CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2018_ethz_mmm:adsorption_2018

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
exercises:2018_ethz_mmm:adsorption_2018 [2018/04/13 08:20] – dpasseroneexercises:2018_ethz_mmm:adsorption_2018 [2020/08/21 10:15] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 1: Line 1:
 ====== Adsorption of acetylene on an intermetallic surface ====== ====== Adsorption of acetylene on an intermetallic surface ======
-<!--+ 
 +<note important>FILES CAN BE FOUND HERE: [[https://polybox.ethz.ch/index.php/s/QEjNuXEa4nHgrCV|tar file]]</note> 
 In this exercise you will compute the adsorption energy of acetylene on a intermetallic catalyst.  In this exercise you will compute the adsorption energy of acetylene on a intermetallic catalyst. 
-This process is important during the production of polyethylene, and the system is described in this paper: [[doi>10.1021%2Fja505936b]].+This process is important during the production of polyethylene, and the system is described in this paper: [[doi>10.1021/ja505936b]].
  
 <note tip>  <note tip> 
Line 34: Line 36:
  
 <note tip> <note tip>
-The calculations involving the slab should be run on at least 16 cores with ''qsub run -v INP=prefix''. Check the  ''run'' file for the number of nodes. +The calculations involving the slab should be run with a reduced model with the serial cp2k ''cp2k.ssmp -i file.inp > file.out''. </note>
-</note>+
  
 To process the cube files we are going to use the [[tools:cubecruncher | cubecruncher]] tool. It is part of CP2K and is in your exercise directory. To process the cube files we are going to use the [[tools:cubecruncher | cubecruncher]] tool. It is part of CP2K and is in your exercise directory.
 <code> <code>
-you@eulerX ~$ ./cubecruncher.x -i S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -subtract S-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o tmp.cube +(aiida) max@qmobile:~/exercise_6$ ./cubecruncher.x -i S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -subtract S.S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o tmp.cube 
-you@eulerX ~$ ./cubecruncher.x -i tmp.cube -subtract M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o Delta_ads.cube+(aiida) max@qmobile:~/exercise_6$ ./cubecruncher.x -i tmp.cube -subtract M.S_M-ELECTRON_DENSITY-1_0.cube -o Delta_ads.cube
 </code> </code>
  
Line 46: Line 47:
 The generated cube file is not aligned with the simulation cell. Center the cube file with the cubecruncher.x tool: The generated cube file is not aligned with the simulation cell. Center the cube file with the cubecruncher.x tool:
 <code> <code>
-you@eulerX ~$ ./cubecruncher.x -center geo -i Delta_ads.cube -o Delta_ads-centered.cube+(aiida) max@qmobile:~/exercise_6$ ./cubecruncher.x -center geo -i Delta_ads.cube -o Delta_ads-centered.cube
 </code> </code>
  
-You can visualize the resulting file ''delta_ads-centered.cube'' with VMD. This has been covered in a [[reaction_energy_2017| previous exercise]].+You can visualize the resulting file ''delta_ads-centered.cube'' with VMD. This has been covered in a [[https://www.cp2k.org/exercises:2017_ethz_mmm:reaction_energy_2017|previous exercise]].
  
-What you get should look similar to this: +<!-- What you get should look similar to this: 
 {{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}} {{ dye_tio_bonding_density.png?300 |}}
 +  
 +-->
 ===== 3. Task: Bonding energies  ===== ===== 3. Task: Bonding energies  =====
 Compute the binding energy: Compute the binding energy:
Line 79: Line 81:
  
 <note warning> <note warning>
-The provided files are all in the directory ''/home/psd/Exercise_9''. Change the name of the xyz file accordingly in the input files.+The provided files are all in the directory of the exercises. Change the name of the xyz file accordingly in the input files.
