube -o Delta_ads-centered.cube+(aiida) max@qmobile:~/exercise_6$ ./cubecruncher.x -center geo -i Delta_ads.cube -o Delta_ads-centered.cube
 </code> </code>
  
-You can visualize the resulting file ''delta_ads-centered.cube'' with VMD. This has been covered in a [[reaction_energy_2017| previous exercise]].+You can visualize the resulting file ''delta_ads-centered.cube'' with VMD. This has been covered in a [[https://www.cp2k.org/exercises:2017_ethz_mmm:reaction_energy_2017|previous exercise]].
  
-What you get should look similar to this: +<!-- What you get should look similar to this: 
 {{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}} {{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}}
 +  
 +-->
 ===== 3. Task: Bonding energies  ===== ===== 3. Task: Bonding energies  =====
 Compute the binding energy: Compute the binding energy:
Line 79: Line 81:
  
 <note warning> <note warning>
-The provided files are all in the directory ''/home/psd/Exercise_9''. Change the name of the xyz file accordingly in the input files.+The provided files are all in the directory of the exercises. Change the name of the xyz file accordingly in the input files.
 </note> </note>
  
  
-<code - S_M.inp>+<code - S_M.ene.inp> 
 &FORCE_EVAL &FORCE_EVAL
   METHOD Quickstep   METHOD Quickstep
Line 116: Line 119:
       &END       &END
       &PRINT       &PRINT
-        &RESTART 
-          &EACH 
-            GEO_OPT 2 
-          &END 
-          ADD_LAST NUMERIC 
-          FILENAME RESTART 
-        &END 
-        &RESTART_HISTORY OFF 
-        &END 
       &END       &END
     &END SCF     &END SCF
Line 131: Line 125:
       &END XC_FUNCTIONAL       &END XC_FUNCTIONAL
     &END XC     &END XC
 +    &POISSON
 +       PERIODIC XY
 +       POISSON_SOLVER ANALYTIC
 +    &END
   &END DFT   &END DFT
   &SUBSYS   &SUBSYS
     &CELL     &CELL
-A [angstrom] 14.08557 0 0 +A [angstrom] 7.042785 0 0 
-B [angstrom] 0 12.1985 0 +B [angstrom] 0  6.09925  0. 
-C [angstrom] 0.000000      0.000000    15.0+C [angstrom] 0.000000   0.   15. 
 +       PERIODIC XY
     &END CELL     &END CELL
     &TOPOLOGY     &TOPOLOGY
Line 164: Line 163:
   PROJECT S_M   PROJECT S_M
   RUN_TYPE ENERGY   RUN_TYPE ENERGY
-&END GLOBAL               +  WALLTIME 860000
-</code>  +
---> +
-<!-- +
-<code - POTENTIALS> +
-################################################################################ +
-# +
-# Potential data base file for CP2K (Quickstep) +
-# +
-################################################################################ +
-# ----------------------------------------------------- +
-# +
-# Literature: - S. Goedecker, M. Teter, and J. Hutter, +
-#               Phys. Rev. B 54, 1703 (1996) +
-#             - C. Hartwigsen, S. Goedecker, and J. Hutter, +
-#               Phys. Rev. B 58, 3641 (1998) +
-#             - M. Krack, +
-#               Theor. Chem. Acc. 114, 145 (2005) +
-# +
-# Potential for the PBE functional +
-# +
-################################################################################ +
-# +
-H GTH-PBE-q1 +
-    1 +
-     0.20000000    2    -4.17890044     0.72446331 +
-    0 +
-# +
-C GTH-PBE-q4 +
-    2    2 +
-     0.33847124    2    -8.80367398     1.33921085 +
-    2 +
-     0.30257575    1     9.62248665 +
-     0.29150694    0 +
-# +
-O GTH-PBE-q6 +
-    2    4 +
-     0.24455430    2   -16.66721480     2.48731132 +
-    2 +
-     0.22095592    1    18.33745811 +
-     0.21133247    0 +
-# +
-Ti GTH-PBE-q12 +
-    4    6    2 +
-     0.38000000    2     8.71144218    -0.70028677 +
-    3 +
-     0.33777078    2     2.57526386     3.69297065 +
-                                       -4.76760461 +
-     0.24253135    2    -4.63054123     8.87087502 +
-                                      -10.49616087 +
-     0.24331694    1    -9.40665268 +
- +
-</code> +
- +
-<code - BASIS_SETS> +
-######################################################################### +
-# +
-# This is a library of molecularly optimised basis functions as described in the paper: +
-# +
-# Gaussian basis sets for accurate calculations on molecular systems +
-# in gas and condensed phases +
-# +
-# Joost VandeVondele and Juerg Hutter +
-# J. Chem. Phys. 127, 114105 (2007) +
-# +
-# URL: http://link.aip.org/link/?JCP/127/114105 +
-# DOI: 10.1063/1.2770708 +
-# +
-########################################### +
- H  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q1 +
- 1 +
- 2 0 1 7 2 1 +
-     11.478000339908  0.024916243200 -0.012512421400  0.024510918200 +
-      3.700758562763  0.079825490000 -0.056449071100  0.058140794100 +
-      1.446884268432  0.128862675300  0.011242684700  0.444709498500 +
-      0.716814589696  0.379448894600 -0.418587548300  0.646207973100 +
-      0.247918564176  0.324552432600  0.590363216700  0.803385018200 +
-      0.066918004004  0.037148121400  0.438703133000  0.892971208700 +
-      0.021708243634 -0.001125195500 -0.059693171300  0.120101316500 +
- C  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q4 +
- 1 +
- 2 0 2 7 2 2 1 +
-      6.132624767898 -0.105576563700  0.024850587600  0.035098108400 -0.056712999000  0.037469425800 +
-      2.625196064782 -0.174866621100  0.147440856000  0.114197930900 -0.076743951500  0.071047574800 +
-      1.045456957247  0.064464981400 -0.421418379200  0.215908137300 -0.528056757000  0.619330561200 +
-      0.478316330874  0.830447035300  0.823051336800  0.355929151000  0.394594045700  0.710730857000 +
-      0.178617414302  0.371911373800  0.184880712100  0.271541842000  0.721247475800  0.389148235000 +
-      0.075144725465  0.006174464000 -0.742086051600  0.056256557700  0.733902531700  0.346374124100 +
