Line data Source code
1 : !--------------------------------------------------------------------------------------------------!
2 : ! CP2K: A general program to perform molecular dynamics simulations !
3 : ! Copyright 2000-2026 CP2K developers group <https://cp2k.org> !
4 : ! !
5 : ! SPDX-License-Identifier: GPL-2.0-or-later !
6 : !--------------------------------------------------------------------------------------------------!
7 :
8 : ! **************************************************************************************************
9 : !> \brief Initialize the collective variables types
10 : !> \par History
11 : !> 5.2004 created [fawzi and alessandro]
12 : !> 1.2009 Fabio Sterpone : added the population COLVAR
13 : !> \author Teodoro Laino
14 : ! **************************************************************************************************
15 : MODULE colvar_types
16 :
17 : USE input_section_types, ONLY: section_vals_type
18 : USE kinds, ONLY: default_path_length,&
19 : default_string_length,&
20 : dp
21 : USE particle_types, ONLY: particle_type
22 : #include "../base/base_uses.f90"
23 :
24 : IMPLICIT NONE
25 :
26 : PRIVATE
27 :
28 : CHARACTER(len=*), PARAMETER, PRIVATE :: moduleN = 'colvar_types'
29 :
30 : INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: plane_def_atoms = 0, &
31 : plane_def_vec = 1
32 :
33 : INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: do_clv_geo_center = 0, &
34 : do_clv_fix_point = 1, &
35 : do_clv_xyz = 0, &
36 : do_clv_x = 1, &
37 : do_clv_y = 2, &
38 : do_clv_z = 3, &
39 : do_clv_xy = 4, &
40 : do_clv_xz = 5, &
41 : do_clv_yz = 6
42 : PUBLIC :: colvar_type, &
43 : colvar_p_type, &
44 : colvar_p_reallocate, &
45 : colvar_p_release, &
46 : colvar_create, &
47 : colvar_clone, &
48 : colvar_setup, &
49 : colvar_release, &
50 : colvar_counters, &
51 : eval_point_der, &
52 : eval_point_pos, &
53 : eval_point_mass, &
54 : diff_colvar
55 :
56 : INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: no_colvar_id = -2, &
57 : dist_colvar_id = 1, &
58 : coord_colvar_id = 2, &
59 : torsion_colvar_id = 3, &
60 : angle_colvar_id = 4, &
61 : plane_distance_colvar_id = 5, &
62 : rotation_colvar_id = 6, &
63 : dfunct_colvar_id = 7, &
64 : qparm_colvar_id = 8, &
65 : hydronium_shell_colvar_id = 9, &
66 : reaction_path_colvar_id = 10, &
67 : combine_colvar_id = 11, &
68 : population_colvar_id = 12, &
69 : plane_plane_angle_colvar_id = 13, &
70 : gyration_colvar_id = 14, &
71 : rmsd_colvar_id = 15, &
72 : distance_from_path_colvar_id = 16, &
73 : xyz_diag_colvar_id = 17, &
74 : xyz_outerdiag_colvar_id = 18, &
75 : u_colvar_id = 19, &
76 : Wc_colvar_id = 20, &
77 : hbp_colvar_id = 21, &
78 : ring_puckering_colvar_id = 22, &
79 : mindist_colvar_id = 23, &
80 : acid_hyd_dist_colvar_id = 24, &
81 : acid_hyd_shell_colvar_id = 25, &
82 : hydronium_dist_colvar_id = 26, &
83 : voronoiipz_colvar_id = 27
84 :
85 : ! **************************************************************************************************
86 : !> \brief parameters for the distance collective variable
87 : !> \param i_at ,j_at: indexes of the two atoms between which you calculate
88 : !> the distance
89 : !> \author alessandro laio and fawzi mohamed
90 : ! **************************************************************************************************
91 : TYPE dist_colvar_type
92 : INTEGER :: i_at = 0, j_at = 0, axis_id = 0
93 : LOGICAL :: sign_d = .FALSE.
94 : END TYPE dist_colvar_type
95 :
96 : ! **************************************************************************************************
97 : TYPE coord_colvar_type
98 : LOGICAL :: do_chain = .FALSE., use_kinds_from = .FALSE., use_kinds_to = .FALSE., &
99 : use_kinds_to_b = .FALSE.
100 : INTEGER :: n_atoms_to = 0, &
101 : n_atoms_from = 0, &
102 : nncrd = 0, &
103 : ndcrd = 0, &
104 : n_atoms_to_b = 0, &
105 : nncrd_b = 0, &
106 : ndcrd_b = 0
107 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_at_from => NULL(), &
108 : i_at_to => NULL(), &
109 : i_at_to_b => NULL()
110 : CHARACTER(LEN=default_string_length), DIMENSION(:), POINTER :: c_kinds_from => NULL(), &
111 : c_kinds_to => NULL(), &
112 : c_kinds_to_b => NULL()
113 : REAL(KIND=dp) :: r_0 = 0.0_dp, r_0_b = 0.0_dp
114 : END TYPE coord_colvar_type
115 :
116 : ! **************************************************************************************************
117 : TYPE population_colvar_type
118 : LOGICAL :: use_kinds_from = .FALSE., use_kinds_to = .FALSE.
119 : INTEGER :: n_atoms_to = 0, &
120 : n_atoms_from = 0, &
121 : nncrd = 0, &
122 : ndcrd = 0, &
123 : n0 = 0
124 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_at_from => NULL(), &
125 : i_at_to => NULL()
126 : CHARACTER(LEN=default_string_length), DIMENSION(:), POINTER :: c_kinds_from => NULL(), &
127 : c_kinds_to => NULL()
128 : REAL(KIND=dp) :: r_0 = 0.0_dp, sigma = 0.0_dp
129 : END TYPE population_colvar_type
130 :
131 : ! **************************************************************************************************
132 : TYPE gyration_colvar_type
133 : LOGICAL :: use_kinds = .FALSE.
134 : INTEGER :: n_atoms = 0
135 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_at => NULL()
136 : CHARACTER(LEN=default_string_length), DIMENSION(:), POINTER :: c_kinds => NULL()
137 : END TYPE gyration_colvar_type
138 :
139 : ! **************************************************************************************************
140 : TYPE torsion_colvar_type
141 : REAL(KIND=dp) :: o0 = 0.0_dp
142 : INTEGER, DIMENSION(4) :: i_at_tors = 0
143 : END TYPE torsion_colvar_type
144 :
145 : ! **************************************************************************************************
146 : TYPE plane_distance_colvar_type
147 : LOGICAL :: use_pbc = .FALSE.
148 : INTEGER, DIMENSION(3) :: plane = -1
149 : INTEGER :: point = -1
150 : END TYPE plane_distance_colvar_type
151 :
152 : ! **************************************************************************************************
153 : TYPE plane_def_type
154 : INTEGER :: type_of_def = -1
155 : INTEGER, DIMENSION(3) :: points = 0
156 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(3) :: normal_vec = 0.0_dp
157 : END TYPE plane_def_type
158 :
159 : TYPE plane_plane_angle_colvar_type
160 : TYPE(plane_def_type) :: plane1 = plane_def_type(), plane2 = plane_def_type()
161 : END TYPE plane_plane_angle_colvar_type
162 :
163 : ! **************************************************************************************************
164 : TYPE angle_colvar_type
165 : INTEGER, DIMENSION(3) :: i_at_angle = 0
166 : END TYPE angle_colvar_type
167 :
168 : ! **************************************************************************************************
169 : TYPE rotation_colvar_type
170 : INTEGER :: i_at1_bond1 = 0, &
171 : i_at2_bond1 = 0, &
172 : i_at1_bond2 = 0, &
173 : i_at2_bond2 = 0
174 : END TYPE rotation_colvar_type
175 :
176 : ! **************************************************************************************************
177 : TYPE dfunct_colvar_type
178 : INTEGER, DIMENSION(4) :: i_at_dfunct = 0
179 : LOGICAL :: use_pbc = .FALSE.
180 : REAL(KIND=dp) :: coeff = 0.0_dp
181 : END TYPE dfunct_colvar_type
182 :
183 : ! **************************************************************************************************
184 : TYPE qparm_colvar_type
185 : INTEGER :: l = 0
186 : INTEGER :: n_atoms_to = 0, &
187 : n_atoms_from = 0
188 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_at_from => NULL(), &
189 : i_at_to => NULL()
190 : REAL(KIND=dp) :: rcut = 0.0_dp, rstart = 0.0_dp
191 : LOGICAL :: include_images = .FALSE.
192 : END TYPE qparm_colvar_type
193 :
194 : ! **************************************************************************************************
195 : TYPE hydronium_shell_colvar_type
196 : INTEGER :: n_oxygens = -1, &
197 : n_hydrogens = -1, &
198 : poh = -1, qoh = -1, poo = -1, qoo = -1, &
199 : pm = -1, qm = -1
200 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_oxygens => NULL(), &
201 : i_hydrogens => NULL()
202 : REAL(KIND=dp) :: roo = 0.0_dp, roh = 0.0_dp, lambda = 0.0_dp, nh = 0.0_dp
203 : END TYPE hydronium_shell_colvar_type
204 :
205 : ! **************************************************************************************************
206 : TYPE hydronium_dist_colvar_type
207 : INTEGER :: n_oxygens = -1, &
208 : n_hydrogens = -1, &
209 : poh = -1, qoh = -1, &
210 : pf = -1, qf = -1, pm = -1, qm = -1
211 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_oxygens => NULL(), &
212 : i_hydrogens => NULL()
213 : REAL(KIND=dp) :: roh = 0.0_dp, lambda = 0.0_dp, nh = 0.0_dp, nn = 0.0_dp
214 : END TYPE hydronium_dist_colvar_type
215 :
216 : ! **************************************************************************************************
217 : TYPE acid_hyd_dist_colvar_type
218 : INTEGER :: n_oxygens_water = -1, &
219 : n_oxygens_acid = -1, &
220 : n_hydrogens = -1, &
221 : pwoh = -1, qwoh = -1, paoh = -1, qaoh = -1, pcut = -1, qcut = -1
222 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_oxygens_water => NULL(), i_oxygens_acid => NULL(), &
223 : i_hydrogens => NULL()
224 : REAL(KIND=dp) :: rwoh = 0.0_dp, raoh = 0.0_dp, lambda = 0.0_dp, nc = 0.0_dp
225 : END TYPE acid_hyd_dist_colvar_type
226 :
227 : ! **************************************************************************************************
228 : TYPE voronoiipz_colvar_type
229 : INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: group_a => NULL(), group_b => NULL()
230 : INTEGER :: nrx = 0, zidx = 3
231 : REAL(KIND=dp) :: d0 = 2.0_dp, d1 = 2.0_dp, d2 = 2.0_dp, d3 = 2.0_dp, &
232 : lambda = -8.0_dp, nl_cutoff = 4.536862_dp, zmid = 0.0_dp
233 : END TYPE voronoiipz_colvar_type
234 :
235 : ! **************************************************************************************************
236 : TYPE acid_hyd_shell_colvar_type
237 : INTEGER :: n_oxygens_water = -1, &
238 : n_oxygens_acid = -1, &
239 : n_hydrogens = -1, &
240 : pwoh = -1, qwoh = -1, paoh = -1, qaoh = -1, &
241 : poo = -1, qoo = -1, pcut = -1, qcut = -1, pm = -1, qm = -1
242 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_oxygens_water => NULL(), i_oxygens_acid => NULL(), &
243 : i_hydrogens => NULL()
244 : REAL(KIND=dp) :: rwoh = 0.0_dp, raoh = 0.0_dp, roo = 0.0_dp, lambda = 0.0_dp, nc = 0.0_dp, nh = 0.0_dp
245 : END TYPE acid_hyd_shell_colvar_type
246 :
247 : ! **************************************************************************************************
248 : TYPE reaction_path_colvar_type
249 : INTEGER :: type_id = -1
250 : INTEGER :: n_components = -1, nr_frames = -1, subset = -1
251 : INTEGER, DIMENSION(2) :: function_bounds = -1
252 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_rmsd => NULL()
253 : LOGICAL :: align_frames = .FALSE., dist_rmsd = .FALSE., rmsd = .FALSE.
254 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:, :), POINTER :: f_vals => NULL()
255 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:, :), POINTER :: r_ref => NULL()
256 : REAL(KIND=dp) :: lambda = 0.0_dp
257 : REAL(KIND=dp) :: step_size = 0.0_dp
258 : TYPE(colvar_p_type), POINTER, DIMENSION(:) :: colvar_p => NULL()
259 : END TYPE reaction_path_colvar_type
260 :
261 : ! **************************************************************************************************
262 : TYPE combine_colvar_type
263 : INTEGER :: type_id = -1
264 : TYPE(colvar_p_type), POINTER, DIMENSION(:) :: colvar_p => NULL()
265 : REAL(KIND=dp) :: lerr = 0.0_dp, dx = 0.0_dp
266 : CHARACTER(LEN=default_path_length) :: FUNCTION = ""
267 : CHARACTER(LEN=default_string_length), &
268 : DIMENSION(:), POINTER :: c_parameters => NULL(), variables => NULL()
269 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:), POINTER :: v_parameters => NULL()
270 : END TYPE combine_colvar_type
271 : ! **************************************************************************************************
272 : TYPE rmsd_colvar_type
273 : INTEGER :: n_atoms = 0, nr_frames = 0, subset = 0
274 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_rmsd => NULL()
275 : LOGICAL :: align_frames = .FALSE.
276 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:), POINTER :: weights => NULL()
277 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:, :), POINTER :: r_ref => NULL()
278 : END TYPE rmsd_colvar_type
279 :
280 : ! **************************************************************************************************
281 : TYPE point_type
282 : INTEGER :: type_id = -1
283 : INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: atoms => NULL()
284 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:), POINTER :: weights => NULL()
285 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(3) :: r = 0.0_dp
286 : END TYPE point_type
287 :
288 : ! **************************************************************************************************
289 : TYPE xyz_diag_colvar_type
290 : LOGICAL :: use_pbc = .FALSE.
291 : LOGICAL :: use_absolute_position = .FALSE.