 </note> </note>
  
  
-<code - S_M.inp>+<code - S_M.ene.inp> 
 &FORCE_EVAL &FORCE_EVAL
   METHOD Quickstep   METHOD Quickstep
Line 116: Line 119:
       &END       &END
       &PRINT       &PRINT
-        &RESTART 
-          &EACH 
-            GEO_OPT 2 
-          &END 
-          ADD_LAST NUMERIC 
-          FILENAME RESTART 
-        &END 
-        &RESTART_HISTORY OFF 
-        &END 
       &END       &END
     &END SCF     &END SCF
Line 131: Line 125:
       &END XC_FUNCTIONAL       &END XC_FUNCTIONAL
     &END XC     &END XC
 +    &POISSON
 +       PERIODIC XY
 +       POISSON_SOLVER ANALYTIC
 +    &END
   &END DFT   &END DFT
   &SUBSYS   &SUBSYS
     &CELL     &CELL
-A [angstrom] 14.08557 0 0 +A [angstrom] 7.042785 0 0 
-B [angstrom] 0 12.1985 0 +B [angstrom] 0  6.09925  0. 
-C [angstrom] 0.000000      0.000000    15.0+C [angstrom] 0.000000   0.   15. 
 +       PERIODIC XY
     &END CELL     &END CELL
     &TOPOLOGY     &TOPOLOGY
Line 164: Line 163:
   PROJECT S_M   PROJECT S_M
   RUN_TYPE ENERGY   RUN_TYPE ENERGY
-&END GLOBAL               +  WALLTIME 860000
-</code>  +
---> +
-<!-- +
-<code - POTENTIALS> +
-################################################################################ +
-# +
-# Potential data base file for CP2K (Quickstep) +
-# +
-################################################################################ +
-# ----------------------------------------------------- +
-# +
-# Literature: - S. Goedecker, M. Teter, and J. Hutter, +
-#               Phys. Rev. B 54, 1703 (1996) +
-#             - C. Hartwigsen, S. Goedecker, and J. Hutter, +
-#               Phys. Rev. B 58, 3641 (1998) +
-#             - M. Krack, +
-#               Theor. Chem. Acc. 114, 145 (2005) +
-# +
-# Potential for the PBE functional +
-# +
-################################################################################ +
-# +
-H GTH-PBE-q1 +
-    1 +
-     0.20000000    2    -4.17890044     0.72446331 +
-    0 +
-# +
-C GTH-PBE-q4 +
-    2    2 +
-     0.33847124    2    -8.80367398     1.33921085 +
-    2 +
-     0.30257575    1     9.62248665 +
-     0.29150694    0 +
-# +
-O GTH-PBE-q6 +
-    2    4 +
-     0.24455430    2   -16.66721480     2.48731132 +
-    2 +
-     0.22095592    1    18.33745811 +
-     0.21133247    0 +
-# +
-Ti GTH-PBE-q12 +
-    4    6    2 +
-     0.38000000    2     8.71144218    -0.70028677 +
-    3 +
-     0.33777078    2     2.57526386     3.69297065 +
-                                       -4.76760461 +
-     0.24253135    2    -4.63054123     8.87087502 +
-                                      -10.49616087 +
-     0.24331694    1    -9.40665268 +
- +
-</code> +
- +
-<code - BASIS_SETS> +
-######################################################################### +
-# +
-# This is a library of molecularly optimised basis functions as described in the paper: +
-# +
-# Gaussian basis sets for accurate calculations on molecular systems +
-# in gas and condensed phases +
-# +
-# Joost VandeVondele and Juerg Hutter +
-# J. Chem. Phys. 127, 114105 (2007) +
-# +
-# URL: http://link.aip.org/link/?JCP/127/114105 +
-# DOI: 10.1063/1.2770708 +
-# +
-########################################### +
- H  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q1 +
- 1 +
- 2 0 1 7 2 1 +
-     11.478000339908  0.024916243200 -0.012512421400  0.024510918200 +
-      3.700758562763  0.079825490000 -0.056449071100  0.058140794100 +
-      1.446884268432  0.128862675300  0.011242684700  0.444709498500 +
-      0.716814589696  0.379448894600 -0.418587548300  0.646207973100 +
-      0.247918564176  0.324552432600  0.590363216700  0.803385018200 +
-      0.066918004004  0.037148121400  0.438703133000  0.892971208700 +
-      0.021708243634 -0.001125195500 -0.059693171300  0.120101316500 +
- C  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q4 +
- 1 +
- 2 0 2 7 2 2 1 +
-      6.132624767898 -0.105576563700  0.024850587600  0.035098108400 -0.056712999000  0.037469425800 +
-      2.625196064782 -0.174866621100  0.147440856000  0.114197930900 -0.076743951500  0.071047574800 +
-      1.045456957247  0.064464981400 -0.421418379200  0.215908137300 -0.528056757000  0.619330561200 +
-      0.478316330874  0.830447035300  0.823051336800  0.355929151000  0.394594045700  0.710730857000 +
-      0.178617414302  0.371911373800  0.184880712100  0.271541842000  0.721247475800  0.389148235000 +
-      0.075144725465  0.006174464000 -0.742086051600  0.056256557700  0.733902531700  0.346374124100 +
-      0.030286753006  0.008966477300  0.083382192000  0.004998059700  0.248172175500 -0.005142430900 +
- O  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q6 +
- 1 +
- 2 0 2 7 2 2 1 +
-     12.015954705512 -0.060190841200  0.065738617900  0.036543638800 -0.034210557400  0.014807054400 +
-      5.108150287385 -0.129597923300  0.110885902200  0.120927648700 -0.120619770900  0.068186159300 +
-      2.048398039874  0.118175889400 -0.053732406400  0.251093670300 -0.213719464600  0.290576499200 +
-      0.832381575582  0.462964485000 -0.572670666200  0.352639910300 -0.473674858400  1.063344189500 +
-      0.352316246455  0.450353782600  0.186760006700  0.294708645200  0.484848376400  0.307656114200 +
-      0.142977330880  0.092715833600  0.387201458600  0.173039869300  0.717465919700  0.318346834400 +
-       0.046760918300 -0.000255945800  0.003825849600  0.009726110600  0.032498979400 -0.005771736600 +