-      0.030286753006  0.008966477300  0.083382192000  0.004998059700  0.248172175500 -0.005142430900 +
- O  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q6 +
- 1 +
- 2 0 2 7 2 2 1 +
-     12.015954705512 -0.060190841200  0.065738617900  0.036543638800 -0.034210557400  0.014807054400 +
-      5.108150287385 -0.129597923300  0.110885902200  0.120927648700 -0.120619770900  0.068186159300 +
-      2.048398039874  0.118175889400 -0.053732406400  0.251093670300 -0.213719464600  0.290576499200 +
-      0.832381575582  0.462964485000 -0.572670666200  0.352639910300 -0.473674858400  1.063344189500 +
-      0.352316246455  0.450353782600  0.186760006700  0.294708645200  0.484848376400  0.307656114200 +
-      0.142977330880  0.092715833600  0.387201458600  0.173039869300  0.717465919700  0.318346834400 +
-       0.046760918300 -0.000255945800  0.003825849600  0.009726110600  0.032498979400 -0.005771736600 +
- Ti DZVP-MOLOPT-SR-GTH DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12 +
- 1 +
- 2 0 3 6 3 2 2 1 +
-      7.884569925997  0.004750577412 -0.002690702837  0.075105591562 -0.108736525246  0.023185061556  0.052842407451 -0.038307431199 -0.002442658125 +
-      3.894698463070  0.499503858222  0.103956524568  0.048602853477  0.100912855636 -0.027189036213  0.195986532018 -0.076880250937  0.013119020987 +
-      1.513588828959 -0.664995883766 -0.256641947580  0.079732563787  0.527328996047 -0.230044390357  0.330343722079 -0.242486488988 -0.206817889885 +
-      0.596768079836 -0.726044574739 -0.451591547817  1.660896378972  0.468197803110 -0.126795185046  0.396808432313 -0.118369379707 -0.546596492823 +
-      0.222222125842 -0.029011079755  0.165167622946 -2.748651632733  0.077640626075  0.343517279356  0.347092399871  0.038099375809 -0.279145975103 +
-      0.077078461321  0.075171747143  0.993127316430  1.368227638651 -0.007523238420  0.946960702315  0.132320900948  1.046553050597  0.934394052863 +
- +
-</code> +
- +
-<code - mode1.xyz> +
-116 +
- +
-Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421 +
-O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563 +
-Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912 +
-O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697 +
-O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087 +
-O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686 +
-Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753 +
-O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876 +
-Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586 +
-O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358 +
-O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494 +
-O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126 +
-Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736 +
-O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441 +
-Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519 +
-O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791 +
-O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047 +
-O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747 +
-Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850 +
-O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865 +
-Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222 +
-O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992 +
-O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242 +
-O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112 +
-Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638 +
-O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530 +
-Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153 +
-O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293 +
-O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258 +
-O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594 +
-Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457 +
-O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251 +
-Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650 +
-O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178 +
-O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591 +
-O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640 +
-Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053 +
-O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707 +
-Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371 +
-O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486 +
-O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107 +
-O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834 +
-Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637 +
-O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905 +
-Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911 +
-O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642 +
-O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025 +
-O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244 +
-Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721 +
-O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274 +
-Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599 +
-O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944 +
-O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260 +
-O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499 +
-Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861 +
-O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873 +
-Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029 +
-O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756 +
-O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803 +