292 : INTEGER :: i_atom = 0
293 : INTEGER :: component = 0
294 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(3) :: r0 = 0.0_dp
295 : END TYPE xyz_diag_colvar_type
296 :
297 : ! **************************************************************************************************
298 : TYPE xyz_outerdiag_colvar_type
299 : LOGICAL :: use_pbc = .FALSE.
300 : INTEGER, DIMENSION(2) :: i_atoms = 0
301 : INTEGER, DIMENSION(2) :: components = 0
302 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(3, 2) :: r0 = 0.0_dp
303 : END TYPE xyz_outerdiag_colvar_type
304 :
305 : ! **************************************************************************************************
306 : TYPE u_colvar_type
307 : TYPE(section_vals_type), POINTER :: mixed_energy_section => NULL()
308 : INTEGER :: natom = -1
309 : END TYPE u_colvar_type
310 :
311 : ! **************************************************************************************************
312 : TYPE Wc_colvar_type
313 : INTEGER :: ids(3) = -1 ! first is the Od, second the H, third the Oa
314 : REAL(KIND=dp) :: ewc = 0.0_dp
315 : REAL(KIND=dp) :: rcut = 0.0_dp
316 : END TYPE Wc_colvar_type
317 :
318 : ! **************************************************************************************************
319 : TYPE HBP_colvar_type
320 : INTEGER :: nPoints = -1 ! number of the points in the path
321 : INTEGER, POINTER :: ids(:, :) => NULL() ! first is the Od, second the H,
322 : ! third the Oa and contains a row for each intermediate point in the path
323 : REAL(KIND=dp), POINTER :: ewc(:) => NULL() ! one for each point in the path
324 : REAL(KIND=dp) :: rcut = 0.0_dp
325 : REAL(KIND=dp) :: shift = 0.0_dp ! shift applied for each term in the collective variable
326 : END TYPE HBP_colvar_type
327 :
328 : ! **************************************************************************************************
329 : TYPE ring_puckering_colvar_type
330 : INTEGER :: nring = -1
331 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: atoms => NULL()
332 : INTEGER :: iq = -1
333 : END TYPE ring_puckering_colvar_type
334 :
335 : ! **************************************************************************************************
336 : TYPE mindist_colvar_type
337 : LOGICAL :: use_kinds_from = .FALSE., use_kinds_to = .FALSE.
338 : INTEGER :: n_coord_to = 0, &
339 : n_coord_from = 0, &
340 : n_dist_from = 0, &
341 : p_exp = 0, &
342 : q_exp = 0
343 : INTEGER, POINTER, DIMENSION(:) :: i_coord_from => NULL(), &
344 : i_coord_to => NULL(), &
345 : i_dist_from => NULL()
346 : CHARACTER(LEN=default_string_length), DIMENSION(:), POINTER :: k_coord_from => NULL(), &
347 : k_coord_to => NULL()
348 : REAL(KIND=dp) :: lambda = 0.0_dp, r_cut = 0.0_dp
349 : END TYPE mindist_colvar_type
350 :
351 : ! **************************************************************************************************
352 : !> \brief parameters for a collective variable
353 : !> \author alessandro laio and fawzi mohamed
354 : ! **************************************************************************************************
355 : TYPE colvar_type
356 : INTEGER :: type_id = -1
357 : LOGICAL :: use_points = .FALSE.
358 : REAL(kind=dp) :: ss = 0.0_dp ! Value of the colvar
359 : REAL(kind=dp), DIMENSION(:, :), POINTER :: dsdr => NULL() ! Derivative of colvar (3,:)
360 : INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: i_atom => NULL() ! Mapping of dsdr
361 : INTEGER :: n_atom_s = -1
362 : ! Available COLVAR types
363 : TYPE(dist_colvar_type), POINTER :: dist_param => NULL()
364 : TYPE(coord_colvar_type), POINTER :: coord_param => NULL()
365 : TYPE(population_colvar_type), POINTER :: population_param => NULL()
366 : TYPE(gyration_colvar_type), POINTER :: gyration_param => NULL()
367 : TYPE(torsion_colvar_type), POINTER :: torsion_param => NULL()
368 : TYPE(angle_colvar_type), POINTER :: angle_param => NULL()
369 : TYPE(plane_distance_colvar_type), POINTER :: plane_distance_param => NULL()
370 : TYPE(plane_plane_angle_colvar_type), POINTER :: plane_plane_angle_param => NULL()
371 : TYPE(rotation_colvar_type), POINTER :: rotation_param => NULL()
372 : TYPE(dfunct_colvar_type), POINTER :: dfunct_param => NULL()
373 : TYPE(qparm_colvar_type), POINTER :: qparm_param => NULL()
374 : TYPE(hydronium_shell_colvar_type), POINTER :: hydronium_shell_param => NULL()
375 : TYPE(hydronium_dist_colvar_type), POINTER :: hydronium_dist_param => NULL()
376 : TYPE(acid_hyd_dist_colvar_type), POINTER :: acid_hyd_dist_param => NULL()
377 : TYPE(acid_hyd_shell_colvar_type), POINTER :: acid_hyd_shell_param => NULL()
378 : TYPE(reaction_path_colvar_type), POINTER :: reaction_path_param => NULL()
379 : TYPE(combine_colvar_type), POINTER :: combine_cvs_param => NULL()
380 : TYPE(rmsd_colvar_type), POINTER :: rmsd_param => NULL()
381 : TYPE(xyz_diag_colvar_type), POINTER :: xyz_diag_param => NULL()
382 : TYPE(xyz_outerdiag_colvar_type), POINTER :: xyz_outerdiag_param => NULL()
383 : TYPE(u_colvar_type), POINTER :: u_param => NULL()
384 : TYPE(point_type), DIMENSION(:), POINTER :: points => NULL()
385 : TYPE(Wc_colvar_type), POINTER :: Wc => NULL()
386 : TYPE(HBP_colvar_type), POINTER :: HBP => NULL()
387 : TYPE(ring_puckering_colvar_type), POINTER :: ring_puckering_param => NULL()
388 : TYPE(mindist_colvar_type), POINTER :: mindist_param => NULL()
389 : TYPE(voronoiipz_colvar_type), POINTER :: voronoiipz_params => NULL()
390 : END TYPE colvar_type
391 :
392 : ! **************************************************************************************************
393 : TYPE colvar_p_type
394 : TYPE(colvar_type), POINTER :: colvar => NULL()
395 : END TYPE colvar_p_type
396 :
397 : ! **************************************************************************************************
398 : TYPE colvar_counters
399 : INTEGER :: ndist = 0
400 : INTEGER :: nangle = 0
401 : INTEGER :: ntorsion = 0
402 : INTEGER :: ncoord = 0
403 : INTEGER :: nplane_dist = 0
404 : INTEGER :: nplane_angle = 0
405 : INTEGER :: nrot = 0
406 : INTEGER :: ndfunct = 0
407 : INTEGER :: nqparm = 0
408 : INTEGER :: nhydronium_shell = 0
409 : INTEGER :: nhydronium_dist = 0
410 : INTEGER :: nacid_hyd_dist = 0
411 : INTEGER :: nacid_hyd_shell = 0
412 : INTEGER :: nreactionpath = 0
413 : INTEGER :: ncombinecvs = 0
414 : INTEGER :: nrestraint = 0
415 : INTEGER :: npopulation = 0
416 : INTEGER :: ngyration = 0
417 : INTEGER :: nxyz_diag = 0
418 : INTEGER :: nxyz_outerdiag = 0
419 : INTEGER :: nvoronoiipz = 0
420 : INTEGER :: ntot = 0
421 : END TYPE colvar_counters
422 :
423 : CONTAINS
424 :
425 : ! **************************************************************************************************
426 : !> \brief initializes a colvar_param type
427 : !> \param colvar the colvat to initialize
428 : !> \param colvar_id ...
429 : !> \author alessandro laio and fawzi mohamed
430 : ! **************************************************************************************************
431 5694 : SUBROUTINE colvar_create(colvar, colvar_id)
432 : TYPE(colvar_type), POINTER :: colvar
433 : INTEGER, INTENT(in) :: colvar_id
434 :
435 5694 : CPASSERT(.NOT. ASSOCIATED(colvar))
436 5694 : ALLOCATE (colvar)
437 5694 : colvar%type_id = colvar_id
438 : colvar%use_points = .FALSE.
439 5000 : SELECT CASE (colvar_id)
440 : CASE (dist_colvar_id)
441 5000 : ALLOCATE (colvar%dist_param)
442 : colvar%dist_param%axis_id = do_clv_xyz
443 5000 : colvar%dist_param%sign_d = .FALSE.
444 : CASE (coord_colvar_id)
445 64 : ALLOCATE (colvar%coord_param)
446 : CASE (population_colvar_id)
447 8 : ALLOCATE (colvar%population_param)
448 : CASE (gyration_colvar_id)
449 2 : ALLOCATE (colvar%gyration_param)
450 : CASE (angle_colvar_id)
451 1100 : ALLOCATE (colvar%angle_param)
452 : CASE (torsion_colvar_id)
453 972 : ALLOCATE (colvar%torsion_param)
454 : CASE (plane_distance_colvar_id)
455 140 : ALLOCATE (colvar%plane_distance_param)
456 : CASE (plane_plane_angle_colvar_id)
457 272 : ALLOCATE (colvar%plane_plane_angle_param)
458 : CASE (rotation_colvar_id)
459 2 : ALLOCATE (colvar%rotation_param)
460 : CASE (dfunct_colvar_id)
461 108 : ALLOCATE (colvar%dfunct_param)
462 : CASE (qparm_colvar_id)
463 2 : ALLOCATE (colvar%qparm_param)
464 : CASE (xyz_diag_colvar_id)
465 150 : ALLOCATE (colvar%xyz_diag_param)
466 : ! Initialize r0 with dummy..
467 120 : colvar%xyz_diag_param%r0 = HUGE(0.0_dp)
468 : CASE (xyz_outerdiag_colvar_id)
469 480 : ALLOCATE (colvar%xyz_outerdiag_param)
470 : ! Initialize r0 with dummy..
471 270 : colvar%xyz_outerdiag_param%r0 = HUGE(0.0_dp)
472 : CASE (u_colvar_id)
473 6 : ALLOCATE (colvar%u_param)
474 6 : NULLIFY (colvar%u_param%mixed_energy_section)
475 : CASE (hydronium_shell_colvar_id)
476 2 : ALLOCATE (colvar%hydronium_shell_param)
477 : CASE (hydronium_dist_colvar_id)
478 2 : ALLOCATE (colvar%hydronium_dist_param)
479 : CASE (acid_hyd_dist_colvar_id)
480 2 : ALLOCATE (colvar%acid_hyd_dist_param)
481 : CASE (acid_hyd_shell_colvar_id)
482 2 : ALLOCATE (colvar%acid_hyd_shell_param)
483 : CASE (reaction_path_colvar_id)
484 80 : ALLOCATE (colvar%reaction_path_param)
485 : CASE (distance_from_path_colvar_id)
486 32 : ALLOCATE (colvar%reaction_path_param)
487 : CASE (combine_colvar_id)
488 20 : ALLOCATE (colvar%combine_cvs_param)
489 : CASE (rmsd_colvar_id)
490 4 : ALLOCATE (colvar%rmsd_param)
491 : CASE (Wc_colvar_id)
492 0 : ALLOCATE (colvar%Wc)
493 : CASE (HBP_colvar_id)
494 2 : ALLOCATE (colvar%HBP)
495 : CASE (ring_puckering_colvar_id)
496 36 : ALLOCATE (colvar%ring_puckering_param)
497 : CASE (mindist_colvar_id)
498 0 : ALLOCATE (colvar%mindist_param)
499 : CASE (voronoiipz_colvar_id)
500 8 : ALLOCATE (colvar%voronoiipz_params)
501 : CASE (no_colvar_id)
502 : ! Do nothing
503 : CASE DEFAULT
504 5694 : CPABORT("Unknown colvar type")
505 : END SELECT
506 :
507 5694 : END SUBROUTINE colvar_create
508 :
509 : ! **************************************************************************************************
510 : !> \brief Finalize the setup of the collective variable
511 : !> \param colvar the colvar to initialize
512 : !> \author Teodoro Laino, [teo] 09.03.2006
513 : ! **************************************************************************************************
514 5742 : SUBROUTINE colvar_setup(colvar)
515 : TYPE(colvar_type), INTENT(INOUT) :: colvar
516 :
517 : INTEGER :: i, idum, iend, ii, istart, j, np
518 5742 : INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: list
519 :
520 10742 : SELECT CASE (colvar%type_id)
521 : CASE (dist_colvar_id)
522 5000 : np = 2
523 5000 : i = colvar%dist_param%i_at
524 5000 : j = colvar%dist_param%j_at
525 : ! Number of real atoms involved in the colvar
526 : colvar%n_atom_s = COLV_SIZE(colvar, i) + &
527 5000 : COLV_SIZE(colvar, j)
528 : ! Create a List of points...
529 5000 : ALLOCATE (list(np))
530 5000 : list(1) = colvar%dist_param%i_at
531 5000 : list(2) = colvar%dist_param%j_at
532 : CASE (coord_colvar_id)
533 : np = colvar%coord_param%n_atoms_from + colvar%coord_param%n_atoms_to &
534 74 : + colvar%coord_param%n_atoms_to_b
535 : ! Number of real atoms involved in the colvar
536 74 : colvar%n_atom_s = 0
537 142 : DO ii = 1, colvar%coord_param%n_atoms_from
538 68 : i = colvar%coord_param%i_at_from(ii)
539 142 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
540 : END DO
541 182 : DO ii = 1, colvar%coord_param%n_atoms_to
542 108 : i = colvar%coord_param%i_at_to(ii)
543 182 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
544 : END DO
545 74 : IF (colvar%coord_param%n_atoms_to_b /= 0) THEN
546 8 : DO ii = 1, colvar%coord_param%n_atoms_to_b
547 4 : i = colvar%coord_param%i_at_to_b(ii)
548 8 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
549 : END DO
550 : END IF
551 : ! Create a List of points...