- Ti DZVP-MOLOPT-SR-GTH DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12 +
- 1 +
- 2 0 3 6 3 2 2 1 +
-      7.884569925997  0.004750577412 -0.002690702837  0.075105591562 -0.108736525246  0.023185061556  0.052842407451 -0.038307431199 -0.002442658125 +
-      3.894698463070  0.499503858222  0.103956524568  0.048602853477  0.100912855636 -0.027189036213  0.195986532018 -0.076880250937  0.013119020987 +
-      1.513588828959 -0.664995883766 -0.256641947580  0.079732563787  0.527328996047 -0.230044390357  0.330343722079 -0.242486488988 -0.206817889885 +
-      0.596768079836 -0.726044574739 -0.451591547817  1.660896378972  0.468197803110 -0.126795185046  0.396808432313 -0.118369379707 -0.546596492823 +
-      0.222222125842 -0.029011079755  0.165167622946 -2.748651632733  0.077640626075  0.343517279356  0.347092399871  0.038099375809 -0.279145975103 +
-      0.077078461321  0.075171747143  0.993127316430  1.368227638651 -0.007523238420  0.946960702315  0.132320900948  1.046553050597  0.934394052863 +
- +
-</code> +
- +
-<code - mode1.xyz> +
-116 +
- +
-Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421 +
-O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563 +
-Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912 +
-O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697 +
-O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087 +
-O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686 +
-Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753 +
-O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876 +
-Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586 +
-O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358 +
-O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494 +
-O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126 +
-Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736 +
-O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441 +
-Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519 +
-O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791 +
-O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047 +
-O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747 +
-Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850 +
-O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865 +
-Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222 +
-O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992 +
-O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242 +
-O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112 +
-Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638 +
-O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530 +
-Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153 +
-O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293 +
-O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258 +
-O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594 +
-Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457 +
-O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251 +
-Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650 +
-O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178 +
-O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591 +
-O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640 +
-Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053 +
-O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707 +
-Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371 +
-O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486 +
-O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107 +
-O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834 +
-Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637 +
-O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905 +
-Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911 +
-O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642 +
-O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025 +
-O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244 +
-Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721 +
-O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274 +
-Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599 +
-O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944 +
-O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260 +
-O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499 +
-Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861 +
-O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873 +
-Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029 +
-O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756 +
-O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803 +
-O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331 +
-Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712 +
-O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246 +
-Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935 +
-O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606 +
-O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103 +
-O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674 +
-Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482 +
-O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552 +
-Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473 +
-O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805 +
-O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670 +
-O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311 +
-Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397 +
-O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425 +
-Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836 +
-O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320 +
-O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284 +
-O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362 +
-Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294 +
-O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414 +
-Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117 +
-O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344 +
-O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953 +
-O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102 +
-Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387 +
-O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017 +
-Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812 +
-O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681 +
-O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881 +
-O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859 +
-Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624 +
-O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026 +
-Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365 +
-O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355 +
-O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723 +
-O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036 +
-Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419 +
-O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329 +
-Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244 +
-O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406 +
-O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479 +
-O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247 +
-Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738 +
-O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155 +
-Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393 +
-O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679 +
-O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872 +
-O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459 +
-H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457 +
-C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369  +
-H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480 +
-H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151 +
-C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521  +
-O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603 +
-O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157 +
-H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874 +
- +
-</code> +
- +
-<code - mode2.xyz> +
-116 +
- +
-Ti        0.0150786099       -0.0030604155       -0.2374201259 +
-O         0.4515580466       -0.0646282100        1.8001155831 +
-Ti       -1.5073356783       -0.0021026124        2.5525864818 +
-O        -1.7759961007       -0.0002275800        0.6680111337 +
-O        -3.3291162152       -0.0023490698        3.0696212715 +
-O        -1.7197127142       -1.8809866556        2.8642842575 +
-Ti       -3.6978004404       -1.8661667177        3.6084326925 +
-O         0.3785074831       -1.8945596770       -0.1980298452 +
-Ti        3.7996574045       -1.9219539316        2.8301270999 +
-O         3.3305054330       -0.0058364403        2.7942261562 +
-O        -4.6900333011       -1.9659285303        1.9448925419 +
-O        -5.3925681292       -1.8976344334        4.3248895668 +
-Ti       -0.0283064667       -3.7737024590       -0.1507446117 +
-O         0.4475870469       -3.7803762159        1.8621586431 +
-Ti       -1.3713031978       -3.7725215345        2.8511642577 +
-O        -1.7912822225       -3.7729870345        0.7436262925 +
-O        -3.1963784791       -3.7804631987        3.6648868231 +
-O        -1.7705984874       -5.6752809020        2.8039139185 +
-Ti       -3.7092032911       -5.6725438342        3.3897938268 +
-O         0.3841910583       -5.6739517448       -0.1381224421 +
-Ti        3.7513121067       -5.6747221635        2.8551954028 +
-O         3.3367138059       -3.7840186471        2.8127851513 +
-O        -4.6560725160       -5.6733549533        1.8776383238 +
-O        -5.3204369054       -5.6669271369        4.2778026483 +
-Ti       -0.0266777619        3.7696389407       -0.1491534163 +
-O         0.4524897086        3.7857220830        1.8631418152 +
-Ti       -1.3730627656        3.7742135603        2.8371003388 +
-O        -1.7905256319        3.7786525562        0.7422177730 +
-O        -3.1948630000        3.7795989881        3.6670918260 +
-O        -1.7343662633        1.8899845272        2.8090040137 +
-Ti       -3.6974632076        1.8668219133        3.5884163764 +
-O         0.3822543310        1.8874843004       -0.1432095900 +
-Ti        3.7864567490        1.9054527096        2.8508016360 +
-O         3.3675002865        3.7799021368        2.8626057027 +
-O        -4.6840457398        1.9746044749        1.9466850498 +
-O        -5.3729095331        1.8414022655        4.3320391075 +
-Ti       -1.5079668291       -0.0008456767       -3.7989215478 +
-O        -1.0951317039        0.0022938033       -1.7345576883 +
-Ti       -2.8929121223       -0.0000735048       -0.8782772455 +
-O        -3.3736661811        0.0005357865       -2.8128806833 +
-O        -4.7193863680        0.0001570116       -0.0748056115 +