-O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331 +
-Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712 +
-O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246 +
-Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935 +
-O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606 +
-O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103 +
-O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674 +
-Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482 +
-O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552 +
-Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473 +
-O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805 +
-O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670 +
-O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311 +
-Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397 +
-O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425 +
-Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836 +
-O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320 +
-O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284 +
-O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362 +
-Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294 +
-O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414 +
-Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117 +
-O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344 +
-O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953 +
-O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102 +
-Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387 +
-O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017 +
-Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812 +
-O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681 +
-O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881 +
-O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859 +
-Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624 +
-O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026 +
-Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365 +
-O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355 +
-O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723 +
-O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036 +
-Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419 +
-O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329 +
-Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244 +
-O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406 +
-O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479 +
-O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247 +
-Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738 +
-O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155 +
-Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393 +
-O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679 +
-O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872 +
-O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459 +
-H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457 +
-C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369  +
-H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480 +
-H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151 +
-C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521  +
-O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603 +
-O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157 +
-H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874 +
- +
-</code> +
- +
-<code - mode2.xyz> +
-116 +
- +
-Ti        0.0150786099       -0.0030604155       -0.2374201259 +
-O         0.4515580466       -0.0646282100        1.8001155831 +
-Ti       -1.5073356783       -0.0021026124        2.5525864818 +
-O        -1.7759961007       -0.0002275800        0.6680111337 +
-O        -3.3291162152       -0.0023490698        3.0696212715 +
-O        -1.7197127142       -1.8809866556        2.8642842575 +
-Ti       -3.6978004404       -1.8661667177        3.6084326925 +
-O         0.3785074831       -1.8945596770       -0.1980298452 +
-Ti        3.7996574045       -1.9219539316        2.8301270999 +
-O         3.3305054330       -0.0058364403        2.7942261562 +
-O        -4.6900333011       -1.9659285303        1.9448925419 +
-O        -5.3925681292       -1.8976344334        4.3248895668 +
-Ti       -0.0283064667       -3.7737024590       -0.1507446117 +
-O         0.4475870469       -3.7803762159        1.8621586431 +
-Ti       -1.3713031978       -3.7725215345        2.8511642577 +
-O        -1.7912822225       -3.7729870345        0.7436262925 +
-O        -3.1963784791       -3.7804631987        3.6648868231 +
-O        -1.7705984874       -5.6752809020        2.8039139185 +
-Ti       -3.7092032911       -5.6725438342        3.3897938268 +
-O         0.3841910583       -5.6739517448       -0.1381224421 +
-Ti        3.7513121067       -5.6747221635        2.8551954028 +
-O         3.3367138059       -3.7840186471        2.8127851513 +
-O        -4.6560725160       -5.6733549533        1.8776383238 +
-O        -5.3204369054       -5.6669271369        4.2778026483 +
-Ti       -0.0266777619        3.7696389407       -0.1491534163 +
-O         0.4524897086        3.7857220830        1.8631418152 +
-Ti       -1.3730627656        3.7742135603        2.8371003388 +
-O        -1.7905256319        3.7786525562        0.7422177730 +
-O        -3.1948630000        3.7795989881        3.6670918260 +
-O        -1.7343662633        1.8899845272        2.8090040137 +
-Ti       -3.6974632076        1.8668219133        3.5884163764 +
-O         0.3822543310        1.8874843004       -0.1432095900 +