552 214 : ALLOCATE (list(np))
553 74 : idum = 0
554 142 : DO ii = 1, colvar%coord_param%n_atoms_from
555 68 : idum = idum + 1
556 68 : i = colvar%coord_param%i_at_from(ii)
557 142 : list(idum) = i
558 : END DO
559 182 : DO ii = 1, colvar%coord_param%n_atoms_to
560 108 : idum = idum + 1
561 108 : i = colvar%coord_param%i_at_to(ii)
562 182 : list(idum) = i
563 : END DO
564 74 : IF (colvar%coord_param%n_atoms_to_b /= 0) THEN
565 8 : DO ii = 1, colvar%coord_param%n_atoms_to_b
566 4 : idum = idum + 1
567 4 : i = colvar%coord_param%i_at_to_b(ii)
568 8 : list(idum) = i
569 : END DO
570 : END IF
571 74 : CPASSERT(idum == np)
572 : CASE (population_colvar_id)
573 16 : np = colvar%population_param%n_atoms_from + colvar%population_param%n_atoms_to
574 : ! Number of real atoms involved in the colvar
575 16 : colvar%n_atom_s = 0
576 32 : DO ii = 1, colvar%population_param%n_atoms_from
577 16 : i = colvar%population_param%i_at_from(ii)
578 32 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
579 : END DO
580 32 : DO ii = 1, colvar%population_param%n_atoms_to
581 16 : i = colvar%population_param%i_at_to(ii)
582 32 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
583 : END DO
584 : ! Create a List of points...
585 48 : ALLOCATE (list(np))
586 16 : idum = 0
587 32 : DO ii = 1, colvar%population_param%n_atoms_from
588 16 : idum = idum + 1
589 16 : i = colvar%population_param%i_at_from(ii)
590 32 : list(idum) = i
591 : END DO
592 32 : DO ii = 1, colvar%population_param%n_atoms_to
593 16 : idum = idum + 1
594 16 : i = colvar%population_param%i_at_to(ii)
595 32 : list(idum) = i
596 : END DO
597 16 : CPASSERT(idum == np)
598 : CASE (gyration_colvar_id)
599 4 : np = colvar%gyration_param%n_atoms
600 : ! Number of real atoms involved in the colvar
601 4 : colvar%n_atom_s = 0
602 30 : DO ii = 1, colvar%gyration_param%n_atoms
603 26 : i = colvar%gyration_param%i_at(ii)
604 30 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
605 : END DO
606 : ! Create a List of points...
607 10 : ALLOCATE (list(np))
608 4 : idum = 0
609 30 : DO ii = 1, colvar%gyration_param%n_atoms
610 26 : idum = idum + 1
611 26 : i = colvar%gyration_param%i_at(ii)
612 30 : list(idum) = i
613 : END DO
614 4 : CPASSERT(idum == np)
615 : CASE (angle_colvar_id)
616 220 : np = 3
617 : ! Number of real atoms involved in the colvar
618 220 : colvar%n_atom_s = 0
619 880 : DO ii = 1, 3
620 660 : i = colvar%angle_param%i_at_angle(ii)
621 880 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
622 : END DO
623 : ! Create a List of points...
624 220 : ALLOCATE (list(np))
625 220 : idum = 0
626 880 : DO ii = 1, 3
627 660 : idum = idum + 1
628 660 : i = colvar%angle_param%i_at_angle(ii)
629 880 : list(idum) = i
630 : END DO
631 220 : CPASSERT(idum == np)
632 : CASE (torsion_colvar_id)
633 162 : np = 4
634 : ! Number of real atoms involved in the colvar
635 162 : colvar%n_atom_s = 0
636 810 : DO ii = 1, 4
637 648 : i = colvar%torsion_param%i_at_tors(ii)
638 810 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
639 : END DO
640 : ! Create a List of points...
641 162 : ALLOCATE (list(np))
642 162 : idum = 0
643 810 : DO ii = 1, 4
644 648 : idum = idum + 1
645 648 : i = colvar%torsion_param%i_at_tors(ii)
646 810 : list(idum) = i
647 : END DO
648 162 : CPASSERT(idum == np)
649 : CASE (plane_distance_colvar_id)
650 28 : np = 4
651 : ! Number of real atoms involved in the colvar
652 28 : colvar%n_atom_s = 0
653 112 : DO ii = 1, 3
654 84 : i = colvar%plane_distance_param%plane(ii)
655 112 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
656 : END DO
657 28 : i = colvar%plane_distance_param%point
658 28 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
659 : ! Create a List of points...
660 28 : ALLOCATE (list(np))
661 28 : idum = 0
662 112 : DO ii = 1, 3
663 84 : idum = idum + 1
664 84 : i = colvar%plane_distance_param%plane(ii)
665 112 : list(idum) = i
666 : END DO
667 28 : i = colvar%plane_distance_param%point
668 28 : list(4) = i
669 28 : idum = idum + 1
670 28 : CPASSERT(idum == np)
671 : CASE (plane_plane_angle_colvar_id)
672 16 : np = 0
673 16 : IF (colvar%plane_plane_angle_param%plane1%type_of_def == plane_def_atoms) np = np + 3
674 16 : IF (colvar%plane_plane_angle_param%plane2%type_of_def == plane_def_atoms) np = np + 3
675 : ! if np is equal to zero this means that this is not a COLLECTIVE variable..
676 8 : IF (np == 0) THEN
677 : CALL cp_abort(__LOCATION__, &
678 : "PLANE_PLANE_ANGLE Colvar defined using two normal vectors! This is "// &
679 : "not a COLLECTIVE VARIABLE! One of the two planes must be defined "// &
680 0 : "using atomic positions.")
681 : END IF
682 :
683 : ! Number of real atoms involved in the colvar
684 16 : colvar%n_atom_s = 0
685 16 : IF (colvar%plane_plane_angle_param%plane1%type_of_def == plane_def_atoms) THEN
686 64 : DO ii = 1, 3
687 48 : i = colvar%plane_plane_angle_param%plane1%points(ii)
688 64 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
689 : END DO
690 : END IF
691 16 : IF (colvar%plane_plane_angle_param%plane2%type_of_def == plane_def_atoms) THEN
692 32 : DO ii = 1, 3
693 24 : i = colvar%plane_plane_angle_param%plane2%points(ii)
694 32 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
695 : END DO
696 : END IF
697 :
698 : ! Create a List of points...
699 32 : ALLOCATE (list(np))
700 16 : idum = 0
701 16 : IF (colvar%plane_plane_angle_param%plane1%type_of_def == plane_def_atoms) THEN
702 64 : DO ii = 1, 3
703 48 : idum = idum + 1
704 48 : i = colvar%plane_plane_angle_param%plane1%points(ii)
705 64 : list(idum) = i
706 : END DO
707 : END IF
708 16 : IF (colvar%plane_plane_angle_param%plane2%type_of_def == plane_def_atoms) THEN
709 32 : DO ii = 1, 3
710 24 : idum = idum + 1
711 24 : i = colvar%plane_plane_angle_param%plane2%points(ii)
712 32 : list(idum) = i
713 : END DO
714 : END IF
715 16 : CPASSERT(idum == np)
716 : CASE (dfunct_colvar_id)
717 18 : np = 4
718 : ! Number of real atoms involved in the colvar
719 18 : colvar%n_atom_s = 0
720 90 : DO ii = 1, 4
721 72 : i = colvar%dfunct_param%i_at_dfunct(ii)
722 90 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
723 : END DO
724 : ! Create a List of points...
725 18 : ALLOCATE (list(np))
726 18 : idum = 0
727 90 : DO ii = 1, 4
728 72 : idum = idum + 1
729 72 : i = colvar%dfunct_param%i_at_dfunct(ii)
730 90 : list(idum) = i
731 : END DO
732 18 : CPASSERT(idum == np)
733 : CASE (rotation_colvar_id)
734 2 : np = 4
735 : ! Number of real atoms involved in the colvar
736 2 : colvar%n_atom_s = 0
737 2 : i = colvar%rotation_param%i_at1_bond1
738 2 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
739 2 : i = colvar%rotation_param%i_at2_bond1
740 2 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
741 2 : i = colvar%rotation_param%i_at1_bond2
742 2 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
743 2 : i = colvar%rotation_param%i_at2_bond2
744 2 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
745 : ! Create a List of points...
746 2 : ALLOCATE (list(np))
747 : i = colvar%rotation_param%i_at1_bond1
748 2 : list(1) = i
749 2 : i = colvar%rotation_param%i_at2_bond1
750 2 : list(2) = i
751 2 : i = colvar%rotation_param%i_at1_bond2
752 2 : list(3) = i
753 2 : i = colvar%rotation_param%i_at2_bond2
754 2 : list(4) = i
755 : CASE (qparm_colvar_id)
756 2 : np = colvar%qparm_param%n_atoms_from + colvar%qparm_param%n_atoms_to
757 : ! Number of real atoms involved in the colvar
758 2 : colvar%n_atom_s = 0
759 218 : DO ii = 1, colvar%qparm_param%n_atoms_from
760 216 : i = colvar%qparm_param%i_at_from(ii)
761 218 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
762 : END DO
763 218 : DO ii = 1, colvar%qparm_param%n_atoms_to
764 216 : i = colvar%qparm_param%i_at_to(ii)
765 218 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
766 : END DO
767 : ! Create a List of points...
768 6 : ALLOCATE (list(np))
769 2 : idum = 0
770 218 : DO ii = 1, colvar%qparm_param%n_atoms_from
771 216 : idum = idum + 1
772 216 : i = colvar%qparm_param%i_at_from(ii)
773 218 : list(idum) = i
774 : END DO
775 218 : DO ii = 1, colvar%qparm_param%n_atoms_to
776 216 : idum = idum + 1
777 216 : i = colvar%qparm_param%i_at_to(ii)
778 218 : list(idum) = i
779 : END DO
780 2 : CPASSERT(idum == np)
781 : CASE (hydronium_shell_colvar_id)
782 2 : np = colvar%hydronium_shell_param%n_oxygens + colvar%hydronium_shell_param%n_hydrogens
783 6 : ALLOCATE (list(np))
784 2 : CALL setup_hydronium_colvars(colvar, hydronium_shell_colvar_id, list)
785 : CASE (hydronium_dist_colvar_id)
786 2 : np = colvar%hydronium_dist_param%n_oxygens + colvar%hydronium_dist_param%n_hydrogens
787 6 : ALLOCATE (list(np))
788 2 : CALL setup_hydronium_colvars(colvar, hydronium_dist_colvar_id, list)
789 : CASE (acid_hyd_dist_colvar_id)
790 : np = colvar%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_water &
791 : + colvar%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_acid &
792 2 : + colvar%acid_hyd_dist_param%n_hydrogens
793 6 : ALLOCATE (list(np))
794 2 : CALL setup_acid_hydronium_colvars(colvar, acid_hyd_dist_colvar_id, list)
795 : CASE (acid_hyd_shell_colvar_id)
796 : np = colvar%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_water &
797 : + colvar%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_acid &
798 2 : + colvar%acid_hyd_shell_param%n_hydrogens
799 6 : ALLOCATE (list(np))
800 2 : CALL setup_acid_hydronium_colvars(colvar, acid_hyd_shell_colvar_id, list)
801 : CASE (rmsd_colvar_id)
802 4 : np = colvar%rmsd_param%n_atoms
803 : ! Number of real atoms involved in the colvar
804 4 : colvar%n_atom_s = 0
805 28 : DO ii = 1, colvar%rmsd_param%n_atoms
806 24 : i = colvar%rmsd_param%i_rmsd(ii)
807 28 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
808 : END DO
809 : ! Create a List of points...
810 12 : ALLOCATE (list(np))
811 4 : idum = 0
812 28 : DO ii = 1, colvar%rmsd_param%n_atoms
813 24 : idum = idum + 1
814 24 : i = colvar%rmsd_param%i_rmsd(ii)
815 28 : list(idum) = i
816 : END DO
817 : CASE (reaction_path_colvar_id, distance_from_path_colvar_id)
818 44 : colvar%n_atom_s = 0
819 44 : IF (colvar%reaction_path_param%dist_rmsd .OR. colvar%reaction_path_param%rmsd) THEN
820 8 : colvar%n_atom_s = colvar%reaction_path_param%n_components
821 : ELSE
822 100 : DO ii = 1, SIZE(colvar%reaction_path_param%colvar_p)
823 100 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + colvar%reaction_path_param%colvar_p(ii)%colvar%n_atom_s
824 : END DO
825 : END IF
826 132 : ALLOCATE (list(colvar%n_atom_s))
827 44 : idum = 0
828 44 : IF (colvar%reaction_path_param%dist_rmsd .OR. colvar%reaction_path_param%rmsd) THEN
829 80 : DO ii = 1, SIZE(colvar%reaction_path_param%i_rmsd)
830 72 : idum = idum + 1
831 72 : i = colvar%reaction_path_param%i_rmsd(ii)
832 80 : list(idum) = i
833 : END DO
834 : ELSE
835 100 : DO ii = 1, SIZE(colvar%reaction_path_param%colvar_p)
836 232 : DO j = 1, colvar%reaction_path_param%colvar_p(ii)%colvar%n_atom_s
837 132 : idum = idum + 1
838 196 : list(idum) = colvar%reaction_path_param%colvar_p(ii)%colvar%i_atom(j)
839 : END DO
840 : END DO
841 : END IF
842 : CASE (xyz_diag_colvar_id)
843 30 : np = 1
844 : ! Number of real atoms involved in the colvar
845 30 : colvar%n_atom_s = 0
846 30 : i = colvar%xyz_diag_param%i_atom
847 30 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
848 : ! Create a List of points...
849 30 : ALLOCATE (list(np))
850 : i = colvar%xyz_diag_param%i_atom
851 30 : list(1) = i
852 : CASE (xyz_outerdiag_colvar_id)
853 30 : np = 2
854 : ! Number of real atoms involved in the colvar
855 30 : colvar%n_atom_s = 0
856 30 : i = colvar%xyz_outerdiag_param%i_atoms(1)
857 30 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
858 30 : i = colvar%xyz_outerdiag_param%i_atoms(2)
859 30 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
860 : ! Create a List of points...
