CP2K Open Source Molecular Dynamics

User Tools

Site Tools

Trace:
exercises:2017_ethz_mmm:qmmm

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Next revisionBoth sides next revision
exercises:2017_ethz_mmm:qmmm [2017/06/02 02:26] – dpasseroneexercises:2017_ethz_mmm:qmmm [2017/06/02 02:28] – dpasserone
Line 1: Line 1:
-====== Validation of a KCl QMMM model (exercise by Matthew Watkins, University college, London) ====== +====== Validation of a KCl QMMM model ====== 
-In this exercise you will compute the adsorption energy of acetylene on a intermetallic catalyst.  +=== (exercise by Matthew Watkins, University college, London) === 
-This process is important during the production of polyethylene, and the system is described in this paper: [[doi>10.1021%2Fja505936b]].+In this exercise you will validate the mixed quamtum/classical model for a KCl slab.  
 +Hte : [[doi>10.1021%2Fja505936b]].
  
 <note tip>  <note tip> 
Line 81: Line 82:
 </note> </note>
  
 +<code cp2k input.inp>
 +@SET METHOD = QMMM # FIST all classical treatment # QS all quantum treatment
 +
 +&GLOBAL
 +  FLUSH_SHOULD_FLUSH
 +  PRINT_LEVEL LOW
 +  PROJECT KCl
 +  RUN_TYPE GEO_OPT
 +&END GLOBAL
  
-<code - S_M.inp> 
 &FORCE_EVAL &FORCE_EVAL
-  METHOD Quickstep+  METHOD $METHOD 
 +  @include QS.inc 
 +  @include MM.inc 
 +  &QMMM 
 +    #this defines the QS cell in the QMMM calc 
 +    &CELL 
 +      ABC 12.6 15.0 12.6 
 +      PERIODIC XZ 
 +    &END CELL 
 +    ECOUPL GAUSS # use GEEP method 
 +    NOCOMPATIBILITY 
 +    USE_GEEP_LIB 6  # use GEEP method 
 +    &PERIODIC # apply periodic potential 
 +      #in this case QM box = MM box in XZ so turn 
 +      #off coupling/recoupling of the QM multipole 
 +      &MULTIPOLE OFF 
 +      &END 
 +    &END PERIODIC 
 +    #these are just the ionic radii of K Cl 
 +    #but should be treated as parameters in general 
 +    #fit to some physical property 
 +    &MM_KIND K 
 +      RADIUS 1.52 
 +    &END MM_KIND 
 +    &MM_KIND Cl 
 +      RADIUS 1.67 
 +    &END MM_KIND 
 +    #define the model 
 +    &QM_KIND K 
 +      MM_INDEX 25..32 41..48 
 +    &END QM_KIND 
 +        &MM_KIND Cl 
 +      RADIUS 1.67 
 +    &END MM_KIND 
 +    #define the model 
 +    &QM_KIND K 
 +      MM_INDEX 25..32 41..48 
 +    &END QM_KIND 
 +    &QM_KIND Cl 
 +      MM_INDEX 17..24 33..40 
 +    &END QM_KIND 
 +  &END QMMM 
 + 
 +  &SUBSYS 
 +    #this defines the cell of the whole system 
 +    #must be orthorhombic, I think 
 +    &CELL 
 +      ABC 12.6 100.0 12.6 
 +    &END CELL 
 +    &TOPOLOGY 
 +      COORD_FILE_NAME kcl.xyz 
 +      COORD_FILE_FORMAT XYZ 
 +      &GENERATE 
 +         &ISOLATED_ATOMS 
 +         #ignores bonds dihedrals etc in classical part 
 +            LIST 1..48 
 +         &END 
 +      &END 
 +    &END 
 +    &KIND K 
 +      ELEMENT K 
 +      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH 
 +      POTENTIAL GTH-PBE-q9 
 +    &END KIND 
 +    &KIND Cl 
 +      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH 
 +      POTENTIAL GTH-PBE-q7 
 +    &END 
 +  &END SUBSYS 
 +&END FORCE_EVAL 
 + 
 +#should be able to use most motion sections 
 +#analytic stress tensor not available, I think 
 +@include motion.inc 
 +</code> 
 + 
 +and includes as separate files, using the @include macro, for the QS, MM and motion sections 
 + 
 +<code cp2k QS.inc>
   &DFT   &DFT
-  &PRINT +    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT 
-    &E_DENSITY_CUBE +    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS 
-    &END E_DENSITY_CUBE +    &MGRID 
-  &END +      COMMENSURATE 
-    BASIS_SET_FILE_NAME ./BR +      CUTOFF 150 
-    POTENTIAL_FILE_NAME ./GR+    &END MGRID
     &QS     &QS
-      EPS_DEFAULT 1.0E-10 +      EPS_DEFAULT 1.0E-12
-      METHOD GPW +
-      EXTRAPOLATION ASPC +
-      EXTRAPOLATION_ORDER 3+
     &END QS     &END QS
-    &MGRID 
-      CUTOFF 400 
-      NGRIDS 5 
-    &END 
     &SCF     &SCF
-      MAX_SCF 20+      EPS_SCF 1.0E-06 
 +      MAX_SCF 26
       SCF_GUESS RESTART       SCF_GUESS RESTART
-      EPS_SCF 1.0E-5 
       &OT       &OT
-        PRECONDITIONER  FULL_SINGLE_INVERSE +        MINIMIZER CG 
-        MINIMIZER  CG +        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE 