-O        -3.2632860440       -1.8860154449       -0.7956216654 +
-Ti       -5.1307996411       -1.8978086035       -0.0398179095 +
-O        -1.1320787396       -1.8909803808       -3.7440163178 +
-Ti        2.3133857413       -1.9061341614       -0.8099170994 +
-O         1.8786839357        0.0011314062       -0.8069543100 +
-O         4.0385009963       -1.8895616393       -1.6570045786 +
-O         3.3115055560       -1.8920970172        0.7501369741 +
-Ti       -1.5256127358       -3.7819843403       -3.7701763163 +
-O        -1.0940683369       -3.7869847697       -1.6789541127 +
-Ti       -2.8425313294       -3.7819322313       -0.7839726892 +
-O        -3.3422315516       -3.7760564219       -2.8030699366 +
-O        -4.7315665522       -3.7831312336       -0.1321164185 +
-O        -3.2580399316       -5.6728032840       -0.7985618810 +
-Ti       -5.1462151180       -5.6726106968       -0.1400092932 +
-O        -1.1340144859       -5.6732616791       -3.7388880843 +
-Ti        2.2670101177       -5.6749205566       -0.7762329495 +
-O         1.8631140907       -3.7853073574       -0.7974118985 +
-O         4.0263575475       -5.6730177766       -1.6715945206 +
-O         3.3250517248       -5.6784227751        0.7515944134 +
-Ti       -1.5248867442        3.7818848512       -3.7712820230 +
-O        -1.0907299886        3.7812336768       -1.6778258037 +
-Ti       -2.8428177895        3.7841675976       -0.7861032158 +
-O        -3.3397902383        3.7762483047       -2.8026235400 +
-O        -4.7304156316        3.7842200412       -0.1318958639 +
-O        -3.2645051173        1.8869138058       -0.7933488063 +
-Ti       -5.1241443302        1.8993249071       -0.0252297449 +
-O        -1.1314283131        1.8906347021       -3.7440419862 +
-Ti        2.3185671036        1.9017475834       -0.7833845676 +
-O         1.8597419566        3.7800089897       -0.7974665372 +
-O         4.0344536794        1.8895028649       -1.6315658326 +
-O         3.3098310076        1.8936248995        0.7823280807 +
-Ti        1.4537853090       -0.0347286638        3.2604875735 +
-O        -2.6845024000        0.0000746592       -5.2147510734 +
-Ti       -4.2967571219        0.0018586454       -4.3442818967 +
-O        -0.2511143909        0.1328085915        4.2720687411 +
-O         3.9819696258        0.0012627538       -3.7355131655 +
-O        -4.8038476957       -1.8889916108       -4.5923792314 +
-Ti        3.5953547314       -1.8907810205       -3.7642624098 +
-O         1.8553660493       -1.8815919187        3.6062633048 +
-Ti        0.8351449362       -1.8959349617       -4.3196742869 +
-O         0.3119042183       -0.0001283684       -4.5915870901 +
-O         2.4377532123       -1.8915585194       -5.2027330310 +
-O         1.7783437087       -1.8888222418       -2.8082665928 +
-Ti        1.3904951140       -3.7857957693        3.3690175525 +
-O        -2.6814201117       -3.7831847959       -5.2025558657 +
-Ti       -4.2854691947       -3.7801054852       -4.3136778334 +
-O        -0.2074321278       -3.7970194791        4.2709539045 +
-O         3.9820256895       -3.7800854351       -3.7356644708 +
-O        -4.7961377238       -5.6736624399       -4.5471769110 +
-Ti        3.5917963887       -5.6730897244       -3.7666434973 +
-O         1.9069112439       -5.6781980199        3.6136248160 +
-Ti        0.8312484616       -5.6732029738       -4.3044789530 +
-O         0.3186267326       -3.7822693739       -4.5479829736 +
-O         2.4335197920       -5.6733247069       -5.1986406627 +
-O         1.7786689446       -5.6734212363       -2.7982114552 +
-Ti        1.3984968329        3.7644681343        3.3685503422 +
-O        -2.6815455972        3.7828337111       -5.2024703087 +
-Ti       -4.2855071694        3.7788568387       -4.3128750844 +
-O        -0.2044150611        3.7319133608        4.2704391005 +
-O         3.9827213914        3.7789077586       -3.7330838039 +
-O        -4.8039829955        1.8898269577       -4.5907748518 +
-Ti        3.5899147654        1.8912350407       -3.7590482617 +
-O         1.8739898095        1.8720733323        3.5992207033 +
-Ti        0.8344557677        1.8954291350       -4.3129140724 +
-O         0.3192643376        3.7819866970       -4.5466934222 +
-O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411 +
-O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463 +
-H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450 +
-C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246 +
-H        -2.9713818519       -0.6195053843        7.9928436643 +
-H        -2.1415146457        0.9598101494        7.7628564958 +
-C        -2.8081585120       -0.0061954447        5.9550273922 +
-O        -3.0662415287       -1.1345711119        5.4074245732 +
-O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063 +
-H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096 +
-</code> +
- +
-<code - relaxed_slab.xyz> +
-108 +
- +
-Ti       -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741 +
-O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054 +
-Ti       -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619 +
-O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008 +
-O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980 +
-O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998 +
-Ti       -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068 +