861 30 : ALLOCATE (list(np))
862 : i = colvar%xyz_outerdiag_param%i_atoms(1)
863 30 : list(1) = i
864 30 : i = colvar%xyz_outerdiag_param%i_atoms(2)
865 30 : list(2) = i
866 : CASE (u_colvar_id)
867 6 : np = 1
868 6 : ALLOCATE (list(np))
869 6 : colvar%n_atom_s = np; list(1) = 1
870 : CASE (Wc_colvar_id)
871 0 : np = 3
872 : ! Number of real atoms involved in the colvar
873 0 : colvar%n_atom_s = 0
874 0 : DO ii = 1, 3
875 0 : i = colvar%Wc%ids(ii)
876 0 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
877 : END DO
878 : ! Create a List of points...
879 0 : ALLOCATE (list(np))
880 0 : idum = 0
881 0 : DO ii = 1, 3
882 0 : idum = idum + 1
883 0 : i = colvar%Wc%ids(ii)
884 0 : list(idum) = i
885 : END DO
886 0 : CPASSERT(idum == np)
887 : CASE (HBP_colvar_id)
888 2 : np = 3*colvar%HBP%nPoints
889 : ! Number of real atoms involved in the colvar
890 2 : colvar%n_atom_s = 0
891 4 : DO j = 1, colvar%HBP%nPoints
892 10 : DO ii = 1, 3
893 6 : i = colvar%HBP%ids(j, ii)
894 8 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
895 : END DO
896 : END DO
897 : ! Create a List of points...
898 6 : ALLOCATE (list(np))
899 2 : idum = 0
900 4 : DO j = 1, colvar%HBP%nPoints
901 10 : DO ii = 1, 3
902 6 : idum = idum + 1
903 6 : i = colvar%HBP%ids(j, ii)
904 8 : list(idum) = i
905 : END DO
906 : END DO
907 2 : CPASSERT(idum == np)
908 : CASE (ring_puckering_colvar_id)
909 36 : np = colvar%ring_puckering_param%nring
910 : ! Number of real atoms involved in the colvar
911 36 : colvar%n_atom_s = 0
912 238 : DO ii = 1, colvar%ring_puckering_param%nring
913 202 : i = colvar%ring_puckering_param%atoms(ii)
914 238 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
915 : END DO
916 : ! Create a List of points...
917 108 : ALLOCATE (list(np))
918 36 : idum = 0
919 238 : DO ii = 1, colvar%ring_puckering_param%nring
920 202 : idum = idum + 1
921 202 : i = colvar%ring_puckering_param%atoms(ii)
922 238 : list(idum) = i
923 : END DO
924 36 : CPASSERT(idum == np)
925 : CASE (mindist_colvar_id)
926 : np = colvar%mindist_param%n_dist_from + &
927 0 : colvar%mindist_param%n_coord_from + colvar%mindist_param%n_coord_to
928 : ! Number of real atoms involved in the colvar
929 0 : colvar%n_atom_s = 0
930 0 : DO ii = 1, colvar%mindist_param%n_dist_from
931 0 : i = colvar%mindist_param%i_dist_from(ii)
932 0 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
933 : END DO
934 0 : DO ii = 1, colvar%mindist_param%n_coord_from
935 0 : i = colvar%mindist_param%i_coord_from(ii)
936 0 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
937 : END DO
938 0 : DO ii = 1, colvar%mindist_param%n_coord_to
939 0 : i = colvar%mindist_param%i_coord_to(ii)
940 0 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
941 : END DO
942 : ! Create a List of points...
943 0 : ALLOCATE (list(np))
944 0 : idum = 0
945 0 : DO ii = 1, colvar%mindist_param%n_dist_from
946 0 : idum = idum + 1
947 0 : i = colvar%mindist_param%i_dist_from(ii)
948 0 : list(idum) = i
949 : END DO
950 0 : DO ii = 1, colvar%mindist_param%n_coord_from
951 0 : idum = idum + 1
952 0 : i = colvar%mindist_param%i_coord_from(ii)
953 0 : list(idum) = i
954 : END DO
955 0 : DO ii = 1, colvar%mindist_param%n_coord_to
956 0 : idum = idum + 1
957 0 : i = colvar%mindist_param%i_coord_to(ii)
958 0 : list(idum) = i
959 : END DO
960 0 : CPASSERT(idum == np)
961 : CASE (combine_colvar_id)
962 32 : colvar%n_atom_s = 0
963 96 : DO ii = 1, SIZE(colvar%combine_cvs_param%colvar_p)
964 96 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + colvar%combine_cvs_param%colvar_p(ii)%colvar%n_atom_s
965 : END DO
966 96 : ALLOCATE (list(colvar%n_atom_s))
967 32 : idum = 0
968 96 : DO ii = 1, SIZE(colvar%combine_cvs_param%colvar_p)
969 352 : DO j = 1, colvar%combine_cvs_param%colvar_p(ii)%colvar%n_atom_s
970 256 : idum = idum + 1
971 320 : list(idum) = colvar%combine_cvs_param%colvar_p(ii)%colvar%i_atom(j)
972 : END DO
973 : END DO
974 : CASE (voronoiipz_colvar_id)
975 8 : colvar%use_points = .FALSE.
976 24 : ALLOCATE (list(SIZE(colvar%voronoiipz_params%group_a) + SIZE(colvar%voronoiipz_params%group_b)))
977 24 : list(1:SIZE(colvar%voronoiipz_params%group_a)) = colvar%voronoiipz_params%group_a(:)
978 48 : list(SIZE(colvar%voronoiipz_params%group_a) + 1:SIZE(list)) = colvar%voronoiipz_params%group_b(:)
979 8 : colvar%n_atom_s = SIZE(list)
980 : END SELECT
981 :
982 5742 : IF (ASSOCIATED(colvar%dsdr)) THEN
983 48 : DEALLOCATE (colvar%dsdr)
984 : END IF
985 5742 : IF (ASSOCIATED(colvar%i_atom)) THEN
986 48 : DEALLOCATE (colvar%i_atom)
987 : END IF
988 17216 : ALLOCATE (colvar%dsdr(3, colvar%n_atom_s))
989 17216 : ALLOCATE (colvar%i_atom(colvar%n_atom_s))
990 : ! And now map real atoms
991 5742 : istart = 0
992 5742 : iend = 0
993 18916 : DO i = 1, SIZE(list)
994 18916 : IF (.NOT. colvar%use_points) THEN
995 : ! No point centers
996 12908 : colvar%i_atom(i) = list(i)
997 12908 : iend = iend + 1
998 : ELSE
999 266 : IF (ASSOCIATED(colvar%points(list(i))%atoms)) THEN
1000 256 : iend = istart + SIZE(colvar%points(list(i))%atoms)
1001 616 : colvar%i_atom(istart + 1:iend) = colvar%points(list(i))%atoms
1002 : istart = iend
1003 : END IF
1004 : END IF
1005 : END DO
1006 5742 : CPASSERT(iend == colvar%n_atom_s)
1007 5742 : DEALLOCATE (list)
1008 :
1009 5742 : END SUBROUTINE colvar_setup
1010 :
1011 : ! **************************************************************************************************
1012 : !> \brief Finalize the setup of the collective variable for the autoionization of water
1013 : !> \param colvar the colvar to initialize
1014 : !> \param colvar_id ...
1015 : !> \param list ...
1016 : !> \author Dorothea Golze
1017 : ! **************************************************************************************************
1018 4 : SUBROUTINE setup_hydronium_colvars(colvar, colvar_id, list)
1019 : TYPE(colvar_type), INTENT(INOUT) :: colvar
1020 : INTEGER, INTENT(IN) :: colvar_id
1021 : INTEGER, DIMENSION(:), INTENT(INOUT) :: list
1022 :
1023 : INTEGER :: i, idum, ii, n_hydrogens, n_oxygens, np
1024 4 : INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: i_hydrogens, i_oxygens
1025 :
1026 4 : NULLIFY (i_oxygens, i_hydrogens)
1027 :
1028 6 : SELECT CASE (colvar_id)
1029 : CASE (hydronium_shell_colvar_id)
1030 2 : n_oxygens = colvar%hydronium_shell_param%n_oxygens
1031 2 : n_hydrogens = colvar%hydronium_shell_param%n_hydrogens
1032 2 : i_oxygens => colvar%hydronium_shell_param%i_oxygens
1033 2 : i_hydrogens => colvar%hydronium_shell_param%i_hydrogens
1034 : CASE (hydronium_dist_colvar_id)
1035 2 : n_oxygens = colvar%hydronium_dist_param%n_oxygens
1036 2 : n_hydrogens = colvar%hydronium_dist_param%n_hydrogens
1037 2 : i_oxygens => colvar%hydronium_dist_param%i_oxygens
1038 2 : i_hydrogens => colvar%hydronium_dist_param%i_hydrogens
1039 : END SELECT
1040 :
1041 4 : np = n_oxygens + n_hydrogens
1042 : ! Number of real atoms involved in the colvar
1043 4 : colvar%n_atom_s = 0
1044 20 : DO ii = 1, n_oxygens
1045 16 : i = i_oxygens(ii)
1046 20 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1047 : END DO
1048 40 : DO ii = 1, n_hydrogens
1049 36 : i = i_hydrogens(ii)
1050 40 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1051 : END DO
1052 : idum = 0
1053 20 : DO ii = 1, n_oxygens
1054 16 : idum = idum + 1
1055 16 : i = i_oxygens(ii)
1056 16 : list(idum) = i
1057 164 : IF (ANY(i_hydrogens == i)) THEN
1058 0 : CPABORT("COLVAR: atoms doubled in OXYGENS and HYDROGENS list")
1059 : END IF
1060 : END DO
1061 40 : DO ii = 1, n_hydrogens
1062 36 : idum = idum + 1
1063 36 : i = i_hydrogens(ii)
1064 40 : list(idum) = i
1065 : END DO
1066 4 : CPASSERT(idum == np)
1067 56 : DO i = 1, np
1068 368 : DO ii = i + 1, np
1069 364 : IF (list(i) == list(ii)) THEN
1070 0 : IF (i <= n_oxygens) THEN
1071 0 : CPABORT("atoms doubled in OXYGENS list")
1072 : END IF
1073 0 : IF (i > n_oxygens) THEN
1074 0 : CPABORT("atoms doubled in HYDROGENS list")
1075 : END IF
1076 : END IF
1077 : END DO
1078 : END DO
1079 :
1080 4 : END SUBROUTINE setup_hydronium_colvars
1081 :
1082 : ! **************************************************************************************************
1083 : !> \brief Finalize the setup of the collective variable for the dissociation
1084 : !> of a carboxylic acid in water
1085 : !> \param colvar the colvar to initialize
1086 : !> \param colvar_id ...
1087 : !> \param list ...
1088 : !> \author Dorothea Golze
1089 : ! **************************************************************************************************
1090 4 : SUBROUTINE setup_acid_hydronium_colvars(colvar, colvar_id, list)
1091 : TYPE(colvar_type), INTENT(INOUT) :: colvar
1092 : INTEGER, INTENT(IN) :: colvar_id
1093 : INTEGER, DIMENSION(:), INTENT(INOUT) :: list
1094 :
1095 : INTEGER :: i, idum, ii, n_hydrogens, &
1096 : n_oxygens_acid, n_oxygens_water, np
1097 4 : INTEGER, DIMENSION(:), POINTER :: i_hydrogens, i_oxygens_acid, &
1098 4 : i_oxygens_water
1099 :
1100 4 : NULLIFY (i_oxygens_water, i_oxygens_acid, i_hydrogens)
1101 :
1102 6 : SELECT CASE (colvar_id)
1103 : CASE (acid_hyd_dist_colvar_id)
1104 2 : n_oxygens_water = colvar%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_water
1105 2 : n_oxygens_acid = colvar%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_acid
1106 2 : n_hydrogens = colvar%acid_hyd_dist_param%n_hydrogens
1107 2 : i_oxygens_water => colvar%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_water
1108 2 : i_oxygens_acid => colvar%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_acid
1109 2 : i_hydrogens => colvar%acid_hyd_dist_param%i_hydrogens
1110 : CASE (acid_hyd_shell_colvar_id)
1111 2 : n_oxygens_water = colvar%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_water
1112 2 : n_oxygens_acid = colvar%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_acid
1113 2 : n_hydrogens = colvar%acid_hyd_shell_param%n_hydrogens
1114 2 : i_oxygens_water => colvar%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_water
1115 2 : i_oxygens_acid => colvar%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_acid
1116 2 : i_hydrogens => colvar%acid_hyd_shell_param%i_hydrogens
1117 : END SELECT
1118 :
1119 4 : np = n_oxygens_water + n_oxygens_acid + n_hydrogens
1120 : ! Number of real atoms involved in the colvar
1121 4 : colvar%n_atom_s = 0
1122 12 : DO ii = 1, n_oxygens_water
1123 8 : i = i_oxygens_water(ii)
1124 12 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1125 : END DO
1126 12 : DO ii = 1, n_oxygens_acid
1127 8 : i = i_oxygens_acid(ii)
1128 12 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1129 : END DO
1130 24 : DO ii = 1, n_hydrogens
1131 20 : i = i_hydrogens(ii)
1132 24 : colvar%n_atom_s = colvar%n_atom_s + COLV_SIZE(colvar, i)
1133 : END DO
1134 : idum = 0
1135 12 : DO ii = 1, n_oxygens_water
1136 8 : idum = idum + 1
1137 8 : i = i_oxygens_water(ii)
1138 8 : list(idum) = i
1139 48 : IF (ANY(i_hydrogens == i)) THEN
1140 0 : CPABORT("COLVAR: atoms doubled in OXYGENS_WATER and HYDROGENS list")
1141 : END IF
1142 28 : IF (ANY(i_oxygens_acid == i)) THEN
1143 0 : CPABORT("COLVAR: atoms doubled in OXYGENS_WATER and OXYGENS_ACID list")
1144 : END IF
1145 : END DO
1146 12 : DO ii = 1, n_oxygens_acid
1147 8 : idum = idum + 1
1148 8 : i = i_oxygens_acid(ii)
1149 8 : list(idum) = i
1150 52 : IF (ANY(i_hydrogens == i)) THEN
1151 0 : CPABORT("COLVAR: atoms doubled in OXYGENS_ACID and HYDROGENS list")
1152 : END IF
1153 : END DO
1154 24 : DO ii = 1, n_hydrogens
1155 20 : idum = idum + 1
1156 20 : i = i_hydrogens(ii)
1157 24 : list(idum) = i
1158 : END DO
1159 4 : CPASSERT(idum == np)
1160 40 : DO i = 1, np
1161 184 : DO ii = i + 1, np
1162 180 : IF (list(i) == list(ii)) THEN
1163 0 : IF (i <= n_oxygens_water) THEN
1164 0 : CPABORT("atoms doubled in OXYGENS_WATER list")
1165 : END IF
1166 0 : IF (i > n_oxygens_water .AND. i <= n_oxygens_water + n_oxygens_acid) THEN
1167 0 : CPABORT("atoms doubled in OXYGENS_ACID list")
1168 : END IF
1169 0 : IF (i > n_oxygens_water + n_oxygens_acid) THEN
1170 0 : CPABORT("atoms doubled in HYDROGENS list")
1171 : END IF
1172 : END IF
1173 : END DO
1174 : END DO
1175 :
1176 4 : END SUBROUTINE setup_acid_hydronium_colvars
1177 :
1178 : ! **************************************************************************************************
1179 : !> \brief Gives back the size of an array of integer. If not associated gives back 1
1180 : !> \param colvar ...