-      &END+        ENERGY_GAP 0.001 
 +      &END OT
       &OUTER_SCF       &OUTER_SCF
-        MAX_SCF 50 +        EPS_SCF 1.0E-05 
-        EPS_SCF 1.0E-5 +      &END OUTER_SCF
-      &END +
-      &PRINT +
-        &RESTART +
-          &EACH +
-            GEO_OPT 2 +
-          &END +
-          ADD_LAST NUMERIC +
-          FILENAME RESTART +
-        &END +
-        &RESTART_HISTORY OFF +
-        &END +
-      &END+
     &END SCF     &END SCF
     &XC     &XC
Line 130: Line 199:
       &END XC_FUNCTIONAL       &END XC_FUNCTIONAL
     &END XC     &END XC
 +    &PRINT
 +       &MO_CUBES
 +           NLUMO 10
 +           WRITE_CUBE T
 +       &END MO_CUBES
 +       &V_HARTREE_CUBE
 +           STRIDE 2 2 2
 +       &END
 +    &END PRINT
   &END DFT   &END DFT
-  &SUBSYS 
-    &CELL 
-A [angstrom] 14.08557 0 0 
-B [angstrom] 0 12.1985 0 
-C [angstrom] 0.000000      0.000000    15.0 
-    &END CELL 
-    &TOPOLOGY 
-     COORD_FILE_NAME ./S_M.opt.xyz 
-     COORDINATE xyz 
-    &END 
-    &KIND Pd 
-      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q18 
-      POTENTIAL GTH-PBE-q18 
-    &END KIND 
-    &KIND Ga 
-      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q13 
-      POTENTIAL GTH-PBE-q13 
-    &END KIND 
-    &KIND C 
-      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH 
-      POTENTIAL GTH-PBE-q4 
-    &END KIND 
-    &KIND H 
-      BASIS_SET TZV2P-MOLOPT-GTH 
-      POTENTIAL GTH-PBE-q1 
-    &END KIND 
-  &END SUBSYS 
-&END FORCE_EVAL 
-&GLOBAL 
-  PRINT_LEVEL LOW 
-  PROJECT S_M 
-  RUN_TYPE ENERGY 
-&END GLOBAL               
-</code>  
-<!-- 
-<code - POTENTIALS> 
-################################################################################ 
-# 
-# Potential data base file for CP2K (Quickstep) 
-# 
-################################################################################ 
-# ----------------------------------------------------- 
-# 
-# Literature: - S. Goedecker, M. Teter, and J. Hutter, 
-#               Phys. Rev. B 54, 1703 (1996) 
-#             - C. Hartwigsen, S. Goedecker, and J. Hutter, 
-#               Phys. Rev. B 58, 3641 (1998) 
-#             - M. Krack, 
-#               Theor. Chem. Acc. 114, 145 (2005) 
-# 
-# Potential for the PBE functional 
-# 
-################################################################################ 
-# 
-H GTH-PBE-q1 
-    1 
-     0.20000000    2    -4.17890044     0.72446331 
-    0 
-# 
-C GTH-PBE-q4 
-    2    2 
-     0.33847124    2    -8.80367398     1.33921085 
-    2 
-     0.30257575    1     9.62248665 
-     0.29150694    0 
-# 
-O GTH-PBE-q6 
-    2    4 
-     0.24455430    2   -16.66721480     2.48731132 
-    2 
-     0.22095592    1    18.33745811 
-     0.21133247    0 
-# 
-Ti GTH-PBE-q12 
-    4    6    2 
-     0.38000000    2     8.71144218    -0.70028677 
-    3 
-     0.33777078    2     2.57526386     3.69297065 
-                                       -4.76760461 
-     0.24253135    2    -4.63054123     8.87087502 
-                                      -10.49616087 
-     0.24331694    1    -9.40665268 
- 
 </code> </code>
  
-<code - BASIS_SETS> +<code cp2k MM.inc> 
-######################################################################### +  &MM 
-# +    &FORCEFIELD 
-# This is a library of molecularly optimised basis functions as described in the paper: +      &CHARGE 
-# +         ATOM K 
-# Gaussian basis sets for accurate calculations on molecular systems +         CHARGE 1.0 
-# in gas and condensed phases +      &END CHARGE 
-# +      &CHARGE 
-# Joost VandeVondele and Juerg Hutter +         ATOM Cl 
-# J. Chem. Phys. 127, 114105 (2007) +         CHARGE -1.0 
-# +      &END CHARGE 
-# URL: http://link.aip.org/link/?JCP/127/114105 +      &NONBONDED 
-# DOI: 10.1063/1.2770708 +        &WILLIAMS 
-# +          atoms K   Cl 
-########################################### +          A [eV] 4117.9 
- H  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q1 +          B [angstrom^-1] 3.2808 
- 1 +          C [eV*angstrom^6] 0.0 
- 2 0 1 7 2 1 +          RCUT [angstrom] 3.0 
-     11.478000339908  0.024916243200 -0.012512421400  0.024510918200 +        &END WILLIAMS 
-      3.700758562763  0.079825490000 -0.056449071100  0.058140794100 +        &WILLIAMS 