-Ti        3.7864567490        1.9054527096        2.8508016360 +
-O         3.3675002865        3.7799021368        2.8626057027 +
-O        -4.6840457398        1.9746044749        1.9466850498 +
-O        -5.3729095331        1.8414022655        4.3320391075 +
-Ti       -1.5079668291       -0.0008456767       -3.7989215478 +
-O        -1.0951317039        0.0022938033       -1.7345576883 +
-Ti       -2.8929121223       -0.0000735048       -0.8782772455 +
-O        -3.3736661811        0.0005357865       -2.8128806833 +
-O        -4.7193863680        0.0001570116       -0.0748056115 +
-O        -3.2632860440       -1.8860154449       -0.7956216654 +
-Ti       -5.1307996411       -1.8978086035       -0.0398179095 +
-O        -1.1320787396       -1.8909803808       -3.7440163178 +
-Ti        2.3133857413       -1.9061341614       -0.8099170994 +
-O         1.8786839357        0.0011314062       -0.8069543100 +
-O         4.0385009963       -1.8895616393       -1.6570045786 +
-O         3.3115055560       -1.8920970172        0.7501369741 +
-Ti       -1.5256127358       -3.7819843403       -3.7701763163 +
-O        -1.0940683369       -3.7869847697       -1.6789541127 +
-Ti       -2.8425313294       -3.7819322313       -0.7839726892 +
-O        -3.3422315516       -3.7760564219       -2.8030699366 +
-O        -4.7315665522       -3.7831312336       -0.1321164185 +
-O        -3.2580399316       -5.6728032840       -0.7985618810 +
-Ti       -5.1462151180       -5.6726106968       -0.1400092932 +
-O        -1.1340144859       -5.6732616791       -3.7388880843 +
-Ti        2.2670101177       -5.6749205566       -0.7762329495 +
-O         1.8631140907       -3.7853073574       -0.7974118985 +
-O         4.0263575475       -5.6730177766       -1.6715945206 +
-O         3.3250517248       -5.6784227751        0.7515944134 +
-Ti       -1.5248867442        3.7818848512       -3.7712820230 +
-O        -1.0907299886        3.7812336768       -1.6778258037 +
-Ti       -2.8428177895        3.7841675976       -0.7861032158 +
-O        -3.3397902383        3.7762483047       -2.8026235400 +
-O        -4.7304156316        3.7842200412       -0.1318958639 +
-O        -3.2645051173        1.8869138058       -0.7933488063 +
-Ti       -5.1241443302        1.8993249071       -0.0252297449 +
-O        -1.1314283131        1.8906347021       -3.7440419862 +
-Ti        2.3185671036        1.9017475834       -0.7833845676 +
-O         1.8597419566        3.7800089897       -0.7974665372 +
-O         4.0344536794        1.8895028649       -1.6315658326 +
-O         3.3098310076        1.8936248995        0.7823280807 +
-Ti        1.4537853090       -0.0347286638        3.2604875735 +
-O        -2.6845024000        0.0000746592       -5.2147510734 +
-Ti       -4.2967571219        0.0018586454       -4.3442818967 +
-O        -0.2511143909        0.1328085915        4.2720687411 +
-O         3.9819696258        0.0012627538       -3.7355131655 +
-O        -4.8038476957       -1.8889916108       -4.5923792314 +
-Ti        3.5953547314       -1.8907810205       -3.7642624098 +
-O         1.8553660493       -1.8815919187        3.6062633048 +
-Ti        0.8351449362       -1.8959349617       -4.3196742869 +
-O         0.3119042183       -0.0001283684       -4.5915870901 +
-O         2.4377532123       -1.8915585194       -5.2027330310 +
-O         1.7783437087       -1.8888222418       -2.8082665928 +
-Ti        1.3904951140       -3.7857957693        3.3690175525 +
-O        -2.6814201117       -3.7831847959       -5.2025558657 +
-Ti       -4.2854691947       -3.7801054852       -4.3136778334 +
-O        -0.2074321278       -3.7970194791        4.2709539045 +
-O         3.9820256895       -3.7800854351       -3.7356644708 +
-O        -4.7961377238       -5.6736624399       -4.5471769110 +
-Ti        3.5917963887       -5.6730897244       -3.7666434973 +
-O         1.9069112439       -5.6781980199        3.6136248160 +
-Ti        0.8312484616       -5.6732029738       -4.3044789530 +
-O         0.3186267326       -3.7822693739       -4.5479829736 +
-O         2.4335197920       -5.6733247069       -5.1986406627 +
-O         1.7786689446       -5.6734212363       -2.7982114552 +
-Ti        1.3984968329        3.7644681343        3.3685503422 +
-O        -2.6815455972        3.7828337111       -5.2024703087 +
-Ti       -4.2855071694        3.7788568387       -4.3128750844 +
-O        -0.2044150611        3.7319133608        4.2704391005 +
-O         3.9827213914        3.7789077586       -3.7330838039 +
-O        -4.8039829955        1.8898269577       -4.5907748518 +
-Ti        3.5899147654        1.8912350407       -3.7590482617 +
-O         1.8739898095        1.8720733323        3.5992207033 +
-Ti        0.8344557677        1.8954291350       -4.3129140724 +
-O         0.3192643376        3.7819866970       -4.5466934222 +
-O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411 +
-O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463 +
-H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450 +
-C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246 +
-H        -2.9713818519       -0.6195053843        7.9928436643 +
-H        -2.1415146457        0.9598101494        7.7628564958 +
-C        -2.8081585120       -0.0061954447        5.9550273922 +
-O        -3.0662415287       -1.1345711119        5.4074245732 +
-O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063 +
-H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096 +
-</code> +
- +
-<code - relaxed_slab.xyz> +
-108 +
- +
-Ti       -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741 +