1181 : !> \param i ...
1182 : !> \return ...
1183 : !> \author Teodoro Laino - 03.2007
1184 : ! **************************************************************************************************
1185 12652 : FUNCTION colv_size(colvar, i) RESULT(my_size)
1186 : TYPE(colvar_type), INTENT(IN) :: colvar
1187 : INTEGER :: i, my_size
1188 :
1189 12652 : my_size = 1
1190 12652 : IF (ASSOCIATED(colvar%points)) THEN
1191 266 : IF (ASSOCIATED(colvar%points(i)%atoms)) THEN
1192 256 : my_size = SIZE(colvar%points(i)%atoms)
1193 : ELSE
1194 : my_size = 0
1195 : END IF
1196 : END IF
1197 12652 : END FUNCTION colv_size
1198 :
1199 : ! **************************************************************************************************
1200 : !> \brief releases the memory that might have been allocated by the colvar
1201 : !> \param colvar the colvar to deallocate
1202 : !> \author alessandro laio and fawzi mohamed
1203 : ! **************************************************************************************************
1204 5694 : RECURSIVE SUBROUTINE colvar_release(colvar)
1205 : TYPE(colvar_type), POINTER :: colvar
1206 :
1207 : INTEGER :: i
1208 :
1209 5694 : CPASSERT(ASSOCIATED(colvar))
1210 5694 : IF (ASSOCIATED(colvar%dsdr)) THEN
1211 5694 : DEALLOCATE (colvar%dsdr)
1212 : END IF
1213 5694 : IF (ASSOCIATED(colvar%i_atom)) THEN
1214 5694 : DEALLOCATE (colvar%i_atom)
1215 : END IF
1216 5694 : IF (ASSOCIATED(colvar%points)) THEN
1217 366 : DO i = 1, SIZE(colvar%points)
1218 266 : IF (ASSOCIATED(colvar%points(i)%atoms)) THEN
1219 256 : DEALLOCATE (colvar%points(i)%atoms)
1220 : END IF
1221 366 : IF (ASSOCIATED(colvar%points(i)%weights)) THEN
1222 256 : DEALLOCATE (colvar%points(i)%weights)
1223 : END IF
1224 : END DO
1225 100 : DEALLOCATE (colvar%points)
1226 : END IF
1227 10694 : SELECT CASE (colvar%type_id)
1228 : CASE (dist_colvar_id)
1229 5000 : DEALLOCATE (colvar%dist_param)
1230 : CASE (coord_colvar_id)
1231 64 : IF (ASSOCIATED(colvar%coord_param%i_at_from)) THEN
1232 64 : DEALLOCATE (colvar%coord_param%i_at_from)
1233 : END IF
1234 64 : IF (ASSOCIATED(colvar%coord_param%i_at_to)) THEN
1235 64 : DEALLOCATE (colvar%coord_param%i_at_to)
1236 : END IF
1237 64 : IF (ASSOCIATED(colvar%coord_param%c_kinds_from)) THEN
1238 8 : DEALLOCATE (colvar%coord_param%c_kinds_from)
1239 : END IF
1240 64 : IF (ASSOCIATED(colvar%coord_param%c_kinds_to)) THEN
1241 10 : DEALLOCATE (colvar%coord_param%c_kinds_to)
1242 : END IF
1243 64 : IF (ASSOCIATED(colvar%coord_param%i_at_to_b)) THEN
1244 4 : DEALLOCATE (colvar%coord_param%i_at_to_b)
1245 : END IF
1246 64 : IF (ASSOCIATED(colvar%coord_param%c_kinds_to_b)) THEN
1247 2 : DEALLOCATE (colvar%coord_param%c_kinds_to_b)
1248 : END IF
1249 64 : DEALLOCATE (colvar%coord_param)
1250 : CASE (population_colvar_id)
1251 8 : IF (ASSOCIATED(colvar%population_param%i_at_from)) THEN
1252 8 : DEALLOCATE (colvar%population_param%i_at_from)
1253 : END IF
1254 8 : IF (ASSOCIATED(colvar%population_param%i_at_to)) THEN
1255 8 : DEALLOCATE (colvar%population_param%i_at_to)
1256 : END IF
1257 8 : IF (ASSOCIATED(colvar%population_param%c_kinds_from)) THEN
1258 0 : DEALLOCATE (colvar%population_param%c_kinds_from)
1259 : END IF
1260 8 : IF (ASSOCIATED(colvar%population_param%c_kinds_to)) THEN
1261 8 : DEALLOCATE (colvar%population_param%c_kinds_to)
1262 : END IF
1263 8 : DEALLOCATE (colvar%population_param)
1264 : CASE (gyration_colvar_id)
1265 2 : IF (ASSOCIATED(colvar%gyration_param%i_at)) THEN
1266 2 : DEALLOCATE (colvar%gyration_param%i_at)
1267 : END IF
1268 2 : IF (ASSOCIATED(colvar%gyration_param%c_kinds)) THEN
1269 2 : DEALLOCATE (colvar%gyration_param%c_kinds)
1270 : END IF
1271 2 : DEALLOCATE (colvar%gyration_param)
1272 : CASE (angle_colvar_id)
1273 220 : DEALLOCATE (colvar%angle_param)
1274 : CASE (torsion_colvar_id)
1275 162 : DEALLOCATE (colvar%torsion_param)
1276 : CASE (plane_distance_colvar_id)
1277 28 : DEALLOCATE (colvar%plane_distance_param)
1278 : CASE (plane_plane_angle_colvar_id)
1279 16 : DEALLOCATE (colvar%plane_plane_angle_param)
1280 : CASE (dfunct_colvar_id)
1281 18 : DEALLOCATE (colvar%dfunct_param)
1282 : CASE (rotation_colvar_id)
1283 2 : DEALLOCATE (colvar%rotation_param)
1284 : CASE (qparm_colvar_id)
1285 2 : DEALLOCATE (colvar%qparm_param%i_at_from)
1286 2 : DEALLOCATE (colvar%qparm_param%i_at_to)
1287 2 : DEALLOCATE (colvar%qparm_param)
1288 : CASE (xyz_diag_colvar_id)
1289 30 : DEALLOCATE (colvar%xyz_diag_param)
1290 : CASE (xyz_outerdiag_colvar_id)
1291 30 : DEALLOCATE (colvar%xyz_outerdiag_param)
1292 : CASE (u_colvar_id)
1293 6 : NULLIFY (colvar%u_param%mixed_energy_section)
1294 6 : DEALLOCATE (colvar%u_param)
1295 : CASE (hydronium_shell_colvar_id)
1296 2 : DEALLOCATE (colvar%hydronium_shell_param%i_oxygens)
1297 2 : DEALLOCATE (colvar%hydronium_shell_param%i_hydrogens)
1298 2 : DEALLOCATE (colvar%hydronium_shell_param)
1299 : CASE (hydronium_dist_colvar_id)
1300 2 : DEALLOCATE (colvar%hydronium_dist_param%i_oxygens)
1301 2 : DEALLOCATE (colvar%hydronium_dist_param%i_hydrogens)
1302 2 : DEALLOCATE (colvar%hydronium_dist_param)
1303 : CASE (acid_hyd_dist_colvar_id)
1304 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_water)
1305 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_acid)
1306 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_dist_param%i_hydrogens)
1307 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_dist_param)
1308 : CASE (acid_hyd_shell_colvar_id)
1309 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_water)
1310 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_acid)
1311 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_shell_param%i_hydrogens)
1312 2 : DEALLOCATE (colvar%acid_hyd_shell_param)
1313 : CASE (reaction_path_colvar_id, distance_from_path_colvar_id)
1314 28 : IF (colvar%reaction_path_param%dist_rmsd .OR. colvar%reaction_path_param%rmsd) THEN
1315 8 : DEALLOCATE (colvar%reaction_path_param%r_ref)
1316 8 : DEALLOCATE (colvar%reaction_path_param%i_rmsd)
1317 : ELSE
1318 56 : DO i = 1, SIZE(colvar%reaction_path_param%colvar_p)
1319 56 : CALL colvar_release(colvar%reaction_path_param%colvar_p(i)%colvar)
1320 : END DO
1321 20 : DEALLOCATE (colvar%reaction_path_param%colvar_p)
1322 20 : DEALLOCATE (colvar%reaction_path_param%f_vals)
1323 : END IF
1324 28 : DEALLOCATE (colvar%reaction_path_param)
1325 : CASE (combine_colvar_id)
1326 60 : DO i = 1, SIZE(colvar%combine_cvs_param%colvar_p)
1327 60 : CALL colvar_release(colvar%combine_cvs_param%colvar_p(i)%colvar)
1328 : END DO
1329 20 : DEALLOCATE (colvar%combine_cvs_param%colvar_p)
1330 20 : DEALLOCATE (colvar%combine_cvs_param%c_parameters)
1331 20 : DEALLOCATE (colvar%combine_cvs_param%v_parameters)
1332 20 : DEALLOCATE (colvar%combine_cvs_param%variables)
1333 20 : DEALLOCATE (colvar%combine_cvs_param)
1334 : CASE (rmsd_colvar_id)
1335 4 : DEALLOCATE (colvar%rmsd_param%weights)
1336 4 : DEALLOCATE (colvar%rmsd_param%r_ref)
1337 4 : DEALLOCATE (colvar%rmsd_param%i_rmsd)
1338 4 : DEALLOCATE (colvar%rmsd_param)
1339 : CASE (Wc_colvar_id)
1340 0 : DEALLOCATE (colvar%Wc)
1341 : CASE (HBP_colvar_id)
1342 2 : DEALLOCATE (colvar%HBP%ewc)
1343 2 : DEALLOCATE (colvar%HBP%ids)
1344 2 : DEALLOCATE (colvar%HBP)
1345 : CASE (ring_puckering_colvar_id)
1346 36 : DEALLOCATE (colvar%ring_puckering_param%atoms)
1347 36 : DEALLOCATE (colvar%ring_puckering_param)
1348 : CASE (mindist_colvar_id)
1349 0 : IF (ASSOCIATED(colvar%mindist_param%i_dist_from)) THEN
1350 0 : DEALLOCATE (colvar%mindist_param%i_dist_from)
1351 : END IF
1352 0 : IF (ASSOCIATED(colvar%mindist_param%i_coord_from)) THEN
1353 0 : DEALLOCATE (colvar%mindist_param%i_coord_from)
1354 : END IF
1355 0 : IF (ASSOCIATED(colvar%mindist_param%i_coord_to)) THEN
1356 0 : DEALLOCATE (colvar%mindist_param%i_coord_to)
1357 : END IF
1358 0 : IF (ASSOCIATED(colvar%mindist_param%k_coord_from)) THEN
1359 0 : DEALLOCATE (colvar%mindist_param%k_coord_from)
1360 : END IF
1361 0 : IF (ASSOCIATED(colvar%mindist_param%k_coord_to)) THEN
1362 0 : DEALLOCATE (colvar%mindist_param%k_coord_to)
1363 : END IF
1364 0 : DEALLOCATE (colvar%mindist_param)
1365 :
1366 : CASE (voronoiipz_colvar_id)
1367 8 : DEALLOCATE (colvar%voronoiipz_params%group_a)
1368 8 : DEALLOCATE (colvar%voronoiipz_params%group_b)
1369 8 : DEALLOCATE (colvar%voronoiipz_params)
1370 : CASE (no_colvar_id)
1371 : ! Do nothing
1372 : CASE default
1373 5694 : CPABORT("Unknown colvar type")
1374 : END SELECT
1375 5694 : DEALLOCATE (colvar)
1376 :
1377 5694 : END SUBROUTINE colvar_release
1378 :
1379 : ! **************************************************************************************************
1380 : !> \brief Clone a colvar type
1381 : !> \param colvar_out ...
1382 : !> \param colvar_in the colvar to deallocate
1383 : !> \param i_atom_offset ...