-      1.446884268432  0.128862675300  0.011242684700  0.444709498500 +          atoms Cl  Cl 
-      0.716814589696  0.379448894600 -0.418587548300  0.646207973100 +          A [eV] 1227.2 
-      0.247918564176  0.324552432600  0.590363216700  0.803385018200 +          B [angstrom^-1] 3.1114 
-      0.066918004004  0.037148121400  0.438703133000  0.892971208700 +          C [eV*angstrom^6] 124.0 
-      0.021708243634 -0.001125195500 -0.059693171300  0.120101316500 +          RCUT [angstrom] 3.0 
- C  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q4 +        &END WILLIAMS 
- 1 +        &WILLIAMS 
- 2 0 2 7 2 2 1 +          atoms K   K 
-      6.132624767898 -0.105576563700  0.024850587600  0.035098108400 -0.056712999000  0.037469425800 +          A [eV] 3796.9 
-      2.625196064782 -0.174866621100  0.147440856000  0.114197930900 -0.076743951500  0.071047574800 +          B [angstrom^-1] 3.84172 
-      1.045456957247  0.064464981400 -0.421418379200  0.215908137300 -0.528056757000  0.619330561200 +          C [eV*angstrom^6] 124.0 
-      0.478316330874  0.830447035300  0.823051336800  0.355929151000  0.394594045700  0.710730857000 +          RCUT [angstrom] 3.0 
-      0.178617414302  0.371911373800  0.184880712100  0.271541842000  0.721247475800  0.389148235000 +        &END WILLIAMS 
-      0.075144725465  0.006174464000 -0.742086051600  0.056256557700  0.733902531700  0.346374124100 +      &END NONBONDED 
-      0.030286753006  0.008966477300  0.083382192000  0.004998059700  0.248172175500 -0.005142430900 +    &END FORCEFIELD 
- O  DZVP-MOLOPT-GTH DZVP-MOLOPT-GTH-q6 +    &POISSON 
- 1 +      &EWALD 
- 2 0 2 7 2 2 1 +        EWALD_TYPE spme 
-     12.015954705512 -0.060190841200  0.065738617900  0.036543638800 -0.034210557400  0.014807054400 +        ALPHA .44 
-      5.108150287385 -0.129597923300  0.110885902200  0.120927648700 -0.120619770900  0.068186159300 +        GMAX  40 
-      2.048398039874  0.118175889400 -0.053732406400  0.251093670300 -0.213719464600  0.290576499200 +      &END EWALD 
-      0.832381575582  0.462964485000 -0.572670666200  0.352639910300 -0.473674858400  1.063344189500 +    &END POISSON 
-      0.352316246455  0.450353782600  0.186760006700  0.294708645200  0.484848376400  0.307656114200 +  &END MM
-      0.142977330880  0.092715833600  0.387201458600  0.173039869300  0.717465919700  0.318346834400 +
-       0.046760918300 -0.000255945800  0.003825849600  0.009726110600  0.032498979400 -0.005771736600 +
- Ti DZVP-MOLOPT-SR-GTH DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12 +
- 1 +
- 2 0 3 6 3 2 2 1 +
-      7.884569925997  0.004750577412 -0.002690702837  0.075105591562 -0.108736525246  0.023185061556  0.052842407451 -0.038307431199 -0.002442658125 +
-      3.894698463070  0.499503858222  0.103956524568  0.048602853477  0.100912855636 -0.027189036213  0.195986532018 -0.076880250937  0.013119020987 +
-      1.513588828959 -0.664995883766 -0.256641947580  0.079732563787  0.527328996047 -0.230044390357  0.330343722079 -0.242486488988 -0.206817889885 +
-      0.596768079836 -0.726044574739 -0.451591547817  1.660896378972  0.468197803110 -0.126795185046  0.396808432313 -0.118369379707 -0.546596492823 +
-      0.222222125842 -0.029011079755  0.165167622946 -2.748651632733  0.077640626075  0.343517279356  0.347092399871  0.038099375809 -0.279145975103 +
-      0.077078461321  0.075171747143  0.993127316430  1.368227638651 -0.007523238420  0.946960702315  0.132320900948  1.046553050597  0.934394052863 +
 </code> </code>
  
-<code - mode1.xyz> +<code cp2k motion.inc> 
-116 +&MOTION 
- +  &GEO_OPT 
-Ti       -0.0179479198       -0.0078042700       -0.0922850421 +     OPTIMIZER LBFGS 
-O         0.4497915479        0.0007412647        1.9321232563 +  &END 
-Ti       -1.4316444492       -0.0089893346        2.8221490912 +  &CONSTRAINT 
-O        -1.7887110897        0.0007867236        0.7998892697 +     &FIXED_ATOMS 
-O        -3.2081345298        0.0411605531        3.6695321087 +     LIST 1..16 
-O        -1.8010755493       -1.8874663742        2.8216777686 +     EXCLUDE_MM .FALSE. 
-Ti       -3.7269830403       -1.9006613639        3.6517557753 +     EXCLUDE_QM .TRUE. 