-O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486 +
-Ti        3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461 +
-O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963 +
-O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829 +
-O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896 +
-Ti       -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835 +
-O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167 +
-Ti       -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589 +
-O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253 +
-O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462 +
-O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809 +
-Ti       -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335 +
-O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980 +
-Ti        3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840 +
-O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323 +
-O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583 +
-O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875 +
-Ti       -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578 +
-O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186 +
-Ti       -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946 +
-O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103 +
-O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381 +
-O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747 +
-Ti       -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256 +
-O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876 +
-Ti        3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973 +
-O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559 +
-O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837 +
-O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270 +
-Ti       -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671 +
-O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731 +
-Ti       -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109 +
-O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033 +
-O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115 +
-O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553 +
-Ti       -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775 +
-O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973 +
-Ti        2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888 +
-O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229 +
-O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877 +
-O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384 +
-Ti       -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590 +
-O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233 +
-Ti       -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195 +
-O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806 +
-O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740 +
-O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269 +
-Ti       -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758 +
-O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586 +
-Ti        2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123 +
-O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725 +
-O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190 +
-O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856 +
-Ti       -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186 +
-O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781 +
-Ti       -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483 +
-O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894 +
-O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234 +
-O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531 +
-Ti       -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764 +
-O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064 +
-Ti        2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566 +
-O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610 +
-O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461 +
-O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377 +
-Ti        1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757 +
-O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482 +
-Ti       -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096 +
-O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618 +
-O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870 +
-O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488 +
-Ti        3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579 +
-O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841 +
-Ti        0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807 +
-O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903 +
-O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375 +
-O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026 +
-Ti        1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897 +
-O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951 +
-Ti       -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907 +
-O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174 +
-O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628 +
-O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244 +
-Ti        3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719 +
-O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398 +