1384 : !> \author Teodoro Laino [tlaino] 04.2006
1385 : ! **************************************************************************************************
1386 4992 : RECURSIVE SUBROUTINE colvar_clone(colvar_out, colvar_in, i_atom_offset)
1387 : TYPE(colvar_type), INTENT(INOUT), POINTER :: colvar_out
1388 : TYPE(colvar_type), INTENT(IN) :: colvar_in
1389 : INTEGER, INTENT(IN), OPTIONAL :: i_atom_offset
1390 :
1391 : INTEGER :: i, my_offset, ndim, ndim2
1392 :
1393 4992 : my_offset = 0
1394 4992 : IF (PRESENT(i_atom_offset)) my_offset = i_atom_offset
1395 4992 : CALL colvar_create(colvar_out, colvar_in%type_id)
1396 4992 : CALL colvar_clone_points(colvar_out, colvar_in, my_offset)
1397 4992 : IF (colvar_in%use_points) my_offset = 0
1398 4998 : SELECT CASE (colvar_out%type_id)
1399 : CASE (voronoiipz_colvar_id)
1400 6 : colvar_out%voronoiipz_params%lambda = colvar_in%voronoiipz_params%lambda
1401 6 : colvar_out%voronoiipz_params%zidx = colvar_in%voronoiipz_params%zidx
1402 6 : colvar_out%voronoiipz_params%nrx = colvar_in%voronoiipz_params%nrx
1403 6 : colvar_out%voronoiipz_params%zmid = colvar_in%voronoiipz_params%zmid
1404 6 : colvar_out%voronoiipz_params%d0 = colvar_in%voronoiipz_params%d0
1405 6 : colvar_out%voronoiipz_params%d1 = colvar_in%voronoiipz_params%d1
1406 6 : colvar_out%voronoiipz_params%d2 = colvar_in%voronoiipz_params%d2
1407 6 : colvar_out%voronoiipz_params%d3 = colvar_in%voronoiipz_params%d3
1408 6 : colvar_out%voronoiipz_params%nl_cutoff = colvar_in%voronoiipz_params%nl_cutoff
1409 18 : ALLOCATE (colvar_out%voronoiipz_params%group_a(SIZE(colvar_in%voronoiipz_params%group_a)))
1410 18 : ALLOCATE (colvar_out%voronoiipz_params%group_b(SIZE(colvar_in%voronoiipz_params%group_b)))
1411 18 : colvar_out%voronoiipz_params%group_a = colvar_in%voronoiipz_params%group_a + my_offset
1412 36 : colvar_out%voronoiipz_params%group_b = colvar_in%voronoiipz_params%group_b + my_offset
1413 : CASE (dist_colvar_id)
1414 4612 : colvar_out%dist_param%i_at = colvar_in%dist_param%i_at + my_offset
1415 4612 : colvar_out%dist_param%j_at = colvar_in%dist_param%j_at + my_offset
1416 4612 : colvar_out%dist_param%axis_id = colvar_in%dist_param%axis_id
1417 4612 : colvar_out%dist_param%sign_d = colvar_in%dist_param%sign_d
1418 : CASE (coord_colvar_id)
1419 6 : colvar_out%coord_param%n_atoms_to = colvar_in%coord_param%n_atoms_to
1420 6 : colvar_out%coord_param%n_atoms_to_b = colvar_in%coord_param%n_atoms_to_b
1421 6 : colvar_out%coord_param%n_atoms_from = colvar_in%coord_param%n_atoms_from
1422 6 : colvar_out%coord_param%nncrd = colvar_in%coord_param%nncrd
1423 6 : colvar_out%coord_param%ndcrd = colvar_in%coord_param%ndcrd
1424 6 : colvar_out%coord_param%r_0 = colvar_in%coord_param%r_0
1425 6 : colvar_out%coord_param%nncrd_b = colvar_in%coord_param%nncrd_b
1426 6 : colvar_out%coord_param%ndcrd_b = colvar_in%coord_param%ndcrd_b
1427 6 : colvar_out%coord_param%r_0_b = colvar_in%coord_param%r_0_b
1428 6 : colvar_out%coord_param%use_kinds_from = colvar_in%coord_param%use_kinds_from
1429 6 : colvar_out%coord_param%use_kinds_to = colvar_in%coord_param%use_kinds_to
1430 6 : colvar_out%coord_param%use_kinds_to_b = colvar_in%coord_param%use_kinds_to_b
1431 6 : IF (colvar_in%coord_param%use_kinds_from) THEN
1432 : ! KINDS
1433 0 : ndim = SIZE(colvar_in%coord_param%c_kinds_from)
1434 0 : ALLOCATE (colvar_out%coord_param%c_kinds_from(ndim))
1435 0 : colvar_out%coord_param%c_kinds_from = colvar_in%coord_param%c_kinds_from
1436 : ELSE
1437 : ! INDEX
1438 6 : ndim = SIZE(colvar_in%coord_param%i_at_from)
1439 18 : ALLOCATE (colvar_out%coord_param%i_at_from(ndim))
1440 12 : colvar_out%coord_param%i_at_from = colvar_in%coord_param%i_at_from + my_offset
1441 : END IF
1442 6 : IF (colvar_in%coord_param%use_kinds_to) THEN
1443 : ! KINDS
1444 0 : ndim = SIZE(colvar_in%coord_param%c_kinds_to)
1445 0 : ALLOCATE (colvar_out%coord_param%c_kinds_to(ndim))
1446 0 : colvar_out%coord_param%c_kinds_to = colvar_in%coord_param%c_kinds_to
1447 : ELSE
1448 : ! INDEX
1449 6 : ndim = SIZE(colvar_in%coord_param%i_at_to)
1450 18 : ALLOCATE (colvar_out%coord_param%i_at_to(ndim))
1451 18 : colvar_out%coord_param%i_at_to = colvar_in%coord_param%i_at_to + my_offset
1452 : END IF
1453 6 : IF (colvar_in%coord_param%use_kinds_to_b) THEN
1454 : ! KINDS
1455 0 : ndim = SIZE(colvar_in%coord_param%c_kinds_to_b)
1456 0 : ALLOCATE (colvar_out%coord_param%c_kinds_to_b(ndim))
1457 0 : colvar_out%coord_param%c_kinds_to_b = colvar_in%coord_param%c_kinds_to_b
1458 6 : ELSE IF (ASSOCIATED(colvar_in%coord_param%i_at_to_b)) THEN
1459 : ! INDEX
1460 0 : ndim = SIZE(colvar_in%coord_param%i_at_to_b)
1461 0 : ALLOCATE (colvar_out%coord_param%i_at_to_b(ndim))
1462 0 : colvar_out%coord_param%i_at_to_b = colvar_in%coord_param%i_at_to_b + my_offset
1463 : END IF
1464 :
1465 : CASE (population_colvar_id)
1466 0 : colvar_out%population_param%n_atoms_to = colvar_in%population_param%n_atoms_to
1467 0 : colvar_out%population_param%n_atoms_from = colvar_in%population_param%n_atoms_from
1468 0 : colvar_out%population_param%nncrd = colvar_in%population_param%nncrd
1469 0 : colvar_out%population_param%ndcrd = colvar_in%population_param%ndcrd
1470 0 : colvar_out%population_param%r_0 = colvar_in%population_param%r_0
1471 0 : colvar_out%population_param%use_kinds_from = colvar_in%population_param%use_kinds_from
1472 0 : colvar_out%population_param%use_kinds_to = colvar_in%population_param%use_kinds_to
1473 0 : IF (colvar_in%population_param%use_kinds_from) THEN
1474 : ! KINDS
1475 0 : ndim = SIZE(colvar_in%population_param%c_kinds_from)
1476 0 : ALLOCATE (colvar_out%population_param%c_kinds_from(ndim))
1477 0 : colvar_out%population_param%c_kinds_from = colvar_in%population_param%c_kinds_from
1478 : ELSE
1479 : ! INDEX
1480 0 : ndim = SIZE(colvar_in%population_param%i_at_from)
1481 0 : ALLOCATE (colvar_out%population_param%i_at_from(ndim))
1482 0 : colvar_out%population_param%i_at_from = colvar_in%population_param%i_at_from + my_offset
1483 : END IF
1484 0 : IF (colvar_in%population_param%use_kinds_to) THEN
1485 : ! KINDS
1486 0 : ndim = SIZE(colvar_in%population_param%c_kinds_to)
1487 0 : ALLOCATE (colvar_out%population_param%c_kinds_to(ndim))
1488 0 : colvar_out%population_param%c_kinds_to = colvar_in%population_param%c_kinds_to
1489 : ELSE
1490 : ! INDEX
1491 0 : ndim = SIZE(colvar_in%population_param%i_at_to)
1492 0 : ALLOCATE (colvar_out%population_param%i_at_to(ndim))
1493 0 : colvar_out%population_param%i_at_to = colvar_in%population_param%i_at_to + my_offset
1494 : END IF
1495 :
1496 : CASE (gyration_colvar_id)
1497 0 : colvar_out%gyration_param%n_atoms = colvar_in%gyration_param%n_atoms
1498 0 : colvar_out%gyration_param%use_kinds = colvar_in%gyration_param%use_kinds
1499 0 : IF (colvar_in%gyration_param%use_kinds) THEN
1500 : ! KINDS
1501 0 : ndim = SIZE(colvar_in%gyration_param%c_kinds)
1502 0 : ALLOCATE (colvar_out%gyration_param%c_kinds(ndim))
1503 0 : colvar_out%gyration_param%c_kinds = colvar_in%gyration_param%c_kinds
1504 : ELSE
1505 : ! INDEX
1506 0 : ndim = SIZE(colvar_in%gyration_param%i_at)
1507 0 : ALLOCATE (colvar_out%gyration_param%i_at(ndim))
1508 0 : colvar_out%gyration_param%i_at = colvar_in%gyration_param%i_at + my_offset
1509 : END IF
1510 : CASE (angle_colvar_id)
1511 672 : colvar_out%angle_param%i_at_angle = colvar_in%angle_param%i_at_angle + my_offset
1512 : CASE (torsion_colvar_id)
1513 570 : colvar_out%torsion_param%i_at_tors = colvar_in%torsion_param%i_at_tors + my_offset
1514 114 : colvar_out%torsion_param%o0 = colvar_in%torsion_param%o0
1515 : CASE (plane_distance_colvar_id)
1516 0 : colvar_out%plane_distance_param%use_pbc = colvar_in%plane_distance_param%use_pbc
1517 0 : colvar_out%plane_distance_param%plane = colvar_in%plane_distance_param%plane + my_offset
1518 0 : colvar_out%plane_distance_param%point = colvar_in%plane_distance_param%point + my_offset
1519 : CASE (plane_plane_angle_colvar_id)
1520 12 : colvar_out%plane_plane_angle_param%plane1%type_of_def = colvar_in%plane_plane_angle_param%plane1%type_of_def
1521 12 : IF (colvar_out%plane_plane_angle_param%plane1%type_of_def == plane_def_vec) THEN
1522 0 : colvar_out%plane_plane_angle_param%plane1%normal_vec = colvar_in%plane_plane_angle_param%plane1%normal_vec
1523 : ELSE
1524 48 : colvar_out%plane_plane_angle_param%plane1%points = colvar_in%plane_plane_angle_param%plane1%points + my_offset
1525 : END IF
1526 :
1527 12 : colvar_out%plane_plane_angle_param%plane2%type_of_def = colvar_in%plane_plane_angle_param%plane2%type_of_def
1528 12 : IF (colvar_out%plane_plane_angle_param%plane2%type_of_def == plane_def_vec) THEN
1529 24 : colvar_out%plane_plane_angle_param%plane2%normal_vec = colvar_in%plane_plane_angle_param%plane2%normal_vec
1530 : ELSE
1531 24 : colvar_out%plane_plane_angle_param%plane2%points = colvar_in%plane_plane_angle_param%plane2%points + my_offset
1532 : END IF
1533 : CASE (rotation_colvar_id)
1534 0 : colvar_out%rotation_param%i_at1_bond1 = colvar_in%rotation_param%i_at1_bond1 + my_offset
1535 0 : colvar_out%rotation_param%i_at2_bond1 = colvar_in%rotation_param%i_at2_bond1 + my_offset
1536 0 : colvar_out%rotation_param%i_at1_bond2 = colvar_in%rotation_param%i_at1_bond2 + my_offset
1537 0 : colvar_out%rotation_param%i_at2_bond2 = colvar_in%rotation_param%i_at2_bond2 + my_offset
1538 : CASE (dfunct_colvar_id)
1539 60 : colvar_out%dfunct_param%i_at_dfunct = colvar_in%dfunct_param%i_at_dfunct + my_offset
1540 12 : colvar_out%dfunct_param%coeff = colvar_in%dfunct_param%coeff
1541 12 : colvar_out%dfunct_param%use_pbc = colvar_in%dfunct_param%use_pbc
1542 : CASE (qparm_colvar_id)
1543 0 : colvar_out%qparm_param%n_atoms_to = colvar_in%qparm_param%n_atoms_to
1544 0 : colvar_out%qparm_param%n_atoms_from = colvar_in%qparm_param%n_atoms_from
1545 0 : colvar_out%qparm_param%rcut = colvar_in%qparm_param%rcut
1546 0 : colvar_out%qparm_param%l = colvar_in%qparm_param%l
1547 0 : colvar_out%qparm_param%rstart = colvar_in%qparm_param%rstart
1548 0 : colvar_out%qparm_param%include_images = colvar_in%qparm_param%include_images
1549 0 : ndim = SIZE(colvar_in%qparm_param%i_at_from)
1550 0 : ALLOCATE (colvar_out%qparm_param%i_at_from(ndim))
1551 0 : ndim = SIZE(colvar_in%qparm_param%i_at_to)
1552 0 : ALLOCATE (colvar_out%qparm_param%i_at_to(ndim))
1553 0 : colvar_out%qparm_param%i_at_from = colvar_in%qparm_param%i_at_from + my_offset
1554 0 : colvar_out%qparm_param%i_at_to = colvar_in%qparm_param%i_at_from + my_offset
1555 : CASE (xyz_diag_colvar_id)
1556 24 : colvar_out%xyz_diag_param%i_atom = colvar_in%xyz_diag_param%i_atom + my_offset
1557 24 : colvar_out%xyz_diag_param%component = colvar_in%xyz_diag_param%component
1558 96 : colvar_out%xyz_diag_param%r0 = colvar_in%xyz_diag_param%r0
1559 24 : colvar_out%xyz_diag_param%use_pbc = colvar_in%xyz_diag_param%use_pbc
1560 24 : colvar_out%xyz_diag_param%use_absolute_position = colvar_in%xyz_diag_param%use_absolute_position
1561 : CASE (xyz_outerdiag_colvar_id)
1562 72 : colvar_out%xyz_outerdiag_param%i_atoms = colvar_in%xyz_outerdiag_param%i_atoms + my_offset
1563 72 : colvar_out%xyz_outerdiag_param%components = colvar_in%xyz_outerdiag_param%components
1564 216 : colvar_out%xyz_outerdiag_param%r0 = colvar_in%xyz_outerdiag_param%r0
1565 24 : colvar_out%xyz_outerdiag_param%use_pbc = colvar_in%xyz_outerdiag_param%use_pbc
1566 : CASE (u_colvar_id)
1567 0 : colvar_out%u_param%natom = colvar_in%u_param%natom
1568 : CASE (hydronium_shell_colvar_id)
1569 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%n_hydrogens = colvar_in%hydronium_shell_param%n_hydrogens
1570 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%n_oxygens = colvar_in%hydronium_shell_param%n_oxygens
1571 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%nh = colvar_in%hydronium_shell_param%nh