-O         0.3830863054       -1.8910765741       -0.0700021876 +     &END FIXED_ATOMS 
-Ti        3.7557586944       -1.8917451634        2.9143676586 +  &END CONSTRAINT 
-O         3.3146470921       -0.0011081937        2.8729289358 +&END MOTION
-O        -4.6680663094       -1.8855446073        2.0338712494 +
-O        -5.4086768695       -1.8843459443        4.3991860126 +
-Ti       -0.0282285127       -3.7757033787       -0.0787156736 +
-O         0.4462623263       -3.7813137083        1.9359917441 +
-Ti       -1.3999537875       -3.7707056149        2.8874421519 +
-O        -1.7903153040       -3.7850263943        0.8021001791 +
-O        -3.2390175951       -3.7978185279        3.6716494047 +
-O        -1.7864035184       -5.6734792481        2.8627360747 +
-Ti       -3.7357623244       -5.6788609282        3.4482649850 +
-O         0.3837694100       -5.6723382681       -0.0690470865 +
-Ti        3.7205660980       -5.6668034549        2.9114784222 +
-O         3.3236114384       -3.7787921003        2.8721776992 +
-O        -4.6689995455       -5.6807480198        1.9358553242 +
-O        -5.3525041570       -5.6742752842        4.3359372112 +
-Ti       -0.0314402214        3.7828933451       -0.0777664638 +
-O         0.4518754735        3.7839662632        1.9399715530 +
-Ti       -1.3792280628        3.7857276911        2.9025413153 +
-O        -1.7909627210        3.7866794195        0.8027290293 +
-O        -3.2026665631        3.7827561658        3.7306777258 +
-O        -1.7857471998        1.9013100770        2.8154049594 +
-Ti       -3.7307612355        1.9120465523        3.4387577457 +
-O         0.3836352141        1.8909325251       -0.0691199251 +
-Ti        3.7223424203        1.8887162901        2.9133081650 +
-O         3.3250830331        3.7807500488        2.8687333178 +
-O        -4.6728325926        1.9008997868        1.9326739591 +
-O        -5.3457700344        1.8899459254        4.3344454640 +
-Ti       -1.4852085406       -0.0011927086       -3.7100466053 +
-O        -1.0850586016       -0.0008795951       -1.6147031707 +
-Ti       -2.8526945884       -0.0039467894       -0.7412906371 +
-O        -3.3269327110       -0.0004491456       -2.7420242486 +
-O        -4.7289708978       -0.0017641392       -0.0618098107 +
-O        -3.2591453480       -1.8898583454       -0.7264179834 +
-Ti       -5.1372070666       -1.8918692243       -0.0012386637 +
-O        -1.0878410276       -1.8908975100       -3.6681494905 +
-Ti        2.2953566326       -1.8945802968       -0.7324918911 +
-O         1.8572641703       -0.0016921856       -0.7344045642 +
-O         4.0371444331       -1.8910414726       -1.5881377025 +
-O         3.3210868792       -1.8907741455        0.8191885244 +
-Ti       -1.4878179598       -3.7811586802       -3.7059227721 +
-O        -1.0853532342       -3.7809408508       -1.6116052274 +
-Ti       -2.8450252555       -3.7788195849       -0.7274776599 +
-O        -3.3267379004       -3.7812381637       -2.7423527944 +
-O        -4.7300872942       -3.7790968457       -0.0598090260 +
-O        -3.2604741093       -5.6718710426       -0.7338292499 +
-Ti       -5.1447866872       -5.6729502955       -0.0741564861 +
-O        -1.0884608345       -5.6727912820       -3.6676316873 +
-Ti        2.2684209803       -5.6717142765       -0.7217304029 +
-O         1.8574125893       -3.7804564443       -0.7330818756 +
-O         4.0285990372       -5.6721054737       -1.6077890803 +
-O         3.3201243312       -5.6722897918        0.8087243331 +
-Ti       -1.4884820434        3.7822906244       -3.7073217712 +
-O        -1.0847762013        3.7818636329       -1.6113017246 +
-Ti       -2.8439453199        3.7841411650       -0.7265400935 +
-O        -3.3267270296        3.7819066970       -2.7433025606 +
-O        -4.7312054524        3.7823723470       -0.0697069103 +
-O        -3.2595288817        1.8897668415       -0.7334187674 +
-Ti       -5.1446141745        1.8933189943       -0.0754881482 +
-O        -1.0885182339        1.8906776867       -3.6679434552 +
-Ti        2.2687722606        1.8941648243       -0.7213872473 +
-O         1.8555780589        3.7824519637       -0.7335160805 +
-O         4.0283551896        1.8906904137       -1.6083035670 +
-O         3.3194888527        1.8901215845        0.8082989311 +
-Ti        1.3702533850       -0.0107406935        3.4478828397 +
-O        -2.6375196242       -0.0002691731       -5.1384544425 +
-Ti       -4.2555253076       -0.0004346746       -4.2635860836 +
-O        -0.2706997157       -0.0070914550        4.3327078320 +
-O         4.0252034756       -0.0000815787       -3.6655962284 +
-O        -4.7789243271       -1.8904283625       -4.5262265362 +
-Ti        3.6276350884       -1.8913012322       -3.6941431294 +
-O         1.8693336769       -1.8883429262        3.7243207414 +