-O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054 +
-Ti       -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619 +
-O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008 +
-O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980 +
-O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998 +
-Ti       -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068 +
-O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486 +
-Ti        3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461 +
-O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963 +
-O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829 +
-O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896 +
-Ti       -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835 +
-O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167 +
-Ti       -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589 +
-O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253 +
-O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462 +
-O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809 +
-Ti       -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335 +
-O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980 +
-Ti        3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840 +
-O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323 +
-O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583 +
-O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875 +
-Ti       -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578 +
-O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186 +
-Ti       -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946 +
-O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103 +
-O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381 +
-O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747 +
-Ti       -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256 +
-O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876 +
-Ti        3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973 +
-O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559 +
-O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837 +
-O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270 +
-Ti       -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671 +
-O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731 +
-Ti       -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109 +
-O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033 +
-O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115 +
-O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553 +
-Ti       -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775 +
-O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973 +
-Ti        2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888 +
-O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229 +
-O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877 +
-O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384 +
-Ti       -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590 +
-O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233 +
-Ti       -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195 +
-O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806 +
-O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740 +
-O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269 +
-Ti       -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758 +
-O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586 +
-Ti        2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123 +
-O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725 +
-O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190 +
-O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856 +
-Ti       -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186 +
-O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781 +
-Ti       -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483 +
-O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894 +
-O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234 +
-O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531 +
-Ti       -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764 +
-O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064 +
-Ti        2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566 +
-O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610 +
-O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461 +
-O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377 +
-Ti        1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757 +
-O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482 +
-Ti       -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096 +
-O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618 +
-O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870 +
-O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488 +
-Ti        3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579 +
-O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841 +
-Ti        0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807 +
-O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903 +
-O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375 +
-O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026 +
-Ti        1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897 +
-O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951 +
-Ti       -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907 +
-O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174 +
-O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628 +