1572 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%poh = colvar_in%hydronium_shell_param%poh
1573 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%poo = colvar_in%hydronium_shell_param%poo
1574 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%qoh = colvar_in%hydronium_shell_param%qoh
1575 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%qoo = colvar_in%hydronium_shell_param%qoo
1576 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%pm = colvar_in%hydronium_shell_param%pm
1577 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%qm = colvar_in%hydronium_shell_param%qm
1578 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%roo = colvar_in%hydronium_shell_param%roo
1579 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%roh = colvar_in%hydronium_shell_param%roh
1580 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%lambda = colvar_in%hydronium_shell_param%lambda
1581 0 : ndim = SIZE(colvar_in%hydronium_shell_param%i_oxygens)
1582 0 : ALLOCATE (colvar_out%hydronium_shell_param%i_oxygens(ndim))
1583 0 : ndim = SIZE(colvar_in%hydronium_shell_param%i_hydrogens)
1584 0 : ALLOCATE (colvar_out%hydronium_shell_param%i_hydrogens(ndim))
1585 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%i_oxygens = colvar_in%hydronium_shell_param%i_oxygens + my_offset
1586 0 : colvar_out%hydronium_shell_param%i_hydrogens = colvar_in%hydronium_shell_param%i_hydrogens + my_offset
1587 : CASE (hydronium_dist_colvar_id)
1588 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%n_hydrogens = colvar_in%hydronium_dist_param%n_hydrogens
1589 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%n_oxygens = colvar_in%hydronium_dist_param%n_oxygens
1590 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%nh = colvar_in%hydronium_dist_param%nh
1591 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%nn = colvar_in%hydronium_dist_param%nn
1592 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%poh = colvar_in%hydronium_dist_param%poh
1593 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%qoh = colvar_in%hydronium_dist_param%qoh
1594 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%pf = colvar_in%hydronium_dist_param%pf
1595 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%qf = colvar_in%hydronium_dist_param%qf
1596 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%pm = colvar_in%hydronium_dist_param%pm
1597 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%qm = colvar_in%hydronium_dist_param%qm
1598 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%roh = colvar_in%hydronium_dist_param%roh
1599 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%lambda = colvar_in%hydronium_dist_param%lambda
1600 0 : ndim = SIZE(colvar_in%hydronium_dist_param%i_oxygens)
1601 0 : ALLOCATE (colvar_out%hydronium_dist_param%i_oxygens(ndim))
1602 0 : ndim = SIZE(colvar_in%hydronium_dist_param%i_hydrogens)
1603 0 : ALLOCATE (colvar_out%hydronium_dist_param%i_hydrogens(ndim))
1604 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%i_oxygens = colvar_in%hydronium_dist_param%i_oxygens + my_offset
1605 0 : colvar_out%hydronium_dist_param%i_hydrogens = colvar_in%hydronium_dist_param%i_hydrogens + my_offset
1606 : CASE (acid_hyd_dist_colvar_id)
1607 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%n_hydrogens = colvar_in%acid_hyd_dist_param%n_hydrogens
1608 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_water = colvar_in%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_water
1609 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_acid = colvar_in%acid_hyd_dist_param%n_oxygens_acid
1610 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%nc = colvar_in%acid_hyd_dist_param%nc
1611 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%pwoh = colvar_in%acid_hyd_dist_param%pwoh
1612 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%qwoh = colvar_in%acid_hyd_dist_param%qwoh
1613 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%paoh = colvar_in%acid_hyd_dist_param%paoh
1614 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%qaoh = colvar_in%acid_hyd_dist_param%qaoh
1615 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%pcut = colvar_in%acid_hyd_dist_param%pcut
1616 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%qcut = colvar_in%acid_hyd_dist_param%qcut
1617 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%rwoh = colvar_in%acid_hyd_dist_param%rwoh
1618 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%raoh = colvar_in%acid_hyd_dist_param%raoh
1619 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%lambda = colvar_in%acid_hyd_dist_param%lambda
1620 0 : ndim = SIZE(colvar_in%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_water)
1621 0 : ALLOCATE (colvar_out%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_water(ndim))
1622 0 : ndim = SIZE(colvar_in%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_acid)
1623 0 : ALLOCATE (colvar_out%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_acid(ndim))
1624 0 : ndim = SIZE(colvar_in%acid_hyd_dist_param%i_hydrogens)
1625 0 : ALLOCATE (colvar_out%acid_hyd_dist_param%i_hydrogens(ndim))
1626 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_water = colvar_in%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_water + my_offset
1627 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_acid = colvar_in%acid_hyd_dist_param%i_oxygens_acid + my_offset
1628 0 : colvar_out%acid_hyd_dist_param%i_hydrogens = colvar_in%acid_hyd_dist_param%i_hydrogens + my_offset
1629 : CASE (acid_hyd_shell_colvar_id)
1630 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%n_hydrogens = colvar_in%acid_hyd_shell_param%n_hydrogens
1631 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_water = colvar_in%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_water
1632 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_acid = colvar_in%acid_hyd_shell_param%n_oxygens_acid
1633 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%nc = colvar_in%acid_hyd_shell_param%nc
1634 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%nh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%nh
1635 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%pwoh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%pwoh
1636 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%qwoh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%qwoh
1637 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%paoh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%paoh
1638 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%qaoh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%qaoh
1639 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%poo = colvar_in%acid_hyd_shell_param%poo
1640 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%qoo = colvar_in%acid_hyd_shell_param%qoo
1641 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%pm = colvar_in%acid_hyd_shell_param%pm
1642 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%qm = colvar_in%acid_hyd_shell_param%qm
1643 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%pcut = colvar_in%acid_hyd_shell_param%pcut
1644 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%qcut = colvar_in%acid_hyd_shell_param%qcut
1645 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%rwoh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%rwoh
1646 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%raoh = colvar_in%acid_hyd_shell_param%raoh
1647 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%roo = colvar_in%acid_hyd_shell_param%roo
1648 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%lambda = colvar_in%acid_hyd_shell_param%lambda
1649 0 : ndim = SIZE(colvar_in%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_water)
1650 0 : ALLOCATE (colvar_out%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_water(ndim))
1651 0 : ndim = SIZE(colvar_in%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_acid)
1652 0 : ALLOCATE (colvar_out%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_acid(ndim))
1653 0 : ndim = SIZE(colvar_in%acid_hyd_shell_param%i_hydrogens)
1654 0 : ALLOCATE (colvar_out%acid_hyd_shell_param%i_hydrogens(ndim))
1655 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_water = colvar_in%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_water + my_offset
1656 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_acid = colvar_in%acid_hyd_shell_param%i_oxygens_acid + my_offset
1657 0 : colvar_out%acid_hyd_shell_param%i_hydrogens = colvar_in%acid_hyd_shell_param%i_hydrogens + my_offset
1658 : CASE (reaction_path_colvar_id, distance_from_path_colvar_id)
1659 6 : colvar_out%reaction_path_param%dist_rmsd = colvar_in%reaction_path_param%dist_rmsd
1660 6 : colvar_out%reaction_path_param%rmsd = colvar_in%reaction_path_param%rmsd
1661 6 : colvar_out%reaction_path_param%nr_frames = colvar_in%reaction_path_param%nr_frames
1662 6 : IF (colvar_in%reaction_path_param%dist_rmsd .OR. colvar_in%reaction_path_param%rmsd) THEN
1663 0 : colvar_out%reaction_path_param%align_frames = colvar_in%reaction_path_param%align_frames
1664 0 : colvar_out%reaction_path_param%subset = colvar_in%reaction_path_param%subset
1665 0 : ndim = SIZE(colvar_in%reaction_path_param%i_rmsd)
1666 0 : ALLOCATE (colvar_out%reaction_path_param%i_rmsd(ndim))
1667 0 : colvar_out%reaction_path_param%i_rmsd = colvar_in%reaction_path_param%i_rmsd
1668 0 : ndim = SIZE(colvar_in%reaction_path_param%r_ref, 1)
1669 0 : ndim2 = SIZE(colvar_in%reaction_path_param%r_ref, 2)
1670 0 : ALLOCATE (colvar_out%reaction_path_param%r_ref(ndim, ndim2))
1671 0 : colvar_out%reaction_path_param%r_ref = colvar_in%reaction_path_param%r_ref
1672 : ELSE
1673 6 : ndim = SIZE(colvar_in%reaction_path_param%colvar_p)
1674 30 : ALLOCATE (colvar_out%reaction_path_param%colvar_p(ndim))
1675 18 : DO i = 1, ndim
1676 : CALL colvar_clone(colvar_out%reaction_path_param%colvar_p(i)%colvar, &
1677 : colvar_in%reaction_path_param%colvar_p(i)%colvar, &
1678 18 : my_offset)
1679 : END DO
1680 18 : colvar_out%reaction_path_param%function_bounds = colvar_in%reaction_path_param%function_bounds
1681 6 : ndim = SIZE(colvar_in%reaction_path_param%f_vals, 1)
1682 6 : ndim2 = SIZE(colvar_in%reaction_path_param%f_vals, 2)
1683 24 : ALLOCATE (colvar_out%reaction_path_param%f_vals(ndim, ndim2))
1684 70224 : colvar_out%reaction_path_param%f_vals = colvar_in%reaction_path_param%f_vals
1685 : END IF
1686 6 : colvar_out%reaction_path_param%step_size = colvar_in%reaction_path_param%step_size
1687 6 : colvar_out%reaction_path_param%n_components = colvar_in%reaction_path_param%n_components
1688 6 : colvar_out%reaction_path_param%lambda = colvar_in%reaction_path_param%lambda
1689 : CASE (combine_colvar_id)
1690 8 : ndim = SIZE(colvar_in%combine_cvs_param%colvar_p)
1691 40 : ALLOCATE (colvar_out%combine_cvs_param%colvar_p(ndim))
1692 24 : DO i = 1, ndim
1693 : CALL colvar_clone(colvar_out%combine_cvs_param%colvar_p(i)%colvar, &
1694 : colvar_in%combine_cvs_param%colvar_p(i)%colvar, &
1695 24 : my_offset)
1696 : END DO
1697 8 : colvar_out%combine_cvs_param%lerr = colvar_in%combine_cvs_param%lerr
1698 8 : colvar_out%combine_cvs_param%dx = colvar_in%combine_cvs_param%dx
1699 8 : colvar_out%combine_cvs_param%function = colvar_in%combine_cvs_param%function
1700 : !
1701 8 : ndim = SIZE(colvar_in%combine_cvs_param%c_parameters)
1702 24 : ALLOCATE (colvar_out%combine_cvs_param%c_parameters(ndim))
1703 16 : colvar_out%combine_cvs_param%c_parameters = colvar_in%combine_cvs_param%c_parameters
1704 : !
1705 8 : ndim = SIZE(colvar_in%combine_cvs_param%v_parameters)
1706 24 : ALLOCATE (colvar_out%combine_cvs_param%v_parameters(ndim))
1707 16 : colvar_out%combine_cvs_param%v_parameters = colvar_in%combine_cvs_param%v_parameters
1708 : !