-Ti        0.8648978359       -1.8921733057       -4.2643698117 +
-O         0.3356892769       -0.0005951329       -4.5283168344 +
-O         2.4831990038       -1.8910320844       -5.1341360953 +
-O         1.7891597814       -1.8911498456       -2.7417208102 +
-Ti        1.3675607179       -3.7714249561        3.4584460387 +
-O        -2.6361368408       -3.7817733748       -5.1377491017 +
-Ti       -4.2537976019       -3.7816703567       -4.2621660812 +
-O        -0.2527486810       -3.7773208994        4.3296691681 +
-O         4.0251551834       -3.7817133665       -3.6656274881 +
-O        -4.7792586102       -5.6728660382       -4.5273909859 +
-Ti        3.6247553952       -5.6729206250       -3.7048960624 +
-O         1.9006169442       -5.6721819263        3.7282320026 +
-Ti        0.8602204280       -5.6728510136       -4.2616392365 +
-O         0.3358111887       -3.7815283986       -4.5276229355 +
-O         2.4785034911       -5.6729185089       -5.1373985723 +
-O         1.7869078663       -5.6728807589       -2.7423620036 +
-Ti        1.3817457800        3.7823928879        3.4589497419 +
-O        -2.6363646230        3.7820140473       -5.1385122329 +
-Ti       -4.2543090361        3.7822671573       -4.2626609244 +
-O        -0.2374835922        3.7781640807        4.3379058406 +
-O         4.0248222240        3.7818879520       -3.6667895479 +
-O        -4.7794862202        1.8903770813       -4.5277962247 +
-Ti        3.6243254290        1.8913422637       -3.7051707738 +
-O         1.8974839341        1.8882474143        3.7289879155 +
-Ti        0.8600377417        1.8920214690       -4.2620560393 +
-O         0.3346421543        3.7821159876       -4.5275899679 +
-O         2.4782941685        1.8909856222       -5.1376874872 +
-O         1.7866749487        1.8910410218       -2.7427494459 +
-H        -3.2770955004       -2.4268873548        8.1687296457 +
-C        -3.1978647566       -1.3575831172        7.9359146369  +
-H        -4.2239524320       -0.9733256879        7.8414028480 +
-H        -2.6752907472       -0.8249390527        8.7355765151 +
-C        -2.5132448898       -1.1924834089        6.6141051521  +
-O        -2.8755597850       -1.8460118394        5.6163779603 +
-O        -1.5275649623       -0.3212592281        6.6009413157 +
-H        -1.0670534373       -0.2549619720        5.6840567874 +
 </code> </code>
  
-<code - mode2.xyz> +<code xyz kcl.xyz> 
-116+48
  
-Ti        0.0150786099       -0.0030604155       -0.2374201259 +Cl         0.00000       15.00000        0.00000 
-O         0.4515580466       -0.0646282100        1.8001155831 +Cl         3.15000       15.00000        3.15000 
-Ti       -1.5073356783       -0.0021026124        2.5525864818 +Cl         0.00000       15.00000        6.30000 
-O        -1.7759961007       -0.0002275800        0.6680111337 +Cl         3.15000       15.00000        9.45000 
-O        -3.3291162152       -0.0023490698        3.0696212715 +Cl         6.30000       15.00000        0.00000 
-O        -1.7197127142       -1.8809866556        2.8642842575 +Cl         9.45000       15.00000        3.15000 
-Ti       -3.6978004404       -1.8661667177        3.6084326925 +Cl         6.30000       15.00000        6.30000 
-O         0.3785074831       -1.8945596770       -0.1980298452 +Cl         9.45000       15.00000        9.45000 
-Ti        3.7996574045       -1.9219539316        2.8301270999 +K          3.15000       15.00000        0.00000 
-O         3.3305054330       -0.0058364403        2.7942261562 +K          0.00000       15.00000        3.15000 
-O        -4.6900333011       -1.9659285303        1.9448925419 +K          3.15000       15.00000        6.30000 
-O        -5.3925681292       -1.8976344334        4.3248895668 +K          0.00000       15.00000        9.45000 
-Ti       -0.0283064667       -3.7737024590       -0.1507446117 +K          9.45000       15.00000        0.00000 
-O         0.4475870469       -3.7803762159        1.8621586431 +K          6.30000       15.00000        3.15000 
-Ti       -1.3713031978       -3.7725215345        2.8511642577 +K          9.45000       15.00000        6.30000 
-O        -1.7912822225       -3.7729870345        0.7436262925 +K          6.30000       15.00000        9.45000 
-O        -3.1963784791       -3.7804631987        3.6648868231 +Cl         3.15000       18.15000        0.00000 
-O        -1.7705984874       -5.6752809020        2.8039139185 +Cl         0.00000       18.15000        3.15000 
-Ti       -3.7092032911       -5.6725438342        3.3897938268 +Cl         3.15000       18.15000        6.30000 
-O         0.3841910583       -5.6739517448       -0.1381224421 +Cl         0.00000       18.15000        9.45000 
-Ti        3.7513121067       -5.6747221635        2.8551954028 +Cl         9.45000       18.15000        0.00000 
-O         3.3367138059       -3.7840186471        2.8127851513 +Cl         6.30000       18.15000        3.15000 