-O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244 +
-Ti        3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719 +
-O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398 +
-Ti        0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394 +
-O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691 +
-O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663 +
-O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156 +
-Ti        1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345 +
-O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998 +
-Ti       -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866 +
-O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038 +
-O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902 +
-O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385 +
-Ti        3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005 +
-O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490 +
-Ti        0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103 +
-O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737 +
-O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864 +
-O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400 +
-</code> +
- +
---> +
-<!-- +
-The reaction is the following: +
-{{ :exercises:2017_ethz_mmm:screen_shot_2017-04-27_at_18.43.25.png?nolink&600 |}} +
-and this is the pictorial view in the gas phase: +
-{{ :exercises:2017_ethz_mmm:screen_shot_2017-04-27_at_18.50.10.png?nolink&600 |}} +
- +
-In the supplementary material of the paper, which can be found [[http://www.rsc.org/suppdata/c6/ra/c6ra08509a/c6ra08509a1.pdf|here]], several calculation with different methods ranging from DFT to hybrid methods to high-level methods are described, together with the basis set dependence of the results.   +
- +
- +
-We will compare our results with the published ones. +
- +
-The input file structure is shown below: +
- +
-<code cp2k> +
-&FORCE_EVAL                           ! This section defines method for calculating energy and forces +
- +
-   METHOD Quickstep                   ! Electronic structure method (DFT,...) +
-   &DFT +
-      BASIS_SET_FILE_NAME ./BASIS_C_H_O  +
-      &POISSON                        ! Solver requested for non periodic calculations +
-         PERIODIC NONE +
-         PSOLVER  WAVELET             ! Type of solver +
-      &END POISSON +
-      &QS                             ! Parameters needed to set up the Quickstep framework +
-         METHOD GAPW                  ! Method: gaussian and augmented plane waves  +
-      &END QS +
-    +
-# +
-# Include the exchange and correlation information +
-# +
-@INCLUDE './hf.inc' +
- +
-   &END DFT +
- +
- +
-   &SUBSYS                            ! This section defines the system +
-      &CELL                           ! Unit cell set up +
-         PERIODIC NONE                ! Non periodic calculation +
-         ABC 10 10 10                 ! Lengths of the cell vectors A, B, and C +
-      &END CELL +
-      &COORD                          ! This section specify all the atoms and their coordinates +
-  H         2.5558925119        3.0          4.  +
-  O         4.00                3.5          4. +
-  H         5.4167134504        3.0669045998 4. +
-      &END COORD +
-      &TOPOLOGY +
-          &CENTER_COORDINATES +
-          &END +
-      &END TOPOLOGY +
- +
-      +
-      &KIND O                                      ! potential and basis for O  +
-         BASIS_SET _MYBASIS_ +
-         POTENTIAL ALL +
-         &POTENTIAL +
-     4    4    0 +
-     0.24762086    0 +
-         &END  +
-      &END KIND +
-      &KIND H                                      ! potential and basis for H  +
-         BASIS_SET _MYBASIS_ +
-         POTENTIAL ALL +
-         &POTENTIAL +
-          1    0    0 +
-          0.20000000    0 +
-         &END  +
-      &END KIND +
-      &KIND C                         ! potential and basis for C +
-         BASIS_SET _MYBASIS_ +
-         POTENTIAL ALL +
-         &POTENTIAL +
-            4    2    0 +
-            0.34883045    0 +
-         &END +
-      &END KIND +
-   &END SUBSYS +
-&END FORCE_EVAL                     ! This section defines method for calculating energy and forces +
- +
-&GLOBAL                             ! Section with general information regarding which kind of simulation to perform an parameters for the whole PROGRAM +
-   PRINT_LEVEL LOW                  ! Global print level +
-   PROJECT h2o                      ! Name of the project. This word will appear as part of a name of all ouput files (except main ouput file, specified with -o option) +
-   RUN_TYPE GEO_OPT                 ! Geometry optimization+
 &END GLOBAL &END GLOBAL
-                                                                                   
-</code> 
- 
-The exercise is executed on the virtual machine cluster. After creating a directory as usual, you can download the file from here: 
-[[https://polybox.ethz.ch/index.php/s/wtxgaO9IEPM7FXs|(tar file)]] 
- 
-Copy the file to the created directory in the ''EXERCISES'' path, and execute 
-<code> 
-tar xvf exercise_5.tar 
-</code> 
-<note tip> 
-In the directory you will find the following files: 
-  * ''h2o_template.inp'' for the geometry optimization of water 
-  * ''ethanol_template.inp'' for the geometry optimization of ethanol 
-  * ''ethylene_template.inp'' for the geometry optimization of ethylene (ethene) 
-  * ''hf.inc'' file describing the level of theory (exchange and/or correlation functional), in this case Hartree Fock 
-  * ''BASIS_H_C_O'' a repository file for basis sets. 