1709 8 : ndim = SIZE(colvar_in%combine_cvs_param%variables)
1710 24 : ALLOCATE (colvar_out%combine_cvs_param%variables(ndim))
1711 24 : colvar_out%combine_cvs_param%variables = colvar_in%combine_cvs_param%variables
1712 : CASE (rmsd_colvar_id)
1713 0 : colvar_out%rmsd_param%n_atoms = colvar_in%rmsd_param%n_atoms
1714 0 : colvar_out%rmsd_param%align_frames = colvar_in%rmsd_param%align_frames
1715 0 : colvar_out%rmsd_param%nr_frames = colvar_in%rmsd_param%nr_frames
1716 0 : colvar_out%rmsd_param%subset = colvar_in%rmsd_param%subset
1717 : ! INDEX
1718 0 : ndim = SIZE(colvar_in%rmsd_param%i_rmsd)
1719 0 : ALLOCATE (colvar_out%rmsd_param%i_rmsd(ndim))
1720 0 : colvar_out%rmsd_param%i_rmsd = colvar_in%rmsd_param%i_rmsd + my_offset
1721 : ! A and Bconfigurations and weights
1722 0 : ndim = SIZE(colvar_in%rmsd_param%weights)
1723 0 : ALLOCATE (colvar_out%rmsd_param%weights(ndim))
1724 0 : colvar_out%rmsd_param%weights = colvar_in%rmsd_param%weights
1725 0 : ndim = SIZE(colvar_in%rmsd_param%r_ref, 1)
1726 0 : ndim2 = SIZE(colvar_in%rmsd_param%r_ref, 2)
1727 0 : ALLOCATE (colvar_out%rmsd_param%r_ref(ndim, ndim2))
1728 0 : colvar_out%rmsd_param%r_ref = colvar_in%rmsd_param%r_ref
1729 : CASE (Wc_colvar_id)
1730 0 : colvar_out%Wc%ids = colvar_in%Wc%ids + my_offset
1731 0 : colvar_out%Wc%rcut = colvar_in%Wc%rcut
1732 : CASE (HBP_colvar_id)
1733 0 : ndim = colvar_out%HBP%nPoints
1734 0 : ALLOCATE (colvar_out%HBP%ids(ndim, 3))
1735 0 : ALLOCATE (colvar_out%HBP%ewc(ndim))
1736 0 : colvar_out%HBP%ids = colvar_in%HBP%ids + my_offset
1737 0 : colvar_out%HBP%ewc = colvar_in%HBP%ewc + my_offset
1738 0 : colvar_out%HBP%nPoints = colvar_in%HBP%nPoints
1739 0 : colvar_out%HBP%rcut = colvar_in%HBP%rcut
1740 0 : colvar_out%HBP%shift = colvar_in%HBP%shift
1741 : CASE (ring_puckering_colvar_id)
1742 0 : ndim = colvar_in%ring_puckering_param%nring
1743 0 : colvar_out%ring_puckering_param%nring = colvar_in%ring_puckering_param%nring
1744 0 : colvar_out%ring_puckering_param%iq = colvar_in%ring_puckering_param%iq
1745 0 : ALLOCATE (colvar_out%ring_puckering_param%atoms(ndim))
1746 0 : colvar_out%ring_puckering_param%atoms = colvar_in%ring_puckering_param%atoms + my_offset
1747 : CASE (mindist_colvar_id)
1748 0 : colvar_out%mindist_param%n_dist_from = colvar_in%mindist_param%n_dist_from
1749 0 : colvar_out%mindist_param%n_coord_to = colvar_in%mindist_param%n_coord_to
1750 0 : colvar_out%mindist_param%n_coord_from = colvar_in%mindist_param%n_coord_from
1751 0 : colvar_out%mindist_param%p_exp = colvar_in%mindist_param%p_exp
1752 0 : colvar_out%mindist_param%q_exp = colvar_in%mindist_param%q_exp
1753 0 : colvar_out%mindist_param%r_cut = colvar_in%mindist_param%r_cut
1754 0 : colvar_out%mindist_param%lambda = colvar_in%mindist_param%lambda
1755 0 : colvar_out%mindist_param%use_kinds_from = colvar_in%mindist_param%use_kinds_from
1756 0 : colvar_out%mindist_param%use_kinds_to = colvar_in%mindist_param%use_kinds_to
1757 : ! INDEX
1758 0 : ndim = SIZE(colvar_in%mindist_param%i_dist_from)
1759 0 : ALLOCATE (colvar_out%mindist_param%i_dist_from(ndim))
1760 0 : colvar_out%mindist_param%i_dist_from = colvar_in%mindist_param%i_dist_from + my_offset
1761 0 : IF (colvar_in%mindist_param%use_kinds_from) THEN
1762 : ! KINDS
1763 0 : ndim = SIZE(colvar_in%mindist_param%k_coord_from)
1764 0 : ALLOCATE (colvar_out%mindist_param%k_coord_from(ndim))
1765 0 : colvar_out%mindist_param%k_coord_from = colvar_in%mindist_param%k_coord_from
1766 : ELSE
1767 : ! INDEX
1768 0 : ndim = SIZE(colvar_in%mindist_param%i_coord_from)
1769 0 : ALLOCATE (colvar_out%mindist_param%i_coord_from(ndim))
1770 0 : colvar_out%mindist_param%i_coord_from = colvar_in%mindist_param%i_coord_from + my_offset
1771 : END IF
1772 4992 : IF (colvar_in%mindist_param%use_kinds_to) THEN
1773 : ! KINDS
1774 0 : ndim = SIZE(colvar_in%mindist_param%k_coord_to)
1775 0 : ALLOCATE (colvar_out%mindist_param%k_coord_to(ndim))
1776 0 : colvar_out%mindist_param%k_coord_to = colvar_in%mindist_param%k_coord_to
1777 : ELSE
1778 : ! INDEX
1779 0 : ndim = SIZE(colvar_in%mindist_param%i_coord_to)
1780 0 : ALLOCATE (colvar_out%mindist_param%i_coord_to(ndim))
1781 0 : colvar_out%mindist_param%i_coord_to = colvar_in%mindist_param%i_coord_to + my_offset
1782 : END IF
1783 :
1784 : END SELECT
1785 4992 : CALL colvar_setup(colvar_out)
1786 4992 : END SUBROUTINE colvar_clone
1787 :
1788 : ! **************************************************************************************************
1789 : !> \brief Clone points type of a colvar type
1790 : !> \param colvar_out ...
1791 : !> \param colvar_in the colvar to deallocate
1792 : !> \param offset ...
1793 : !> \author Teodoro Laino [tlaino] 03.2007
1794 : ! **************************************************************************************************
1795 4992 : SUBROUTINE colvar_clone_points(colvar_out, colvar_in, offset)
1796 : TYPE(colvar_type), INTENT(INOUT) :: colvar_out
1797 : TYPE(colvar_type), INTENT(IN) :: colvar_in
1798 : INTEGER, INTENT(IN) :: offset
1799 :
1800 : INTEGER :: i, natoms, npoints
1801 :
1802 4992 : colvar_out%use_points = colvar_in%use_points
1803 4992 : IF (colvar_in%use_points) THEN
1804 74 : CPASSERT(ASSOCIATED(colvar_in%points))
1805 74 : npoints = SIZE(colvar_in%points)
1806 634 : ALLOCATE (colvar_out%points(npoints))
1807 264 : DO i = 1, npoints
1808 190 : IF (ASSOCIATED(colvar_in%points(i)%atoms)) THEN
1809 182 : natoms = SIZE(colvar_in%points(i)%atoms)
1810 546 : ALLOCATE (colvar_out%points(i)%atoms(natoms))
1811 444 : colvar_out%points(i)%atoms = colvar_in%points(i)%atoms + offset
1812 : ELSE
1813 8 : NULLIFY (colvar_out%points(i)%atoms)
1814 : END IF
1815 190 : IF (ASSOCIATED(colvar_in%points(i)%weights)) THEN
1816 182 : natoms = SIZE(colvar_in%points(i)%weights)
1817 546 : ALLOCATE (colvar_out%points(i)%weights(natoms))
1818 444 : colvar_out%points(i)%weights = colvar_in%points(i)%weights
1819 : ELSE
1820 8 : NULLIFY (colvar_out%points(i)%weights)
1821 : END IF
1822 190 : colvar_out%points(i)%type_id = colvar_in%points(i)%type_id
1823 834 : colvar_out%points(i)%r = colvar_in%points(i)%r
1824 : END DO
1825 : ELSE
1826 4918 : NULLIFY (colvar_out%points)
1827 : END IF
1828 :
1829 4992 : END SUBROUTINE colvar_clone_points
1830 :
1831 : ! **************************************************************************************************
1832 : !> \brief Change the dimension of a colvar_p_type
1833 : !> \param colvar_set ...
1834 : !> \param lb1_new ...
1835 : !> \param ub1_new ...
1836 : !> \author Teodoro Laino [tlaino] 04.2006
1837 : ! **************************************************************************************************
1838 16 : SUBROUTINE colvar_p_reallocate(colvar_set, lb1_new, ub1_new)
1839 : TYPE(colvar_p_type), DIMENSION(:), POINTER :: colvar_set
1840 : INTEGER, INTENT(IN) :: lb1_new, ub1_new
1841 :
1842 : INTEGER :: j, lb1, lb1_old, ub1, ub1_old
1843 16 : TYPE(colvar_p_type), DIMENSION(:), POINTER :: work
1844 :
1845 16 : NULLIFY (work)
1846 16 : IF (ASSOCIATED(colvar_set)) THEN
1847 0 : lb1_old = LBOUND(colvar_set, 1)
1848 0 : ub1_old = UBOUND(colvar_set, 1)
1849 0 : lb1 = MAX(lb1_new, lb1_old)
1850 0 : ub1 = MIN(ub1_new, ub1_old)
1851 0 : ALLOCATE (work(lb1:ub1))
1852 0 : DO j = lb1, ub1
1853 0 : CALL colvar_clone(work(j)%colvar, colvar_set(j)%colvar)
1854 : END DO
1855 0 : DO j = lb1, ub1
1856 0 : CALL colvar_release(colvar_set(j)%colvar)
1857 : END DO
1858 0 : DEALLOCATE (colvar_set)
1859 : END IF
1860 :
1861 228 : ALLOCATE (colvar_set(lb1_new:ub1_new))
1862 :
1863 16 : IF (ASSOCIATED(work)) THEN
1864 0 : lb1 = MAX(lb1_new, lb1_old)
1865 0 : ub1 = MIN(ub1_new, ub1_old)
1866 0 : DO j = lb1, ub1
1867 0 : CALL colvar_clone(colvar_set(j)%colvar, work(j)%colvar)
1868 : END DO
1869 0 : DO j = lb1, ub1
1870 0 : CALL colvar_release(work(j)%colvar)
1871 : END DO
1872 0 : DEALLOCATE (work)
1873 : END IF
1874 16 : END SUBROUTINE colvar_p_reallocate
1875 :
1876 : ! **************************************************************************************************
1877 : !> \brief Deallocate a set of colvar_p_type
1878 : !> \param colvar_p ...
1879 : !> \par History
1880 : !> 07.2003 created [fawzi]
1881 : !> 01.2014 moved from cp_subsys_release() into separate routine.
1882 : !> \author Ole Schuett
1883 : ! **************************************************************************************************
1884 11880 : SUBROUTINE colvar_p_release(colvar_p)
1885 : TYPE(colvar_p_type), DIMENSION(:), POINTER :: colvar_p
1886 :
1887 : INTEGER :: i
1888 :
1889 : ! Colvar info
1890 :
1891 11880 : IF (ASSOCIATED(colvar_p)) THEN
1892 11797 : DO i = 1, SIZE(colvar_p)
1893 11797 : IF (ASSOCIATED(colvar_p(i)%colvar)) THEN
1894 474 : CALL colvar_release(colvar_p(i)%colvar)
1895 : END IF
1896 : END DO
1897 11323 : DEALLOCATE (colvar_p)
1898 : END IF
1899 11880 : END SUBROUTINE colvar_p_release
1900 :
1901 : ! **************************************************************************************************
1902 : !> \brief Evaluate the position of the geometrical point
1903 : !> \param point ...
1904 : !> \param particles ...
1905 : !> \param r ...
1906 : !> \author Teodoro Laino - 03.2007
1907 : ! **************************************************************************************************
1908 8644 : SUBROUTINE eval_point_pos(point, particles, r)
1909 : TYPE(point_type), INTENT(IN) :: point
1910 : TYPE(particle_type), DIMENSION(:), INTENT(IN) :: particles
1911 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(3), INTENT(OUT) :: r
1912 :
1913 : INTEGER :: i
1914 :
1915 17186 : SELECT CASE (point%type_id)
1916 : CASE (do_clv_geo_center)
1917 8542 : r = 0.0_dp
1918 18088 : DO i = 1, SIZE(point%atoms)
1919 46726 : r = r + particles(point%atoms(i))%r*point%weights(i)
1920 : END DO
1921 : CASE (do_clv_fix_point)
1922 9052 : r = point%r
1923 : END SELECT
1924 :
1925 8644 : END SUBROUTINE eval_point_pos
1926 :
1927 : ! **************************************************************************************************
1928 : !> \brief ...
1929 : !> \param point ...
1930 : !> \param particles ...
1931 : !> \param m ...
1932 : ! **************************************************************************************************
1933 0 : SUBROUTINE eval_point_mass(point, particles, m)
1934 : TYPE(point_type), INTENT(IN) :: point
1935 : TYPE(particle_type), DIMENSION(:), INTENT(IN) :: particles
1936 : REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: m
1937 :
1938 : INTEGER :: i
1939 :
1940 0 : SELECT CASE (point%type_id)
1941 : CASE (do_clv_geo_center)
1942 0 : m = 0.0_dp
1943 0 : DO i = 1, SIZE(point%atoms)
1944 0 : m = m + particles(point%atoms(i))%atomic_kind%mass*point%weights(i)
1945 : END DO
1946 : CASE (do_clv_fix_point)
1947 0 : m = 0.0_dp
1948 : END SELECT
1949 :
1950 0 : END SUBROUTINE eval_point_mass
1951 :
1952 : ! **************************************************************************************************
1953 : !> \brief Evaluate the position of the geometrical point
1954 : !> \param points ...
1955 : !> \param i ...
1956 : !> \param dsdr ...
1957 : !> \param f ...
1958 : !> \author Teodoro Laino - 03.2007
1959 : ! **************************************************************************************************
1960 8664 : SUBROUTINE eval_point_der(points, i, dsdr, f)
1961 : TYPE(point_type), DIMENSION(:), INTENT(IN) :: points
1962 : INTEGER, INTENT(IN) :: i
1963 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(:, :), INTENT(INOUT) :: dsdr
1964 : REAL(KIND=dp), DIMENSION(3), INTENT(IN) :: f
1965 :
1966 : INTEGER :: ind, j
1967 : REAL(KIND=dp) :: fac
1968 :
1969 8664 : SELECT CASE (points(i)%type_id)
1970 : CASE (do_clv_geo_center)
1971 : ind = 0
1972 17054 : DO j = 1, i - 1
1973 17054 : IF (ASSOCIATED(points(j)%atoms)) THEN
1974 8492 : ind = ind + SIZE(points(j)%atoms)
1975 : END IF
1976 : END DO
1977 26792 : DO j = 1, SIZE(points(i)%atoms)
1978 9566 : fac = points(i)%weights(j)
1979 46826 : dsdr(:, ind + j) = dsdr(:, ind + j) + f*fac
1980 : END DO
1981 : CASE (do_clv_fix_point)
1982 : ! Do nothing if it's a fixed point in space
1983 : END SELECT
1984 :
1985 8664 : END SUBROUTINE eval_point_der
1986 :
1987 : ! **************************************************************************************************
1988 : !> \brief subtract b from the ss value of a colvar: general function for handling
1989 : !> periodic/non-periodic colvar
1990 : !> \param colvar ...
1991 : !> \param b ...
1992 : !> \return ...
1993 : !> \author Teodoro Laino [tlaino] - University of Zurich 10.2008
1994 : ! **************************************************************************************************
1995 366777 : FUNCTION diff_colvar(colvar, b) RESULT(diff)
1996 : TYPE(colvar_type), INTENT(IN) :: colvar
1997 : REAL(KIND=dp), INTENT(IN) :: b
1998 : REAL(KIND=dp) :: diff
1999 :
2000 366777 : diff = colvar%ss - b
2001 366777 : IF (colvar%type_id == torsion_colvar_id) THEN
2002 : ! The difference of a periodic COLVAR is always within [-pi,pi]
2003 1584 : diff = SIGN(1.0_dp, ASIN(SIN(diff)))*ACOS(COS(diff))
2004 : END IF
2005 366777 : END FUNCTION diff_colvar
2006 :
2007 0 : END MODULE colvar_types
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