-O        -4.6560725160       -5.6733549533        1.8776383238 +Cl         9.45000       18.15000        6.30000 
-O        -5.3204369054       -5.6669271369        4.2778026483 +Cl         6.30000       18.15000        9.45000 
-Ti       -0.0266777619        3.7696389407       -0.1491534163 +K          0.00000       18.15000        0.00000 
-O         0.4524897086        3.7857220830        1.8631418152 +K          3.15000       18.15000        3.15000 
-Ti       -1.3730627656        3.7742135603        2.8371003388 +K          0.00000       18.15000        6.30000 
-O        -1.7905256319        3.7786525562        0.7422177730 +K          3.15000       18.15000        9.45000 
-O        -3.1948630000        3.7795989881        3.6670918260 +K          6.30000       18.15000        0.00000 
-O        -1.7343662633        1.8899845272        2.8090040137 +K          9.45000       18.15000        3.15000 
-Ti       -3.6974632076        1.8668219133        3.5884163764 +K          6.30000       18.15000        6.30000 
-O         0.3822543310        1.8874843004       -0.1432095900 +K          9.45000       18.15000        9.45000 
-Ti        3.7864567490        1.9054527096        2.8508016360 +Cl         0.00000       21.30000        0.00000 
-O         3.3675002865        3.7799021368        2.8626057027 +Cl         3.15000       21.30000        3.15000 
-O        -4.6840457398        1.9746044749        1.9466850498 +Cl         0.00000       21.30000        6.30000 
-O        -5.3729095331        1.8414022655        4.3320391075 +Cl         3.15000       21.30000        9.45000 
-Ti       -1.5079668291       -0.0008456767       -3.7989215478 +Cl         6.30000       21.30000        0.00000 
-O        -1.0951317039        0.0022938033       -1.7345576883 +Cl         9.45000       21.30000        3.15000 
-Ti       -2.8929121223       -0.0000735048       -0.8782772455 +Cl         6.30000       21.30000        6.30000 
-O        -3.3736661811        0.0005357865       -2.8128806833 +Cl         9.45000       21.30000        9.45000 
-O        -4.7193863680        0.0001570116       -0.0748056115 +K          3.15000       21.30000        0.00000 
-O        -3.2632860440       -1.8860154449       -0.7956216654 +K          0.00000       21.30000        3.15000 
-Ti       -5.1307996411       -1.8978086035       -0.0398179095 +K          3.15000       21.30000        6.30000 
-O        -1.1320787396       -1.8909803808       -3.7440163178 +K          0.00000       21.30000        9.45000 
-Ti        2.3133857413       -1.9061341614       -0.8099170994 +K          9.45000       21.30000        0.00000 
-O         1.8786839357        0.0011314062       -0.8069543100 +K          6.30000       21.30000        3.15000 
-O         4.0385009963       -1.8895616393       -1.6570045786 +K          9.45000       21.30000        6.30000 
-O         3.3115055560       -1.8920970172        0.7501369741 +K          6.30000       21.30000        9.45000
-Ti       -1.5256127358       -3.7819843403       -3.7701763163 +
-O        -1.0940683369       -3.7869847697       -1.6789541127 +
-Ti       -2.8425313294       -3.7819322313       -0.7839726892 +
-O        -3.3422315516       -3.7760564219       -2.8030699366 +
-O        -4.7315665522       -3.7831312336       -0.1321164185 +
-O        -3.2580399316       -5.6728032840       -0.7985618810 +
-Ti       -5.1462151180       -5.6726106968       -0.1400092932 +
-O        -1.1340144859       -5.6732616791       -3.7388880843 +
-Ti        2.2670101177       -5.6749205566       -0.7762329495 +
-O         1.8631140907       -3.7853073574       -0.7974118985 +
-O         4.0263575475       -5.6730177766       -1.6715945206 +
-O         3.3250517248       -5.6784227751        0.7515944134 +
-Ti       -1.5248867442        3.7818848512       -3.7712820230 +
-O        -1.0907299886        3.7812336768       -1.6778258037 +
-Ti       -2.8428177895        3.7841675976       -0.7861032158 +
-O        -3.3397902383        3.7762483047       -2.8026235400 +
-O        -4.7304156316        3.7842200412       -0.1318958639 +
-O        -3.2645051173        1.8869138058       -0.7933488063 +
-Ti       -5.1241443302        1.8993249071       -0.0252297449 +
-O        -1.1314283131        1.8906347021       -3.7440419862 +
-Ti        2.3185671036        1.9017475834       -0.7833845676 +
-O         1.8597419566        3.7800089897       -0.7974665372 +
-O         4.0344536794        1.8895028649       -1.6315658326 +
-O         3.3098310076        1.8936248995        0.7823280807 +
-Ti        1.4537853090       -0.0347286638        3.2604875735 +
-O        -2.6845024000        0.0000746592       -5.2147510734 +
-Ti       -4.2967571219        0.0018586454       -4.3442818967 +
-O        -0.2511143909        0.1328085915        4.2720687411 +