-</note> 
- 
-First you have to modify the input files in order to prescribe a certain basis set. You have, from the simplest to the most advanced: 
- 
-  - 3-21G* 
-  - 6-31G* 
-  - 6-31Gxx 
-  - 6-31++Gxx 
-  - 6-311Gxx 
-  - 6-311++Gxx 
- 
-For example,  
-<code> 
-m_replace _MYBASIS_ '6-31G*' < h2o_template.inp > h2o_BASIS1.inp 
-</code> 
-(note: **use the quote, because the star is a bash special character!!!**) 
-The command to launch the job is 
-<note important> cp2k.ssmp -i h2o_BASIS1.inp > h2o_BASIS1.out </note> 
-In the ''*.out'' files you can look for the final energies by the following command: 
-<note important>> grep 'ENERGY|' myoutput.out </note>. 
- 
-This will list all the energies. Then you can redo the exercise with different basis set, reusing the command **m_replace**. 
- 
-^ Basis set                  ^ Energy H2O [$E_h$] ^ Energy Ethylene [$E_h$] ^ Energy Ethanol [$E_h$]^ Distance CC Ethanol [$Å$] ^ Reaction energy [$E_h$] ^ 
-| BASIS 1(Name)              | ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 2(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 3(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 4(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 5(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 6(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
- 
- 
-<note important>The binding energy is only significant if all terms were calculated with the same basis-set.</note> 
-  
-<note warning> 
-Assignments: 
-  - Compute the reaction energy for the dehydration reaction of ethanol 
-  - Prepare a table with rows and columns: on the rows the basis set, on the columns different quantities (see above). 
-  - Compare the results with the published ones (note the conversion factors. You can use the tool at [[http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html|Energy converter]] 
-  - Comment on the dependence on the basis set  
-  - Is this information enough to determine the rates of reaction? Why? 
-</note> 
- 
- 
-=== BONUS TRACK === 
- 
-<note tip>We may be interested in the visualisation of the electronic density. Copy the ''ethanol_BASIS1.inp'' into ''ethanol_dens_BASIS1.inp''.</note> 
- 
-Add the following sections: 
-**under &DFT** 
-<code cp2k> 
-       &PRINT  
-          &E_DENSITY_CUBE 
-          &END 
-       &END       
-       &SCF 
-          SCF_GUESS RESTART 
-       &END 
-</code> 
-This tells to read the old wavefunction and to print the cubefile of the density. 
- 
-At the end of the input file: 
-<code cp2k> 
-&EXT_RESTART 
-     RESTART_FILE_NAME ./c2h6o-1.restart 
 &END &END
-</code> 
  
-Then, change ''RUN_TYPE GEO_OPT'' to ''RUN_TYPE ENERGY'' to only run a single point calculation. It will generate a cubefile with the density which you may visualize with VMD.+</code> 
  
--->+<
exercises/2018_ethz_mmm/adsorption_2018.txt · Last modified: 2020/08/21 10:15 by 127.0.0.1