-Ti        0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394 +
-O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691 +
-O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663 +
-O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156 +
-Ti        1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345 +
-O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998 +
-Ti       -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866 +
-O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038 +
-O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902 +
-O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385 +
-Ti        3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005 +
-O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490 +
-Ti        0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103 +
-O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737 +
-O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864 +
-O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400 +
-</code> +
- +
---> +
-<!-- +
-The reaction is the following: +
-{{ :exercises:2017_ethz_mmm:screen_shot_2017-04-27_at_18.43.25.png?nolink&600 |}} +
-and this is the pictorial view in the gas phase: +
-{{ :exercises:2017_ethz_mmm:screen_shot_2017-04-27_at_18.50.10.png?nolink&600 |}} +
- +
-In the supplementary material of the paper, which can be found [[http://www.rsc.org/suppdata/c6/ra/c6ra08509a/c6ra08509a1.pdf|here]], several calculation with different methods ranging from DFT to hybrid methods to high-level methods are described, together with the basis set dependence of the results.   +
- +
- +
-We will compare our results with the published ones. +
- +
-The input file structure is shown below: +
- +
-<code cp2k> +
-&FORCE_EVAL                           ! This section defines method for calculating energy and forces +
- +
-   METHOD Quickstep                   ! Electronic structure method (DFT,...) +
-   &DFT +
-      BASIS_SET_FILE_NAME ./BASIS_C_H_O  +
-      &POISSON                        ! Solver requested for non periodic calculations +
-         PERIODIC NONE +
-         PSOLVER  WAVELET             ! Type of solver +
-      &END POISSON +
-      &QS                             ! Parameters needed to set up the Quickstep framework +
-         METHOD GAPW                  ! Method: gaussian and augmented plane waves  +
-      &END QS +
-    +
-# +
-# Include the exchange and correlation information +
-# +
-@INCLUDE './hf.inc' +
- +
-   &END DFT +
- +
- +
-   &SUBSYS                            ! This section defines the system +
-      &CELL                           ! Unit cell set up +
-         PERIODIC NONE                ! Non periodic calculation +
-         ABC 10 10 10                 ! Lengths of the cell vectors A, B, and C +
-      &END CELL +
-      &COORD                          ! This section specify all the atoms and their coordinates +
-  H         2.5558925119        3.0          4.  +
-  O         4.00                3.5          4. +
-  H         5.4167134504        3.0669045998 4. +
-      &END COORD +
-      &TOPOLOGY +
-          &CENTER_COORDINATES +
-          &END +
-      &END TOPOLOGY +
- +
-      +
-      &KIND O                                      ! potential and basis for O  +
-         BASIS_SET _MYBASIS_ +
-         POTENTIAL ALL +
-         &POTENTIAL +
-     4    4    0 +
-     0.24762086    0 +
-         &END  +
-      &END KIND +
-      &KIND H                                      ! potential and basis for H  +
-         BASIS_SET _MYBASIS_ +
-         POTENTIAL ALL +
-         &POTENTIAL +
-          1    0    0 +
-          0.20000000    0 +
-         &END  +
-      &END KIND +
-      &KIND C                         ! potential and basis for C +
-         BASIS_SET _MYBASIS_ +
-         POTENTIAL ALL +
-         &POTENTIAL +
-            4    2    0 +
-            0.34883045    0 +
-         &END +
-      &END KIND +
-   &END SUBSYS +
-&END FORCE_EVAL                     ! This section defines method for calculating energy and forces +
- +
-&GLOBAL                             ! Section with general information regarding which kind of simulation to perform an parameters for the whole PROGRAM +
-   PRINT_LEVEL LOW                  ! Global print level +
-   PROJECT h2o                      ! Name of the project. This word will appear as part of a name of all ouput files (except main ouput file, specified with -o option) +
-   RUN_TYPE GEO_OPT                 ! Geometry optimization+
 &END GLOBAL &END GLOBAL
-                                                                                   
-</code> 
- 
-The exercise is executed on the virtual machine cluster. After creating a directory as usual, you can download the file from here: 
-[[https://polybox.ethz.ch/index.php/s/wtxgaO9IEPM7FXs|(tar file)]] 
- 
-Copy the file to the created directory in the ''EXERCISES'' path, and execute 
-<code> 
-tar xvf exercise_5.tar 
-</code> 
-<note tip> 
-In the directory you will find the following files: 
-  * ''h2o_template.inp'' for the geometry optimization of water 
-  * ''ethanol_template.inp'' for the geometry optimization of ethanol 
-  * ''ethylene_template.inp'' for the geometry optimization of ethylene (ethene) 
-  * ''hf.inc'' file describing the level of theory (exchange and/or correlation functional), in this case Hartree Fock 
-  * ''BASIS_H_C_O'' a repository file for basis sets. 