-O         3.9819696258        0.0012627538       -3.7355131655 +
-O        -4.8038476957       -1.8889916108       -4.5923792314 +
-Ti        3.5953547314       -1.8907810205       -3.7642624098 +
-O         1.8553660493       -1.8815919187        3.6062633048 +
-Ti        0.8351449362       -1.8959349617       -4.3196742869 +
-O         0.3119042183       -0.0001283684       -4.5915870901 +
-O         2.4377532123       -1.8915585194       -5.2027330310 +
-O         1.7783437087       -1.8888222418       -2.8082665928 +
-Ti        1.3904951140       -3.7857957693        3.3690175525 +
-O        -2.6814201117       -3.7831847959       -5.2025558657 +
-Ti       -4.2854691947       -3.7801054852       -4.3136778334 +
-O        -0.2074321278       -3.7970194791        4.2709539045 +
-O         3.9820256895       -3.7800854351       -3.7356644708 +
-O        -4.7961377238       -5.6736624399       -4.5471769110 +
-Ti        3.5917963887       -5.6730897244       -3.7666434973 +
-O         1.9069112439       -5.6781980199        3.6136248160 +
-Ti        0.8312484616       -5.6732029738       -4.3044789530 +
-O         0.3186267326       -3.7822693739       -4.5479829736 +
-O         2.4335197920       -5.6733247069       -5.1986406627 +
-O         1.7786689446       -5.6734212363       -2.7982114552 +
-Ti        1.3984968329        3.7644681343        3.3685503422 +
-O        -2.6815455972        3.7828337111       -5.2024703087 +
-Ti       -4.2855071694        3.7788568387       -4.3128750844 +
-O        -0.2044150611        3.7319133608        4.2704391005 +
-O         3.9827213914        3.7789077586       -3.7330838039 +
-O        -4.8039829955        1.8898269577       -4.5907748518 +
-Ti        3.5899147654        1.8912350407       -3.7590482617 +
-O         1.8739898095        1.8720733323        3.5992207033 +
-Ti        0.8344557677        1.8954291350       -4.3129140724 +
-O         0.3192643376        3.7819866970       -4.5466934222 +
-O         2.4382493211        1.8919495801       -5.1986096411 +
-O         1.7788752457        1.8885973165       -2.8025129463 +
-H        -1.3211320733       -0.5901398003        7.3622691450 +
-C        -2.2774669737       -0.0487846563        7.3616031246 +
-H        -2.9713818519       -0.6195053843        7.9928436643 +
-H        -2.1415146457        0.9598101494        7.7628564958 +
-C        -2.8081585120       -0.0061954447        5.9550273922 +
-O        -3.0662415287       -1.1345711119        5.4074245732 +
-O        -2.9500441444        1.1398319329        5.4010622063 +
-H        -0.3897742635        1.0153182782        4.6757696096+
 </code> </code>
- 
-<code - relaxed_slab.xyz> 
-108 
- 
-Ti       -0.0196732895        0.0000918380       -0.1416465741 
-O         0.4723754303       -0.0000571398        1.8571329054 
-Ti       -1.3559074694        0.0003150892        2.8298591619 
-O        -1.7917634261        0.0000042454        0.7442319008 
-O        -3.2061730694        0.0000443286        3.6117036980 
-O        -1.7223354624       -1.8909532145        2.7851161998 
-Ti       -3.7072315168       -1.8909277477        3.3703342068 
-O         0.3901175533       -1.8910690189       -0.0994036486 
-Ti        3.7576915752       -1.8911397898        2.8299030461 
-O         3.3911899157       -0.0000297653        2.7851197963 
-O        -4.6411313870       -1.8910064850        1.8571563829 
-O        -5.3047652050       -1.8910036123        4.2598669896 
-Ti       -0.0207144299       -3.7823141879       -0.1416512835 
-O         0.4723696865       -3.7819602214        1.8571632167 
-Ti       -1.3558005079       -3.7816819453        2.8299339589 
-O        -1.7918422000       -3.7820015816        0.7441593253 
-O        -3.2061826485       -3.7819698735        3.6117085462 
-O        -1.7223161680       -5.6729527662        2.7851217809 
-Ti       -3.7072713992       -5.6728628337        3.3703727335 
-O         0.3900935320       -5.6730270615       -0.0995105980 
-Ti        3.7576114879       -5.6731618014        2.8298917840 
-O         3.3911555573       -3.7820325584        2.7851125323 
-O        -4.6411391763       -5.6729793650        1.8571500583 
-O        -5.3047626840       -5.6729983041        4.2598661875 
-Ti       -0.0207062513        3.7820375711       -0.1416644578 
-O         0.4723667071        3.7820212636        1.8571594186 
-Ti       -1.3558175168        3.7823572855        2.8299239946 
-O        -1.7918406363        3.7820160635        0.7441611103 
-O        -3.2061760961        3.7820487555        3.6117151381 
-O        -1.7223390903        1.8910430419        2.7851256747 
-Ti       -3.7072222362        1.8911540810        3.3703550256 
-O         0.3900787901        1.8910478727       -0.0995442876 
-Ti        3.7576703685        1.8908168863        2.8299163973 
-O         3.3911596509        3.7819754093        2.7851182559 
-O        -4.6411291967        1.8910010642        1.8571457837 
-O        -5.3047626859        1.8909942468        4.2598643270 
-Ti       -1.5161932358       -0.0000035504       -3.7515860671 
-O        -1.0530794682        0.0000373091       -1.6689815731 
-Ti       -2.8375929946        0.0000125387       -0.7827105109 
-O        -3.3233955054        0.0000075742       -2.7856149033 
-O        -4.7234020378        0.0000127699       -0.0994911115 
-O        -3.2337827875       -1.8909157918       -0.8262536553 
-Ti       -5.1341235465       -1.8905124453       -0.1416968775 
-O        -1.1292018546       -1.8909984997       -3.7065474973 
-Ti        2.2748016978       -1.8914513528       -0.7826856888 
-O         1.8795957531        0.0000110574       -0.8262556229 
-O         4.0603419699       -1.8909917501       -1.6690496877 
-O         3.3216577066       -1.8910129398        0.7441708384 
-Ti       -1.5162127974       -3.7820082245       -3.7515130590 
-O        -1.0531792321       -3.7820330939       -1.6690695233 
-Ti       -2.8387264069       -3.7816366671       -0.7827254195 
-O        -3.3234176494       -3.7820188222       -2.7855855806 
-O        -4.7234014156       -3.7819208779       -0.0994918740 
-O        -3.2338808261       -5.6729547241       -0.8262577269 
-Ti       -5.1337085619       -5.6728210746       -0.1416253758 
-O        -1.1292133652       -5.6729973337       -3.7065579586 
-Ti        2.2753347025       -5.6730893793       -0.7827232123 
-O         1.8797137276       -3.7820716331       -0.8262204725 
-O         4.0603607770       -5.6729995420       -1.6690205190 
-O         3.3216956874       -5.6729959521        0.7441905856 
-Ti       -1.5161826614        3.7820038515       -3.7514972186 
-O        -1.0531788180        3.7820037637       -1.6690627781 
-Ti       -2.8387418861        3.7820263057       -0.7827288483 
-O        -3.3234140545        3.7820124036       -2.7855756894 
-O        -4.7234083483        3.7819922024       -0.0995146234 
-O        -3.2338028141        1.8909665882       -0.8262616531 
-Ti       -5.1337579488        1.8907071790       -0.1416523764 
-O        -1.1292026624        1.8909963190       -3.7065514064 
-Ti        2.2752985947        1.8913614389       -0.7827305566 
-O         1.8797190226        3.7820105992       -0.8262619610 
-O         4.0603653380        1.8909999509       -1.6690263461 
-O         3.3217002712        1.8910054858        0.7441955377 
-Ti        1.4062179326       -0.0001039492        3.3703877757 
-O        -2.6647908793       -0.0000005289       -5.1851681482 
-Ti       -4.2783192715       -0.0000103698       -4.2957638096 
-O        -0.1912654580       -0.0000031849        4.2598577618 
-O         3.9842928859       -0.0000042475       -3.7065509870 
-O        -4.8135555127       -1.8910056257       -4.5423161488 
-Ti        3.5973231742       -1.8910334733       -3.7514938579 
-O         1.9073102520       -1.8910183747        3.6116941841 
-Ti        0.8351562937       -1.8910134280       -4.2957834807 
-O         0.2999501886        0.0000014389       -4.5423282903 
-O         2.4486923948       -1.8909965776       -5.1851300375 
-O         1.7901009453       -1.8909751422       -2.7855702026 
-Ti        1.4062978231       -3.7820651787        3.3703408897 
-O        -2.6648159269       -3.7820081917       -5.1851412951 
-Ti       -4.2783858420       -3.7820055719       -4.2957974907 
-O        -0.1912655926       -3.7819815684        4.2598700174 
-O         3.9842992272       -3.7820123323       -3.7065446628 
-O        -4.8135568089       -5.6730065260       -4.5423203244 
-Ti        3.5973007930       -5.6730640942       -3.7515344719 
-O         1.9073227407       -5.6730308667        3.6117054398 
-Ti        0.8351415277       -5.6729732703       -4.2957889394 
-O         0.2999374565       -3.7820001861       -4.5423268691 
-O         2.4486955431       -5.6730031698       -5.1851504663 
-O         1.7900885384       -5.6729995069       -2.7856065156 
-Ti        1.4062636238        3.7818822883        3.3703472345 
-O        -2.6648052713        3.7820054054       -5.1851376998 
-Ti       -4.2783535642        3.7819717438       -4.2957964866 
-O        -0.1912672794        3.7820176010        4.2598712038 
-O         3.9842996857        3.7819972148       -3.7065500902 
-O        -4.8135603835        1.8909955587       -4.5423217385 
-Ti        3.5972989622        1.8909274430       -3.7515400005 
-O         1.9073252382        1.8909600359        3.6117124490 
-Ti        0.8351502243        1.8910341251       -4.2957798103 
-O         0.2999353645        3.7820068984       -4.5423256737 
-O         2.4486964067        1.8909882434       -5.1851527864 
-O         1.7900926030        1.8909706946       -2.7855892400 
-</code> 
- 
---> 
exercises/2017_ethz_mmm/qmmm.txt · Last modified: 2020/08/21 10:15 by 127.0.0.1