-</note> 
- 
-First you have to modify the input files in order to prescribe a certain basis set. You have, from the simplest to the most advanced: 
- 
-  - 3-21G* 
-  - 6-31G* 
-  - 6-31Gxx 
-  - 6-31++Gxx 
-  - 6-311Gxx 
-  - 6-311++Gxx 
- 
-For example,  
-<code> 
-m_replace _MYBASIS_ '6-31G*' < h2o_template.inp > h2o_BASIS1.inp 
-</code> 
-(note: **use the quote, because the star is a bash special character!!!**) 
-The command to launch the job is 
-<note important> cp2k.ssmp -i h2o_BASIS1.inp > h2o_BASIS1.out </note> 
-In the ''*.out'' files you can look for the final energies by the following command: 
-<note important>> grep 'ENERGY|' myoutput.out </note>. 
- 
-This will list all the energies. Then you can redo the exercise with different basis set, reusing the command **m_replace**. 
- 
-^ Basis set                  ^ Energy H2O [$E_h$] ^ Energy Ethylene [$E_h$] ^ Energy Ethanol [$E_h$]^ Distance CC Ethanol [$Å$] ^ Reaction energy [$E_h$] ^ 
-| BASIS 1(Name)              | ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 2(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 3(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 4(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 5(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
-| BASIS 6(Name)| ....             | ....              | ....            | ....                       | ....                      | 
- 
- 
-<note important>The binding energy is only significant if all terms were calculated with the same basis-set.</note> 
-  
-<note warning> 
-Assignments: 
-  - Compute the reaction energy for the dehydration reaction of ethanol 
-  - Prepare a table with rows and columns: on the rows the basis set, on the columns different quantities (see above). 
-  - Compare the results with the published ones (note the conversion factors. You can use the tool at [[http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html|Energy converter]] 
-  - Comment on the dependence on the basis set  
-  - Is this information enough to determine the rates of reaction? Why? 
-</note> 
- 
- 
-=== BONUS TRACK === 
- 
-<note tip>We may be interested in the visualisation of the electronic density. Copy the ''ethanol_BASIS1.inp'' into ''ethanol_dens_BASIS1.inp''.</note> 
- 
-Add the following sections: 
-**under &DFT** 
-<code cp2k> 
-       &PRINT  
-          &E_DENSITY_CUBE 
-          &END 
-       &END       
-       &SCF 
-          SCF_GUESS RESTART 
-       &END 
-</code> 
-This tells to read the old wavefunction and to print the cubefile of the density. 
- 
-At the end of the input file: 
-<code cp2k> 
-&EXT_RESTART 
-     RESTART_FILE_NAME ./c2h6o-1.restart 
 &END &END
-</code> 
  
-Then, change ''RUN_TYPE GEO_OPT'' to ''RUN_TYPE ENERGY'' to only run a single point calculation. It will generate a cubefile with the density which you may visualize with VMD.+</code> 
  
--->+<
exercises/2018_ethz_mmm/adsorption_2018.1523607655.txt.gz · Last modified: 2020/08/21 10:15 (external edit)